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- PDB-4oxp: X-ray crystal structure of the S1 and 5'-sensor domains of RNase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oxp
タイトルX-ray crystal structure of the S1 and 5'-sensor domains of RNase E from Caulobacter crescentus
要素Ribonuclease E
キーワードHYDROLASE / RNase E / endoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding ...ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Voss, J.E. / Luisi, B.F.L. / Hardwick, S.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2014
タイトル: Molecular recognition of RhlB and RNase D in the Caulobacter crescentus RNA degradosome.
著者: Voss, J.E. / Luisi, B.F. / Hardwick, S.W.
履歴
登録2014年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9781
ポリマ-32,9781
非ポリマー00
1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.530, 62.530, 155.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease E / RNase E


分子量: 32978.074 Da / 分子数: 1 / 断片: S1 and 5'-sensor domains (UNP residues 1-270) / 変異: A172V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: rne, CC_1877 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A749, ribonuclease E
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 10% (v/v) Ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.7 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 36.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.8

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.248 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25434 928 5.1 %RANDOM
Rwork0.21165 ---
obs0.2138 17099 95.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.02 Å2 / Biso mean: 55.292 Å2 / Biso min: 23.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0 Å20 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 101 1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.311.972050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6835198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41723.90664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.8815238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2011511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2140.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9173.038798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4134.52994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7353.091712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.54926.5282411
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 69 -
Rwork0.26 1272 -
obs--97.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.069 Å / Origin y: 11.819 Å / Origin z: -21.4842 Å
111213212223313233
T0.195 Å2-0.0401 Å2-0.1285 Å2-0.0803 Å20.024 Å2--0.2033 Å2
L1.5336 °2-0.4916 °2-0.1976 °2-2.9568 °2-0.735 °2--2.5125 °2
S-0.0089 Å °-0.0465 Å °-0.0871 Å °0.272 Å °-0.1275 Å °-0.4049 Å °-0.1316 Å °0.4409 Å °0.1364 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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