PDB-4owt: Structural basis of SOSS1 complex assembly

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4owt

タイトル

Structural basis of SOSS1 complex assembly

要素

Integrator complex subunit 3
SOSS complex subunit B1
SOSS complex subunit C

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / SOSS1 complex / DNA double-strand breaks / homologous recombination / ssDNA- binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

SOSS complex / establishment of protein localization to telomere / snRNA processing / INTAC complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / integrator complex / G-rich strand telomeric DNA binding / positive regulation of telomere capping / mitotic G2/M transition checkpoint / RNA polymerase II transcription initiation surveillance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ren, W. / Sun, Q. / Tang, X. / Song, H.

資金援助

中国,

シンガポール, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31270816	中国
the Agency for Science, Technology and Research		シンガポール
National Basic Research Program of China (973 Program)	2012CB944402	中国
National Basic Research Program of China (973 Program)	2013CB911003	中国

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of SOSS1 Complex Assembly and Recognition of ssDNA.
著者: Ren, W. / Chen, H. / Sun, Q. / Tang, X. / Lim, S.C. / Huang, J. / Song, H.

履歴

登録	2014年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_keywords.text
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4owt.cif.gz	262.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4owt.ent.gz	208.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4owt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4owt_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4owt_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	4owt_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	4owt_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4owt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4owt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4owwC 4owxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6axf-4 6axf-1 5bxr-1 23566 4y97-3 6rhe-d 5bxt-1 6o2a-4 2ct8-1 5k94-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrator complex subunit 3

B: SOSS complex subunit B1

C: SOSS complex subunit C

88 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.809, 116.809, 109.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Integrator complex subunit 3 / Int3 / SOSS complex subunit A / Sensor of single-strand DNA complex subunit A / Sensor of ssDNA subunit A 分子量: 54147.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS3, C1orf193, C1orf60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68E01
#2: タンパク質	SOSS complex subunit B1 / Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B ...Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B / Sensor of single-strand DNA complex subunit B1 / Sensor of ssDNA subunit B1 / SOSS-B1 / Single-stranded DNA-binding protein 1 / hSSB1 分子量: 22364.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NABP2, OBFC2B, SSB1, LP3587 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQ15
#3: タンパク質	SOSS complex subunit C / INTS3- and NABP-interacting protein / Sensor of single-strand DNA complex subunit C / Sensor of ...INTS3- and NABP-interacting protein / Sensor of single-strand DNA complex subunit C / Sensor of ssDNA subunit C / SOSS-C / Single-stranded DNA-binding protein-interacting protein 1 / hSSBIP1 分子量: 11441.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INIP, C9orf80, SSBIP1, HSPC043, HSPC291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRY2
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 21% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月1日
放射	プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 58840 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 9.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→19.9 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 19.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	5723	5.06 %	Random selection
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.173	113174	100 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4603	0	0	410	5013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4696
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	6355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.403	1750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	741
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	799

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3323	185	0.3146	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.3151	177	0.2932	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0714	0.2873	175	0.2746	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0714-2.0976	0.2867	172	0.2599	3549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0976-2.1252	0.2646	176	0.2486	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1252-2.1543	0.2487	195	0.2266	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1543-2.185	0.2585	182	0.2267	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.185-2.2176	0.234	202	0.2244	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2176-2.2522	0.2304	181	0.2103	3584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2522-2.289	0.2355	230	0.2001	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.289-2.3285	0.2086	180	0.1899	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3285-2.3707	0.1944	207	0.1809	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3707-2.4163	0.2054	182	0.1802	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4163-2.4655	0.2019	210	0.1752	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4655-2.519	0.2572	179	0.1783	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.519-2.5775	0.2	165	0.1628	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5775-2.6418	0.2019	188	0.1662	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6418-2.713	0.2212	207	0.1625	3616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.7927	0.1957	188	0.1634	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7927-2.8826	0.1945	196	0.1596	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8826-2.9853	0.1902	207	0.1565	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9853-3.1044	0.2018	163	0.161	3593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1044-3.2451	0.2029	197	0.1552	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2451-3.4153	0.1582	188	0.1543	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4153-3.6281	0.1829	184	0.1508	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6281-3.9063	0.1706	215	0.1384	3606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9063-4.2958	0.1571	200	0.1385	3547	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2958-4.9093	0.1491	193	0.14	3583	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9093-6.1546	0.189	203	0.1819	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1546-19.8981	0.1877	196	0.1815	3559	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8137	-0.1208	0.5681	1.1021	-0.21	4.8757	-0.1872	-0.1254	-0.0914	-0.168	-0.4249	-0.6304	0.2178	0.9776	0.4778	0.3844	0.0728	0.2032	0.5569	0.0214	0.5573	40.5297	76.9984	9.8485
2	3.9614	-0.6432	0.1296	4.1635	1.7993	4.0792	0.1037	0.7033	-0.06	-1.078	-0.2392	0.1568	-0.3939	-0.1396	0.2425	0.4766	-0.0278	0.1574	0.3496	-0.0746	0.334	33.4241	78.8429	-4.5875
3	2.823	0.4932	0.0484	2.6693	0.7392	3.5187	-0.2024	0.0336	0.0361	-0.4609	0.0568	-0.116	0.2412	-0.0981	0.1445	0.3438	0.0204	0.176	0.2423	-0.0371	0.3214	27.84	80.7917	6.2167
4	1.9482	-0.2596	0.3185	1.6112	-0.7476	2.7917	-0.0313	-0.1594	0.0503	0.0439	0.1043	0.0749	-0.1015	-0.1541	-0.0353	0.3	-0.0042	0.133	0.1883	-0.0619	0.2782	22.9683	85.0521	12.4664
5	2.4826	0.1459	-0.1967	1.6322	-0.0814	2.5075	-0.0193	0.0945	0.168	-0.2207	0.0556	-0.1295	0.0649	0.0439	-0.0545	0.2271	-0.0019	0.1102	0.1427	-0.0303	0.2091	15.9383	89.0134	21.844
6	1.1748	0.5326	-1.1653	2.4692	-0.9281	1.914	-0.0219	0.1762	0.0256	-0.2923	0.153	0.0329	0.117	-0.2945	-0.1475	0.1952	-0.0233	0.0132	0.1834	-0.025	0.1301	2.1063	88.7354	28.0261
7	2.1611	-0.7489	-0.1762	1.6496	-0.2977	2.3765	-0.0696	-0.1437	-0.2194	-0.1022	0.0051	-0.3661	0.2615	0.4382	0.0347	0.1935	0.0465	0.0799	0.2525	0.0092	0.2705	20.7205	72.1437	38.0641
8	2.0785	-0.2609	-0.0779	2.1247	-0.4997	2.2791	-0.0505	-0.2242	-0.1141	-0.0496	0.0482	-0.0492	0.3247	-0.0739	-0.0055	0.2006	-0.044	0.0593	0.2124	-0.002	0.1487	3.0571	71.1862	45.8118
9	1.4217	-0.2709	-0.0249	1.762	2.0638	4.8413	0.0042	-0.1258	-0.0849	0.1419	-0.0557	0.1051	0.3462	-0.2384	0.0683	0.2508	-0.041	0.0535	0.311	0.0581	0.1955	1.5333	67.409	57.1749
10	0.8256	-0.6594	-0.32	0.6268	0.3754	0.2503	-0.0578	-0.1226	-0.7744	0.1404	0.1382	-0.0541	0.4057	0.5197	-0.1894	0.3707	0.3473	0.2519	0.9172	0.3616	1.094	45.6805	58.1793	34.7735
11	3.6171	0.3156	1.6136	4.6579	-2.6827	7.7599	-0.3717	-0.5	-0.6539	0.9015	-0.6323	-1.3008	-0.9302	1.5964	0.8189	0.4247	0.0925	-0.1118	0.9652	0.2272	0.8082	46.3176	70.4152	36.9132
12	3.6492	-1.2337	1.3081	0.8291	-0.3884	0.4667	-0.0869	-0.198	-0.4317	0.1028	-0.2598	-0.9653	0.3465	1.1267	0.0563	0.3417	0.1912	0.029	1.2467	0.2343	1.0001	48.6799	67.2813	31.5672
13	0.1565	-0.1752	0.2311	0.8301	-0.1324	0.4297	-0.1649	-0.6533	-0.6738	0.5073	0.005	-0.8505	0.1964	0.3672	0.0636	0.2584	0.3809	0.0789	0.6487	0.3785	0.9963	39.4113	61.6184	40.6533
14	7.6712	2.1856	-2.0337	5.1558	-0.6547	8.1745	-0.0492	-0.9581	-0.1318	1.7445	-0.1907	-0.5527	0.3704	0.1889	0.1474	0.5829	0.039	-0.1042	0.2365	-0.0646	0.2849	10.7898	94.566	52.9929
15	2.1459	0.1877	0.7849	3.5228	-1.3821	4.6925	-0.0171	-0.2387	0.1581	0.4886	-0.0265	0.0954	-0.3386	-0.1723	0.0374	0.1553	-0.0038	0.0272	0.1749	-0.0569	0.132	4.4842	87.9547	48.1145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 99 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 100 THROUGH 136 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 137 THROUGH 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 171 THROUGH 222 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 223 THROUGH 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 298 THROUGH 395 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 396 THROUGH 465 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 466 THROUGH 498 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 22 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 23 THROUGH 69 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 70 THROUGH 97 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 98 THROUGH 109 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 63 THROUGH 78 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 79 THROUGH 101 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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