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- PDB-4ozt: crystal structure of the ligand binding domains of the Bovicola o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozt
タイトルcrystal structure of the ligand binding domains of the Bovicola ovis ecdysone receptor EcR/USP heterodimer (PonA crystal)
要素
  • Ecdysone receptor
  • Retinoid X receptor
キーワードTRANSCRIPTION / ecdysone receptor / USP / PonA
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-ETHYLMALEIMIDE / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / Retinoid X receptor, putative / Ecdysone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pediculus humanus subsp. corporis (キモノジラミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. ...Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. / Lovrecz, G.O. / Graham, L.D. / Hill, R.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Unprecedented conformational flexibility revealed in the ligand-binding domains of the Bovicola ovis ecdysone receptor (EcR) and ultraspiracle (USP) subunits.
著者: Ren, B. / Peat, T.S. / Streltsov, V.A. / Pollard, M. / Fernley, R. / Grusovin, J. / Seabrook, S. / Pilling, P. / Phan, T. / Lu, L. / Lovrecz, G.O. / Graham, L.D. / Hill, R.J.
履歴
登録2014年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Ecdysone receptor
U: Retinoid X receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0504
ポリマ－49,4602
非ポリマー5902
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.000, 134.000, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ecdysone receptor


分子量: 27482.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 281-518 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pediculus humanus subsp. corporis (キモノジラミ)
遺伝子: Phum_PHUM467460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0VVT4
#2: タンパク質 Retinoid X receptor


分子量: 21977.549 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 222-416 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pediculus humanus subsp. corporis (キモノジラミ)
遺伝子: Phum_PHUM164330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0VFQ5
#3: 化合物 ChemComp-P1A / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / PONASTERONE A / 25-DEOXYECDYSTERONE / 25-DEOXY-20-HYDROXYECDYSONE, / ポナステロンA


分子量: 464.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O6
#4: 化合物 ChemComp-NEQ / N-ETHYLMALEIMIDE / N-エチルマレイミド


分子量: 125.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350 with either 0.2 M potassium acetate or 0.2 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.8 Å / Num. obs: 24458 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Net I/σ(I): 14.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→38.83 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1243 5.1 %
Rwork0.182 --
obs0.184 24355 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 42 61 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4184925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6231377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.179563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.80820.35781570.29732492X-RAY DIFFRACTION100
2.8082-2.93590.30941150.25312547X-RAY DIFFRACTION100
2.9359-3.09070.29971390.23792523X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.28420.27281470.24642536X-RAY DIFFRACTION100
3.2842-3.53760.25411280.19912549X-RAY DIFFRACTION100
3.5376-3.89330.20021410.17022543X-RAY DIFFRACTION100
3.8933-4.4560.18761440.14832573X-RAY DIFFRACTION100
4.456-5.61140.18121350.14872618X-RAY DIFFRACTION100
5.6114-38.83510.17551370.16392731X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2613-0.45091.04262.4759-0.09762.0818-0.2691-0.02210.6817-0.09370.1424-0.6754-0.60920.54050.00140.4106-0.0595-0.06910.29230.01210.485722.04-38.291820.6848
22.49340.8711.31611.34350.85675.12760.30960.4222-0.5911-0.5003-0.1398-0.29640.78130.1776-0.21840.63610.1816-0.09750.5145-0.17560.627918.1498-66.36995.0283
33.09380.00170.55863.50020.57342.57370.03010.27420.1719-0.1385-0.0832-0.0372-0.1093-0.01430.04580.19450.04650.00780.2994-0.01220.245810.2458-47.89169.8657
44.08420.26671.72891.93120.78632.9069-0.1190.71210.8239-0.2941-0.11130.2154-0.11140.29680.22210.36180.10080.01250.37250.01950.46357.0972-36.5297.2752
53.1313.07433.54523.29162.5175.10890.1135-0.20160.48260.7083-0.49810.7462-0.1156-0.398-0.20730.46840.0045-0.00510.5084-0.04480.4248-1.7633-61.61595.0243
64.4250.5705-0.24462.4224-0.2411.80950.1329-0.13760.69010.1529-0.02150.0432-0.3891-0.2835-0.16540.340.12150.01670.39590.05260.5736-18.644-26.26852.5388
73.1008-0.764-0.14882.4937-0.05732.5303-0.0527-0.38860.22930.5080.11960.32890.0526-0.1988-0.11670.41470.07460.09390.3379-0.03820.4088-16.8253-34.529611.7624
83.9320.57830.99593.0048-0.25664.9947-0.0681-0.08740.94110.3622-0.0239-0.459-0.61820.33160.04430.41870.0512-0.04250.2536-0.05050.6147-1.2913-25.71268.2397
94.82890.59662.10471.4199-0.37012.4255-0.118-0.06890.56660.1319-0.06220.0007-0.1189-0.10470.12810.38920.12810.01110.284-0.08430.4192-11.2717-32.73035.6022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'E' AND (RESID 281 THROUGH 301 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'E' AND (RESID 302 THROUGH 322 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'E' AND (RESID 323 THROUGH 468 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'E' AND (RESID 469 THROUGH 495 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'E' AND (RESID 496 THROUGH 518 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'U' AND (RESID 196 THROUGH 226 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'U' AND (RESID 227 THROUGH 285 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'U' AND (RESID 286 THROUGH 340 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'U' AND (RESID 341 THROUGH 390 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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