PDB-4ozn: GlnK2 from Haloferax mediterranei complexed with ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ozn

タイトル

GlnK2 from Haloferax mediterranei complexed with ATP

要素

Nitrogen regulatory protein P-II

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Glnk2 / PII / GlnB / signaling / Haloferax mediterranei / halophile / archaea

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haloferax mediterranei (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Palanca, C. / Pedro-Roig, L. / Llacer, J.L. / Camacho, M. / Bonete, M.J. / Rubio, V.

資金援助

スペイン, 3件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: The structure of a PII signaling protein from a halophilic archaeon reveals novel traits and high-salt adaptations.
著者: Palanca, C. / Pedro-Roig, L. / Llacer, J.L. / Camacho, M. / Bonete, M.J. / Rubio, V.

履歴

登録	2014年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ozn.cif.gz	138.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ozn.ent.gz	109.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ozn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ozjC 4ozlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ur4-2 3m51-d 2afx-1 2j74-1 6gbx-1 6gbx-2 7cid-d 3g5a-1 4hjq-1 3pbb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nitrogen regulatory protein P-II

B: Nitrogen regulatory protein P-II

C: Nitrogen regulatory protein P-II

ヘテロ分子

46.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.717, 110.717, 76.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-304- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C
1	4	A
2	4	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLY	GLY	1	A	A	6 - 48	26 - 68
2	1	LEU	LEU	GLY	GLY	1	B	B	6 - 48	26 - 68
3	1	LEU	LEU	GLY	GLY	1	C	C	6 - 48	26 - 68
1	2	LEU	LEU	GLU	GLU	1	A	A	66 - 108	86 - 128
2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	1	B	B	66 - 108	86 - 128
3	2	LEU	LEU	GLU	GLU	1	C	C	66 - 108	86 - 128
1	3	ASN	ASN	ASN	ASN	3	A	A	109	129
2	3	ASN	ASN	ASN	ASN	3	B	B	109	129
3	3	ASN	ASN	ASN	ASN	3	C	C	109	129
1	4	ALA	ALA	VAL	VAL	4	A	A	110 - 123	130 - 143
2	4	ALA	ALA	VAL	VAL	4	C	C	110 - 123	130 - 143

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Nitrogen regulatory protein P-II / PII family protein glnK2 分子量: 15022.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌) 株: ATCC 33500 / DSM 1411 / JCM 8866 / NBRC 14739 / NCIMB 2177 / R-4 遺伝子: glnK2, HFX_0092, C439_09930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8ZYW1
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5 M Lithium sulphate, 15% PEG 8000 / PH範囲: 3.2-3.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→47.9 Å / Num. obs: 17092 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 8.2

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.6→44.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 15.92 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24348	863	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21672	-	-	-
obs	0.21804	16170	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0.43 Å²	-0 Å²
2-	-	0.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: last / 解像度: 2.6→44.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2376	0	108	28	2512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.139	2.029	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.776	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.242	26.067	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.007	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.579	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.585	2.414	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.034	3.611	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.104	2.705	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.526	21.357	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	300	TIGHT THERMAL	1.96	0.5
1	2	B	300	TIGHT THERMAL	1.73	0.5
1	3	C	300	TIGHT THERMAL	1.66	0.5
2	1	A	307	TIGHT THERMAL	0.92	0.5
2	2	B	307	TIGHT THERMAL	2.46	0.5
2	3	C	307	TIGHT THERMAL	2.22	0.5
3	1	A	4	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
3	2	B	4	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
3	3	C	4	LOOSE POSITIONAL	0.01	5
3	1	A	4	TIGHT THERMAL	1.09	0.5
3	2	B	4	TIGHT THERMAL	0.69	0.5
3	3	C	4	TIGHT THERMAL	0.51	0.5
3	1	A	4	LOOSE THERMAL	1.05	10
3	2	B	4	LOOSE THERMAL	0.42	10
3	3	C	4	LOOSE THERMAL	0.66	10
4	1	A	99	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
4	1	A	99	MEDIUM THERMAL	0.72	2

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	65	-
R_work	0.32	1180	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4277	0.7376	-0.7742	2.6607	0.0194	3.531	0.1261	0.0547	-0.1612	0.0547	-0.2065	0.4919	-0.1171	-0.5218	0.0805	0.1023	-0.0576	-0.0265	0.1458	-0.0323	0.1363	-46.901	36.8294	-22.1331
2	4.3113	0.5201	-0.6585	2.2732	0.1541	2.3473	0.0826	0.0839	-0.2837	0.0343	-0.0257	0.2091	0.0603	-0.2174	-0.0569	0.1267	-0.0657	-0.0096	0.0732	-0.0121	0.0631	-40.7827	36.1083	-22.6201
3	2.9854	0.5812	-1.2862	2.0779	-0.4354	4.5815	0.0426	-0.2122	0.3038	0.3009	0.0938	0.3306	-0.3754	-0.377	-0.1364	0.1003	0.0042	0.0676	0.1665	-0.058	0.1222	-45.1256	52.2023	-14.1463
4	1.9752	0.2705	-1.0692	3.3882	1.3159	4.8874	0.0748	-0.2891	0.2577	0.1693	-0.1053	0.2069	-0.0779	-0.237	0.0306	0.0409	-0.0463	0.0155	0.1529	-0.0281	0.1296	-42.1276	50.891	-16.066
5	3.7382	1.1825	-1.2182	4.5213	-0.8758	2.3988	0.2854	-0.4544	-0.3041	0.4772	-0.1923	-0.1849	0.0189	0.0696	-0.0931	0.1443	-0.0376	-0.025	0.2128	0.0481	0.0691	-30.1367	37.7227	-7.4005
6	3.2496	-0.0926	-0.4584	4.6777	-0.8303	2.3536	0.031	-0.3292	-0.2614	0.2344	0.0188	-0.1498	0.1886	-0.0718	-0.0498	0.1098	-0.0905	-0.0266	0.2193	0.0321	0.0328	-30.8196	39.0979	-10.1978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 123
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	5 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	48 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	4 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	59 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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