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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oxq
タイトルStructure of Staphylococcus pseudintermedius metal-binding protein SitA in complex with Zinc
要素Manganese ABC transporter, periplasmic-binding protein SitA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Manganese binding protein / SBP / ABC transporter
機能・相同性Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Abate, F. / Malito, E. / Bottomley, M.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2014
タイトル: Apo, Zn2+-bound and Mn2+-bound structures reveal ligand-binding properties of SitA from the pathogen Staphylococcus pseudintermedius.
著者: Abate, F. / Malito, E. / Cozzi, R. / Lo Surdo, P. / Maione, D. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2014年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32015年2月11日Group: Database references
改定 2.02017年11月22日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / struct_site / symmetry
Item: _atom_site.pdbx_formal_charge / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._atom_site.pdbx_formal_charge / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text / _struct_site.details / _symmetry.Int_Tables_number
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Manganese ABC transporter, periplasmic-binding protein SitA
B: Manganese ABC transporter, periplasmic-binding protein SitA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4403
ポリマ－64,3742
非ポリマー651
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area24780 Å2
2
A: Manganese ABC transporter, periplasmic-binding protein SitA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2522
ポリマ－32,1871
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Manganese ABC transporter, periplasmic-binding protein SitA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1871
ポリマ－32,1871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.660, 58.170, 112.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Manganese ABC transporter, periplasmic-binding protein SitA


分子量: 32187.090 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain (UNP residues 23-306) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
株: IV369-1041 / 遺伝子: SPSE_2131 / プラスミド: pET-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F0P9H5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→51.4 Å / Num. obs: 15736 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 43.24 Å2 / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.62→2.72 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PSZ

1psz


解像度: 2.62→51.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9259 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8507 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.347
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 786 5.01 %RANDOM
Rwork0.1757 ---
obs0.1793 15679 98.54 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9231 Å20 Å2-3.8022 Å2
2---5.2847 Å20 Å2
3---4.3616 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.62→51.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4420 0 1 186 4607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014504HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.186061HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1649SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes143HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes620HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4504HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion599SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5169SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.79 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 135 4.77 %
Rwork0.1941 2695 -
all0.1977 2830 -
obs--98.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4630.0586-0.1291.73570.04870.9915-0.06710.0037-0.11430.00280.16990.03650.076-0.0595-0.1027-0.1595-0.0085-0.03080.04510.0282-0.140725.5142-10.7228-13.7538
21.8802-0.725-0.17091.67550.12481.09620.0179-0.13480.1199-0.01880.05370.0384-0.1366-0.2465-0.0716-0.19020.0280.02550.08470.0211-0.171318.90894.677913.9761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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