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万見
- PDB-4p0r: human Mus81-Eme1-3'flap DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p0r
タイトルhuman Mus81-Eme1-3'flap DNA complex
要素
  • Crossover junction endonuclease EME1
  • Crossover junction endonuclease MUS81
  • DNA ACGTGCTTACACACAGAGGTTAGGGTGAACTT
  • DNA CAAGTTCACCCTAACCTCAG
  • DNA CTGTGTGTAAGCACG
キーワードHYDROLASE/DNA / resolvase / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process ...3'-flap endonuclease activity / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / endodeoxyribonuclease complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / heterochromatin / replication fork / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal ...EME1, nuclease domain, subdomain 1 / EME1, nuclease domain, subdomain 2 / : / Mms4/EME1/EME2 / Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Crossover junction endonuclease EME1 / Crossover junction endonuclease MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 6.501 Å
データ登録者Gwon, G.H. / Baek, K. / Cho, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the structure-selective nuclease Mus81-Eme1 bound to flap DNA substrates.
著者: Gwon, G.H. / Jo, A. / Baek, K. / Jin, K.S. / Fu, Y. / Lee, J.B. / Kim, Y. / Cho, Y.
履歴
登録2014年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Crossover junction endonuclease EME1
C: Crossover junction endonuclease MUS81
D: Crossover junction endonuclease EME1
E: DNA CTGTGTGTAAGCACG
F: DNA ACGTGCTTACACACAGAGGTTAGGGTGAACTT
G: DNA CAAGTTCACCCTAACCTCAG
H: DNA CTGTGTGTAAGCACG
I: DNA ACGTGCTTACACACAGAGGTTAGGGTGAACTT
J: DNA CAAGTTCACCCTAACCTCAG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,62010
ポリマ－196,62010
非ポリマー00
水00
1
A: Crossover junction endonuclease MUS81
B: Crossover junction endonuclease EME1
E: DNA CTGTGTGTAAGCACG
F: DNA ACGTGCTTACACACAGAGGTTAGGGTGAACTT
G: DNA CAAGTTCACCCTAACCTCAG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3105
ポリマ－98,3105
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11840 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
2
C: Crossover junction endonuclease MUS81
D: Crossover junction endonuclease EME1
H: DNA CTGTGTGTAAGCACG
I: DNA ACGTGCTTACACACAGAGGTTAGGGTGAACTT
J: DNA CAAGTTCACCCTAACCTCAG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3105
ポリマ－98,3105
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area33360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.757, 135.300, 102.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'B' and (resseq 233:329 or resseq 342:370 or resseq 403:534 or resseq 541:566 )
211chain 'D' and (resseq 233:329 or resseq 342:370 or resseq 403:534 or resseq 541:566 )
112chain 'A' and (resseq 256:280 or resseq 285:437 or resseq 447:463 or resseq 472:551 )
212chain 'C' and (resseq 256:280 or resseq 285:437 or resseq 447:463 or resseq 472:551 )
113chain 'F' and (resseq 23:45 )
213chain 'I' and (resseq 23:45 )
114chain 'E' and (resseq 1:12 )
214chain 'H' and (resseq 1:12 )
115chain 'G' and (resseq 46:55 )
215chain 'J' and (resseq 46:55 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: タンパク質 Crossover junction endonuclease MUS81


分子量: 34015.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUS81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q96NY9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Crossover junction endonuclease EME1 / MMS4 homolog / hMMS4


分子量: 43740.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EME1, MMS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q96AY2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#3: DNA鎖 DNA CTGTGTGTAAGCACG


分子量: 4625.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA ACGTGCTTACACACAGAGGTTAGGGTGAACTT


分子量: 9905.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA CAAGTTCACCCTAACCTCAG


分子量: 6022.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD, Sodium acetate, DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.46→50 Å / Num. obs: 7162 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 35

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化解像度: 6.501→34.862 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 39.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 259 4.7 %
Rwork0.2103 --
obs0.2141 5512 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.501→34.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8800 1846 0 0 10646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.68915260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7714258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091650
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B2227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D2227X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.152
21A2173X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C2173X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.408
31F478X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32I478X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.208
41E248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42H248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
51G197X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52J197X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.5014-8.17370.3911370.24732611X-RAY DIFFRACTION100
8.1737-34.86270.27091220.20122642X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0877-0.34550.91441.9905-0.42950.84810.77910.5469-0.3524-0.01160.03690.91880.09260.23740.72681.60550.07830.12090.4959-0.04380.281-26.4451-0.7448-41.2157
20.12140.0049-0.05940.15270.06010.04450.67770.2452-0.46950.37390.2115-0.2604-1.06710.17120.00022.13930.493-0.0471.0347-0.07291.7199-23.642842.2115-42.6012
30.71660.2418-0.14780.3052-0.2813-0.019-0.0642-0.89930.0236-0.16430.04980.40830.02250.4943-0.08751.1574-0.4001-0.33840.1177-0.14641.1368-16.23915.1701-35.4629
40.32970.60140.56551.47171.11471.0204-0.3529-0.29660.2294-0.244-0.62890.59610.058-0.222-0.84820.9617-0.30010.58570.85470.10360.6954-45.42372.74413.9763
50.0619-0.06140.05690.1629-0.00620.1113-0.5794-0.0945-0.3222-0.5425-0.0216-0.79610.51460.024-0.03140.8248-0.09910.38690.9503-0.34941.1688-45.1714-40.20776.6525
60.02550.30760.3130.2532-0.16360.22450.0947-0.1759-0.2306-0.3724-0.2532-0.0210.01850.2299-0.34690.49970.3985-0.17250.4625-0.06910.8667-35.0354-12.79828.8753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 256 through 463 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 472 through 551 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 233 through 566 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 256 through 463 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 472 through 551 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 233 through 566 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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