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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oxp | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of the S1 and 5'-sensor domains of RNase E from Caulobacter crescentus | ||||||
![]() | Ribonuclease E | ||||||
![]() | HYDROLASE / RNase E / endoribonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding ...ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Voss, J.E. / Luisi, B.F.L. / Hardwick, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular recognition of RhlB and RNase D in the Caulobacter crescentus RNA degradosome. 著者: Voss, J.E. / Luisi, B.F. / Hardwick, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32978.074 Da / 分子数: 1 / 断片: S1 and 5'-sensor domains (UNP residues 1-270) / 変異: A172V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: rne, CC_1877 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 10% (v/v) Ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9536 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.7 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 36.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.8 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.248 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.02 Å2 / Biso mean: 55.292 Å2 / Biso min: 23.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.7 Å
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拘束条件 |
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