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- PDB-4ox9: Crystal structure of the aminoglycoside resistance methyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ox9
タイトルCrystal structure of the aminoglycoside resistance methyltransferase NpmA bound to the 30S ribosomal subunit
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • 16S rRNA
  • 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / Protein biosynthesis / ribosome / RNA / 30S / 16S / ribosomal subunit / aminoglycoside / A1408 / methyltransferase / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1408-N1)-methyltransferase / methyltransferase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / methylation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...16S rRNA (adenine1408-N1)-methyltransferase / methyltransferase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / methylation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative methyltransferase / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 ...Putative methyltransferase / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Helix hairpin bin / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / K homology (KH) domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S14, type Z / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Vaccinia Virus protein VP39 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Few Secondary Structures / Irregular / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase ...SINEFUNGIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.8035 Å
データ登録者Dunkle, J.A. / Conn, G.L. / Dunham, C.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular recognition and modification of the 30S ribosome by the aminoglycoside-resistance methyltransferase NpmA.
著者: Dunkle, J.A. / Vinal, K. / Desai, P.M. / Zelinskaya, N. / Savic, M. / West, D.M. / Conn, G.L. / Dunham, C.M.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Data collection
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 1.42015年9月30日Group: Data collection
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14 type Z
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
V: 30S ribosomal protein Thx
Y: 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)807,960145
ポリマ－804,53122
非ポリマー3,429123
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area91910 Å2
ΔGint-768 kcal/mol
Surface area286050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)403.520, 403.520, 176.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17452.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11823.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14508.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12194.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10474.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AY

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 491206.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076
#22: タンパク質 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase / 16S rRNA m1A1408 methyltransferase


分子量: 25197.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: npmA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A8C927, 16S rRNA (adenine1408-N1)-methyltransferase

-
非ポリマー , 3種, 123分子

#23: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#24: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#25: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.5572.98
24.5572.98
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.514% MPD, 0.2 M KCL , 75 mM NH4Cl, 15 mM MgCl2 , 0.1M MES
2772蒸気拡散法, ハンギングドロップ法714% MPD, 0.2 M KCL , 75 mM NH4Cl, 15 mM MgCl2 , 0.1M MES

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 142385 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.89 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 13.22 / Num. measured all: 1266264
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.8-3.90.6681.4381.439367010416104041.52599.9
3.9-4.010.7391.131.958814710184101431.20199.6
4.01-4.120.80.8892.4380923991299040.9599.9
4.12-4.250.9160.5733.8886937959995960.608100
4.25-4.390.9570.4185.3687939933493290.44299.9
4.39-4.540.9750.3196.8685035906090590.337100
4.54-4.710.9830.2488.681098870787070.262100
4.71-4.910.9870.210.3577258841784170.212100
4.91-5.120.9910.16612.2672693807880770.176100
5.12-5.370.9920.14313.8565836775277460.15299.9
5.37-5.660.9930.12116.0863371732673000.12999.6
5.66-6.010.9960.1071965983699969970.113100
6.01-6.420.9960.10220.1560887656765660.108100
6.42-6.940.9960.0923.255730615161480.095100
6.94-7.60.9970.07826.8649022567156690.083100
7.6-8.50.9960.07128.4140409515751260.07699.4
8.5-9.810.9970.06633.9740966458245750.0799.8
9.81-12.020.9980.05636.9433028389138820.0699.8
12.02-16.990.9970.05137.0223140308630470.05598.7
16.990.9990.04541.5814192180216930.04894

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1J5E

1j5e


解像度: 3.8035→49.715 Å / FOM work R set: 0.809 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2568 7034 4.96 %Inherited from 1j5e
Rwork0.2328 134708 --
obs0.234 141742 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8035→49.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20984 32394 149 0 53527
Biso mean--36.21 --
残基数----4128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00857747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29285452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10610693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0155212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.37126595
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8035-3.84670.31651930.32084263445695
3.8467-3.89190.31822220.313844314653100
3.8919-3.93940.33082500.32574397464799
3.9394-3.98920.332000.294144594659100
3.9892-4.04170.31052610.295944554716100
4.0417-4.0970.32252580.301444084666100
4.097-4.15550.32632430.281244594702100
4.1555-4.21750.31052210.273844744695100
4.2175-4.28340.29322230.263844534676100
4.2834-4.35360.30382410.256944664707100
4.3536-4.42860.28582590.255344524711100
4.4286-4.50910.26742580.245444334691100
4.5091-4.59570.26982250.242944894714100
4.5957-4.68950.2572250.239944834708100
4.6895-4.79140.24132180.241844814699100
4.7914-4.90270.27592230.235145054728100
4.9027-5.02520.2642470.230944544701100
5.0252-5.16090.23442210.225445074728100
5.1609-5.31260.24482300.220744964726100
5.3126-5.48390.25492260.21754470469699
5.4839-5.67970.25682320.218345134745100
5.6797-5.90670.24332430.209545114754100
5.9067-6.17510.26132160.2145144730100
6.1751-6.50.24512260.216845404766100
6.5-6.90620.23742380.203245174755100
6.9062-7.43780.22762540.202545464800100
7.4378-8.18330.24872170.203445714788100
8.1833-9.36060.23532610.215745644825100
9.3606-11.76760.20652350.211846424877100
11.7676-49.71880.25172680.23664755502399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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