PDB-4oyu: Crystal structure of the N-terminal domains of muskelin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oyu

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domains of muskelin

要素

Muskelin

キーワード

PROTEIN BINDING / Discoidin domain / LisH motif / Dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic specialization membrane of symmetric synapse / postsynaptic endosome membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / Regulation of pyruvate metabolism / regulation of receptor internalization / vesicle-mediated transport in synapse / ubiquitin ligase complex / ruffle / cell-matrix adhesion / GABA-ergic synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Delto, C. / Kuper, J. / Schindelin, H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The LisH Motif of Muskelin Is Crucial for Oligomerization and Governs Intracellular Localization.
著者: Delto, C.F. / Heisler, F.F. / Kuper, J. / Sander, B. / Kneussel, M. / Schindelin, H.

履歴

登録	2014年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月18日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.2	2015年3月25日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oyu.cif.gz	239.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oyu.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oyu_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oyu_full_validation.pdf.gz	473.2 KB	表示
XML形式データ	4oyu_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	4oyu_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/4oyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/4oyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3kji-1 1pu8-d 1fqv-1 5tgq-1 1fqv-6 2vyt-d 2o25-2 2dd7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Muskelin

B: Muskelin

ヘテロ分子

47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.060, 65.300, 101.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Muskelin 分子量: 23176.586 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 12-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mkln1, Msk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q99PV3
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM BisTris pH 5.5, 200 mM sodium chloride and 32.5% (w/v) PEG 3350 PH範囲: 5.25-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→33.8 Å / Num. obs: 39509 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.82 Å² / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)	精密化
PHASER		位相決定
SCALA		データスケーリング
MOSFLM		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→33.8 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	1979	5.02 %
R_work	0.156	-	-
obs	0.158	39448	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2979	0	98	270	3347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.422	4280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.231	1215
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	439
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	539

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.8238	0.2766	151	0.2221	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8238-1.8478	0.2169	108	0.2098	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8478-1.8731	0.2271	137	0.2061	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8731-1.8999	0.229	150	0.1903	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8999-1.9282	0.2324	113	0.1846	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9282-1.9584	0.2323	130	0.1779	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9584-1.9905	0.239	146	0.1859	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9905-2.0248	0.2175	138	0.1647	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0248-2.0616	0.1896	151	0.1553	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0616-2.1012	0.2056	165	0.1461	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1012-2.1441	0.1764	145	0.1498	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1441-2.1907	0.1776	125	0.1417	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1907-2.2417	0.2251	157	0.1471	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2417-2.2977	0.2038	144	0.1608	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2977-2.3599	0.1917	129	0.1531	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3599-2.4293	0.2212	145	0.1575	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4293-2.5077	0.2047	149	0.1542	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5077-2.5973	0.2192	129	0.1622	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5973-2.7012	0.2084	94	0.1562	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7012-2.8241	0.2263	150	0.155	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8241-2.9729	0.1851	170	0.1652	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9729-3.159	0.2011	144	0.1544	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.159-3.4027	0.1963	149	0.1524	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4027-3.7448	0.1795	143	0.1368	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7448-4.2857	0.1962	131	0.1312	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2857-5.396	0.1168	132	0.139	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.396-33.8102	0.2079	128	0.1935	2614	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.078	3.4465	3.9314	3.4999	2.06	2.6159	-0.2896	0.5369	0.1642	-0.2625	0.0276	0.6052	0.1973	-0.0648	0.6049	0.3387	-0.1213	-0.0147	0.3084	0.0183	0.268	-2.6201	12.1716	8.9687
2	2.6149	0.1881	0.4651	3.2868	0.3067	2.0297	-0.3197	0.4118	0.0416	-0.352	0.2944	-0.1116	-0.2984	0.3317	-0.0035	0.2661	-0.1366	-0.0081	0.2933	0.019	0.1993	9.4232	17.9114	13.235
3	3.3679	-1.8431	3.482	6.1384	-2.6259	3.9103	-0.3525	1.0256	0.7811	-0.658	-0.1173	-2.0871	-0.2703	1.3788	0.4641	0.4335	-0.1848	0.1609	0.8319	-0.1442	0.9149	20.5471	13.1618	6.8449
4	4.7368	1.9285	0.4642	4.4684	0.2882	2.8691	-0.1004	0.2576	-0.5641	-0.1222	0.1979	-0.3877	0.2153	0.3838	0.0202	0.2019	-0.0442	-0.0086	0.2211	-0.0312	0.2612	6.8676	7.0853	14.574
5	2.8382	-1.1933	0.2107	3.016	-3.2804	4.4462	-0.3309	-0.2007	0.3156	0.332	0.2009	-0.1758	-0.3712	0.7496	0.1835	0.2842	-0.0144	-0.0288	0.3055	-0.0561	0.4078	-9.654	1.1803	28.6608
6	3.6843	-0.6604	-0.1437	2.0841	0.3151	3.8317	0.0939	-0.2146	-0.2395	0.3616	-0.1707	-0.1881	-0.2071	0.1858	-0.0277	0.2548	-0.0994	-0.0212	0.1982	0.0053	0.1343	2.6425	21.4018	65.8279
7	4.6302	0.5686	-0.5142	0.5886	-1.1335	3.3029	0.3611	-0.1851	0.5221	0.4972	-0.3004	0.2125	-0.842	0.0329	0.0386	0.4493	-0.0977	0.0555	0.2175	-0.0513	0.2554	-1.396	27.5138	63.7173
8	4.7951	1.405	-0.4417	4.706	-0.7172	4.518	0.2136	0.0217	0.3084	0.209	-0.1252	0.5168	-0.277	-0.4257	-0.001	0.157	-0.0242	0.0404	0.2208	-0.0164	0.2088	-8.3414	21.9104	61.438
9	2.3293	-0.8729	2.6512	3.1852	-0.1569	4.0845	0.0818	0.1769	-0.04	-0.2327	-0.2148	-0.2563	-0.4995	0.0502	0.1943	0.2835	-0.0384	0.0714	0.2826	-0.0378	0.3527	-12.7684	5.0287	47.3375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 11 THROUGH 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 24 THROUGH 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 74 THROUGH 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 87 THROUGH 157 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 158 THROUGH 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 10 THROUGH 41 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 42 THROUGH 86 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 87 THROUGH 157 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 158 THROUGH 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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