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万見
- PDB-4p0d: The T6 backbone pilin of serotype M6 Streptococcus pyogenes has a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p0d
タイトルThe T6 backbone pilin of serotype M6 Streptococcus pyogenes has a modular three-domain structure decorated with variable loops and extensions
要素Trypsin-resistant surface T6 protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Ig-like foldIsopeptide bondSortase motifGram-Positive pili
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
T6 antigen, Ig-like domain / T6 antigen Ig like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain ...T6 antigen, Ig-like domain / T6 antigen Ig like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Trypsin-resistant surface T6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M6 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Young, P.G. / Moreland, N.J. / Loh, J.M. / Bell, A. / Atatoa-Carr, P. / Proft, T. / Baker, E.N.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council ニュージーランド
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2014
タイトル: Structural Conservation, Variability, and Immunogenicity of the T6 Backbone Pilin of Serotype M6 Streptococcus pyogenes.
著者: Young, P.G. / Moreland, N.J. / Loh, J.M. / Bell, A. / Atatoa Carr, P. / Proft, T. / Baker, E.N.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年6月5日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin-resistant surface T6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1095
ポリマ－52,6881
非ポリマー4214
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.240, 104.240, 84.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Trypsin-resistant surface T6 protein / T6 antigen


分子量: 52688.199 Da / 分子数: 1 / 変異: E292G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M6 (化膿レンサ球菌)
株: ATCC BAA-946 / MGAS10394 / 遺伝子: tee6, M6_Spy0160 / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18481
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 2.2 M NaKPO4 pH 6.4, 2 % PEG 400, 0.1 M imidazole, 20 mM Imidazole
PH範囲: 6.2 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24.48 Å / Num. obs: 36565 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 665673 / Scaling rejects: 413
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
1.9-1.9417.40.9393.82766915920.22957.9
8.91-24.4819.10.05144.377334050.01295.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.92 Å19.54 Å
Translation6.92 Å19.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.2.8データ削減
SCALA2.5.2データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4K8W

4k8w


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.356 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 1834 5 %RANDOM
Rwork0.209 34549 --
obs0.2111 36383 88.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.37 Å2 / Biso mean: 22.631 Å2 / Biso min: 9.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.25 Å2-0 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 4 441 3917
Biso mean--28.92 31.07 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023571
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.9584865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70637595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1335475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33926.111126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.81715566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.819153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.122.2361902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1152.2351901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8313.3382376
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 87 5 %
Rwork0.416 1722 -
obs--59.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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