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- PDB-4p1c: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE HYDROXYLASE-FERR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1c
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE HYDROXYLASE-FERREDOXIN C7S, C84A, C85A VARIANT ELECTRON-TRANSFER COMPLEX
要素
  • (Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 3
  • Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON-TRANSFER COMPLEX / DIIRON ENZYME COMPLEX / IRON-SULFUR / REDUCTION / HYDROXYLASE FERREDOXIN / OXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich ...TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, ferredoxin component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0843239 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-ENG-38 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for biomolecular recognition in overlapping binding sites in a diiron enzyme system.
著者: Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Elsen, N.L. / Fox, B.G.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
D: Toluene-4-monooxygenase system protein A
E: Toluene-4-monooxygenase system protein E
F: Toluene-4-monooxygenase system protein B
H: Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit
I: Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,76016
ポリマ－228,9738
非ポリマー7878
水10,971609
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30500 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area66340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.227, 106.353, 213.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A / Toluene-4-monooxygenase hydroxylase subunit / T4moH


分子量: 57089.910 Da / 分子数: 2 / 変異: Stop>492 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoA / プラスミド: PVP58KABE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / T4moE


分子量: 35930.363 Da / 分子数: 2 / 変異: STOP>307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoE / プラスミド: PVP58KABE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / T4moB


分子量: 9340.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoB / プラスミド: PVP58KABE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

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タンパク質 , 1種, 2分子 HI

#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit / Toluene-4-monooxygenase system protein C / T4moC


分子量: 12125.305 Da / 分子数: 2 / 変異: C7S C84A C85A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoC / プラスミド: PET15BCDTET / 詳細 (発現宿主): C7S C84A C85A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q00458

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非ポリマー , 4種, 617分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細W336 AND Y227 ARE THE RESIDUES IN STRUCTURE. THERE MAY BE ERRORS IN THE ORIGINAL SEQUENCING OF THE ...W336 AND Y227 ARE THE RESIDUES IN STRUCTURE. THERE MAY BE ERRORS IN THE ORIGINAL SEQUENCING OF THE GENE, AS THESE RESIDUES SEEM STRUCTURALLY SOUND AND GREATLY DIFFER FOR THE UNIPROT RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 MM MOPS/HEPES, 20% PEG 3350, 5% JEFFAMINE 200 MM AMMONIUM CHLORIDE, 10 MM MGCL2, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.69 Å / Num. obs: 81284 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.43 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1184)精密化
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHG

3dhg


解像度: 2.4→47.69 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4093 5.04 %Random selection
Rwork0.153 ---
obs0.156 81284 95.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16126 0 24 609 16759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07722615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7976034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.42820.23471270.17542625X-RAY DIFFRACTION93
2.4282-2.45790.29991460.19262569X-RAY DIFFRACTION93
2.4579-2.4890.34091250.20842547X-RAY DIFFRACTION93
2.489-2.52170.2971560.20392532X-RAY DIFFRACTION93
2.5217-2.55630.31891230.19092572X-RAY DIFFRACTION93
2.5563-2.59280.25341320.18292621X-RAY DIFFRACTION93
2.5928-2.63150.26781340.17282523X-RAY DIFFRACTION92
2.6315-2.67260.26461350.17732576X-RAY DIFFRACTION93
2.6726-2.71640.27731450.17522540X-RAY DIFFRACTION92
2.7164-2.76320.26321200.17892578X-RAY DIFFRACTION93
2.7632-2.81350.2451550.17712534X-RAY DIFFRACTION92
2.8135-2.86760.26361460.17792564X-RAY DIFFRACTION92
2.8676-2.92610.2461380.1712560X-RAY DIFFRACTION93
2.9261-2.98970.22561260.1712555X-RAY DIFFRACTION92
2.9897-3.05930.22221150.1682578X-RAY DIFFRACTION92
3.0593-3.13580.26031420.17932561X-RAY DIFFRACTION93
3.1358-3.22050.24531400.17182584X-RAY DIFFRACTION93
3.2205-3.31530.22711370.17412614X-RAY DIFFRACTION94
3.3153-3.42220.21461340.16352678X-RAY DIFFRACTION96
3.4222-3.54450.22671320.15272743X-RAY DIFFRACTION97
3.5445-3.68640.1881300.14612742X-RAY DIFFRACTION98
3.6864-3.85410.21631360.13222800X-RAY DIFFRACTION99
3.8541-4.05720.17151640.12682773X-RAY DIFFRACTION100
4.0572-4.31120.18111610.11812820X-RAY DIFFRACTION100
4.3112-4.64380.1441350.11232833X-RAY DIFFRACTION100
4.6438-5.11070.18121550.12412849X-RAY DIFFRACTION100
5.1107-5.84910.19481630.13952845X-RAY DIFFRACTION100
5.8491-7.36490.18921750.15752866X-RAY DIFFRACTION100
7.3649-47.690.1631660.14273009X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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