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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p19 | ||||||
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タイトル | Closed, apo inward-facing state of the glutamate transporter homologue GltPh | ||||||
要素 | 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / sodium-coupled aspartate transporter / inward-facing state / apo form | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Verdon, G. / Boudker, O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Coupled ion binding and structural transitions along the transport cycle of glutamate transporters. 著者: Verdon, G. / Oh, S. / Serio, R.N. / Boudker, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p19.cif.gz | 467.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p19.ent.gz | 392.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4p19_validation.pdf.gz | 459.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4p19_full_validation.pdf.gz | 505.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4p19_validation.xml.gz | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4p19_validation.cif.gz | 63.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/4p19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/4p19 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44615.910 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1-417 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10 / 参照: UniProt: O59010 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.34 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: PEG 400, potassium chloride, potassium citrate, magnesium chloride PH範囲: 5.0 - 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→100 Å / Num. obs: 70319 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KBC 解像度: 3.25→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 50.975 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 108.526 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.25→15 Å
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拘束条件 |
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