ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | REFMAC | 5.7.0029精密化 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→24.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.278 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2375 | 817 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1834 | 15344 | - | - |
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obs | 0.186 | 16161 | 99.15 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 95.33 Å2 / Biso mean: 30.04 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.36→24.75 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2866 | 0 | 0 | 134 | 3000 |
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Biso mean | - | - | - | 29.35 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 376 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.014 | 0.019 | 2904 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.005 | 0.02 | 2859 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.622 | 1.974 | 3937 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.133 | 3 | 6542 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.342 | 5 | 374 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg40.025 | 24.198 | 131 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg17.25 | 15 | 498 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg12.307 | 15 | 24 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.09 | 0.2 | 466 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.008 | 0.02 | 3334 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.004 | 0.02 | 646 | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 10752 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.417 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.278 | 59 | - |
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Rwork | 0.234 | 1000 | - |
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all | - | 1059 | - |
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obs | - | - | 89.82 % |
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