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万見
- PDB-4p0s: human Mus81-Eme1-3'flap DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p0s
タイトルhuman Mus81-Eme1-3'flap DNA complex
要素
  • Crossover junction endonuclease EME1
  • Crossover junction endonuclease MUS81
  • DNA GAATGTGTGTCT
  • DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
  • DNA TCTGCATGTCATT
キーワードHYDROLASE/DNA / resolvase / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process ...3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / heterochromatin / replication fork / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal ...EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Crossover junction endonuclease EME1 / Crossover junction endonuclease MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 6 Å
データ登録者Gwon, G.H. / Baek, K. / Cho, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the structure-selective nuclease Mus81-Eme1 bound to flap DNA substrates.
著者: Gwon, G.H. / Jo, A. / Baek, K. / Jin, K.S. / Fu, Y. / Lee, J.B. / Kim, Y. / Cho, Y.
履歴
登録2014年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Crossover junction endonuclease EME1
C: Crossover junction endonuclease MUS81
D: Crossover junction endonuclease EME1
E: Crossover junction endonuclease MUS81
F: Crossover junction endonuclease EME1
G: Crossover junction endonuclease MUS81
H: Crossover junction endonuclease EME1
I: DNA GAATGTGTGTCT
J: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
L: DNA TCTGCATGTCATT
M: DNA GAATGTGTGTCT
N: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
P: DNA TCTGCATGTCATT
Q: DNA GAATGTGTGTCT
R: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
T: DNA TCTGCATGTCATT
U: DNA GAATGTGTGTCT
V: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
X: DNA TCTGCATGTCATT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,14220
ポリマ－371,14220
非ポリマー00
水00
1
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Crossover junction endonuclease EME1
I: DNA GAATGTGTGTCT
J: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
L: DNA TCTGCATGTCATT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7855
ポリマ－92,7855
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Crossover junction endonuclease MUS81
D: Crossover junction endonuclease EME1
U: DNA GAATGTGTGTCT
V: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
X: DNA TCTGCATGTCATT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7855
ポリマ－92,7855
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Crossover junction endonuclease MUS81
F: Crossover junction endonuclease EME1
Q: DNA GAATGTGTGTCT
R: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
T: DNA TCTGCATGTCATT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7855
ポリマ－92,7855
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Crossover junction endonuclease MUS81
H: Crossover junction endonuclease EME1
M: DNA GAATGTGTGTCT
N: DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG
P: DNA TCTGCATGTCATT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7855
ポリマ－92,7855
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.442, 250.758, 430.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Crossover junction endonuclease MUS81


分子量: 34015.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUS81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q96NY9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質
Crossover junction endonuclease EME1 / MMS4 homolog / hMMS4


分子量: 43740.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EME1, MMS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q96AY2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#3: DNA鎖
DNA GAATGTGTGTCT


分子量: 3708.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖
DNA TAGACACACATTCGGGACATGCAG


分子量: 7387.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖
DNA TCTGCATGTCATT


分子量: 3932.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, Tris, DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.92→50 Å / Num. obs: 16874 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.3 % / Net I/σ(I): 43.7

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化解像度: 6→29.978 Å / SU ML: 1.08 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 658 5.14 %
Rwork0.2504 --
obs0.2533 12803 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6→29.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17600 3284 0 0 20884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01821544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.35329796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4938304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1063440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.0001-6.45910.45541330.37082388X-RAY DIFFRACTION100
6.4591-7.10120.37961330.33042422X-RAY DIFFRACTION100
7.1012-8.1110.36251480.28992381X-RAY DIFFRACTION100
8.111-10.15260.29391240.24142453X-RAY DIFFRACTION100
10.1526-29.97820.26671200.21712501X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3493-0.17190.03270.6466-0.00180.17840.22040.0666-1.06750.44210.1618-0.06860.35850.00460.0421.5525-0.2327-0.24961.0644-0.04950.561428.529248.9391-30.2391
20.41080.240.1640.31910.00990.1320.19090.1816-0.54140.1529-0.0345-0.3008-0.0834-0.19040.15310.8517-0.463-0.04270.9299-0.22790.691337.315627.0168-64.9823
30.0103-0.1714-0.10390.1081-0.03910.016-0.34810.3130.24380.05610.13950.33590.4767-0.6653-0.87280.9922-0.40190.48980.57060.25240.810832.119549.8151-48.8821
40.1440.00630.03140.1309-0.0617-0.01710.26020.3095-0.1478-0.28290.03510.19890.25670.25120.41270.83390.23190.03290.4564-0.35031.5587-21.516551.9951-35.9563
51.7036-0.34490.37450.2924-0.21480.5134-0.032-0.38950.4085-0.061-0.4233-0.2821-0.34450.3094-0.49591.0082-0.40410.46441.95260.0670.7398-21.058778.923-2.1667
60.52260.00930.0316-0.1792-0.23430.17720.2379-0.34130.140.3308-0.1951-0.0588-0.05230.1915-0.32010.2290.2061-0.757-0.0741-0.5389-0.3955-17.510869.9587-28.5133
70.19850.139-0.02270.0953-0.04610.4148-0.02930.42170.27350.1203-0.1913-0.3306-0.64210.3787-0.18511.1618-0.4914-0.06331.16160.46970.489141.6498112.6686-76.2655
80.00150.04370.03590.009-0.01080.00520.00440.1504-0.31620.2649-0.23450.3886-0.2937-0.38960.00024.3148-0.37230.512.75130.32465.660536.6678131.3626-37.2123
91.3274-0.2436-1.27620.446-0.1252.25530.406-1.27110.43850.24590.32410.4464-0.87040.83382.36440.4869-0.1433-0.35040.68590.4250.643236.7915112.6004-57.7672
100.73540.0269-0.11410.24960.13040.3940.42090.33940.50120.048-0.21450.2313-0.04910.01390.47151.3328-0.9641-0.01920.8467-0.23370.8333-9.387120.9039-74.199
110.6328-0.0165-0.17780.1747-0.27271.1652-0.07590.599-0.1596-0.1918-0.37650.13340.60170.5584-0.61431.1680.6324-0.32741.3063-0.2150.6408-13.688298.009-109.0319
120.3176-0.17650.0701-0.0183-0.23560.0760.27280.3058-0.7545-0.0118-0.3674-0.85760.0118-0.1583-0.40040.4345-0.74290.38240.9269-0.1103-1.2492-10.726103.7623-81.1292
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 256 through 463 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 472 through 551 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 233 through 566 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 256 through 463 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 472 through 551 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 233 through 566 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 256 through 463 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 472 through 551 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 233 through 566 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 256 through 463 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 472 through 551 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 233 through 566 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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