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- PDB-4ow6: Crystal structure of Diphtheria Toxin at acidic pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ow6
タイトルCrystal structure of Diphtheria Toxin at acidic pH
要素Diphtheria toxin
キーワードTOXIN / TRANSFERASE / Diphtheria toxin translocation / membrane insertion / bicelles / membrane channels
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain ...Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Leka, O. / Vallese, F. / Pirazzini, M. / Berto, P. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Diphtheria toxin conformational switching at acidic pH.
著者: Leka, O. / Vallese, F. / Pirazzini, M. / Berto, P. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphtheria toxin
B: Diphtheria toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8232
ポリマ－116,8232
非ポリマー00
水00
1
A: Diphtheria toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4111
ポリマ－58,4111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diphtheria toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4111
ポリマ－58,4111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.440, 141.280, 176.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diphtheria toxin


分子量: 58411.359 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-560 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
株: C7 (beta)
参照: UniProt: H2GU79, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.44 Å / Num. all: 30102 / Num. obs: 30102 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→45.135 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3216 1452 5.12 %
Rwork0.238 --
obs0.2421 28350 94.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7374 0 0 0 7374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50710192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7222714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90010.34231500.29022711X-RAY DIFFRACTION98
2.9001-3.01620.35391550.26152717X-RAY DIFFRACTION97
3.0162-3.15340.33181570.24942758X-RAY DIFFRACTION98
3.1534-3.31960.35561300.24352745X-RAY DIFFRACTION98
3.3196-3.52750.38741490.25442304X-RAY DIFFRACTION83
3.5275-3.79970.35211310.29392391X-RAY DIFFRACTION85
3.7997-4.18190.37411180.24262458X-RAY DIFFRACTION86
4.1819-4.78640.241460.18282869X-RAY DIFFRACTION99
4.7864-6.02810.30171600.21872883X-RAY DIFFRACTION100
6.0281-45.14060.29011560.2333062X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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