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万見
- PDB-4ow2: YopM from Yersinia enterocolitica WA-314 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ow2
タイトルYopM from Yersinia enterocolitica WA-314
要素Yop effector YopM
キーワードTOXIN / leucine-rich repeat / LRR
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Yop effector YopM / :
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica WA-314 (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rumm, A. / Perbandt, M. / Aepfelbacher, M.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2016
タイトル: Immunosuppressive Yersinia Effector YopM Binds DEAD Box Helicase DDX3 to Control Ribosomal S6 Kinase in the Nucleus of Host Cells.
著者: Laura Berneking / Marie Schnapp / Andreas Rumm / Claudia Trasak / Klaus Ruckdeschel / Malik Alawi / Adam Grundhoff / Alexey G Kikhney / Friedrich Koch-Nolte / Friedrich Buck / Markus Perbandt ...著者: Laura Berneking / Marie Schnapp / Andreas Rumm / Claudia Trasak / Klaus Ruckdeschel / Malik Alawi / Adam Grundhoff / Alexey G Kikhney / Friedrich Koch-Nolte / Friedrich Buck / Markus Perbandt / Christian Betzel / Dmitri I Svergun / Moritz Hentschke / Martin Aepfelbacher /
要旨: Yersinia outer protein M (YopM) is a crucial immunosuppressive effector of the plaque agent Yersinia pestis and other pathogenic Yersinia species. YopM enters the nucleus of host cells but neither ...Yersinia outer protein M (YopM) is a crucial immunosuppressive effector of the plaque agent Yersinia pestis and other pathogenic Yersinia species. YopM enters the nucleus of host cells but neither the mechanisms governing its nucleocytoplasmic shuttling nor its intranuclear activities are known. Here we identify the DEAD-box helicase 3 (DDX3) as a novel interaction partner of Y. enterocolitica YopM and present the three-dimensional structure of a YopM:DDX3 complex. Knockdown of DDX3 or inhibition of the exportin chromosomal maintenance 1 (CRM1) increased the nuclear level of YopM suggesting that YopM exploits DDX3 to exit the nucleus via the CRM1 export pathway. Increased nuclear YopM levels caused enhanced phosphorylation of Ribosomal S6 Kinase 1 (RSK1) in the nucleus. In Y. enterocolitica infected primary human macrophages YopM increased the level of Interleukin-10 (IL-10) mRNA and this effect required interaction of YopM with RSK and was enhanced by blocking YopM's nuclear export. We propose that the DDX3/CRM1 mediated nucleocytoplasmic shuttling of YopM determines the extent of phosphorylation of RSK in the nucleus to control transcription of immunosuppressive cytokines.
履歴
登録2014年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Derived calculations
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yop effector YopM
B: Yop effector YopM
C: Yop effector YopM
D: Yop effector YopM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,4444
ポリマ－201,4444
非ポリマー00
水1,06359
1
A: Yop effector YopM
C: Yop effector YopM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7222
ポリマ－100,7222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Yop effector YopM
D: Yop effector YopM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7222
ポリマ－100,7222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.847, 126.290, 139.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 34 - 481 / Label seq-ID: 1 - 448

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Yop effector YopM


分子量: 50360.988 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 34-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica WA-314 (腸炎エルシニア)
遺伝子: YWA314_20912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K1AZR9, UniProt: A0A0J9X1Z0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: BisTris Propane, sodium citrate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 64045 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.59 % / Biso Wilson estimate: 94.62 Å2 / Net I/σ(I): 14.2

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 35.165 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20124 2707 5.1 %RANDOM
Rwork0.18148 ---
obs0.18251 50515 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 201.09 Å2 / Biso mean: 101.759 Å2 / Biso min: 41.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20 Å2-0.79 Å2
2---0.76 Å2-0 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14167 0 0 59 14226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01914487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0213998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2342.03119862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.169332456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3651788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.68925.666683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.598152445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4941592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.22324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6137.4727164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6137.4727163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.31211.2128948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.31211.2128949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0757.8537320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0747.8537318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.18911.65410914
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.8458.15914734
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.82958.15714729
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A282290.1
12B282290.1
21A279950.11
22C279950.11
31A280880.11
32D280880.11
41B276630.11
42C276630.11
51B279240.11
52D279240.11
61C282380.1
62D282380.1
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 180 -
Rwork0.293 3710 -
obs--99.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6179-0.38270.53780.4642-0.61411.08020.17710.0059-0.1774-0.255-0.09840.09330.11510.1193-0.07860.35170.0229-0.09340.10170.02250.171379.5805-60.9324150.8392
20.4151-0.5335-0.14961.03650.61321.05830.1694-0.00290.2489-0.3854-0.0384-0.2524-0.1113-0.0059-0.1310.36520.01230.12090.0097-0.02790.2333369.1454-24.2145149.5053
30.56750.6809-0.24390.9421-0.40610.53030.00410.0071-0.0142-0.04090.07930.1234-0.15260.1134-0.08340.3124-0.08980.03770.17230.09070.2351406.6628-38.4064169.2198
40.51910.56880.35680.8650.24670.4813-0.0089-0.1775-0.0851-0.15640.0137-0.21940.0412-0.2837-0.00470.247-0.0880.10540.2958-0.00060.184342.9944-45.3397168.4611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 481
2X-RAY DIFFRACTION2B34 - 481
3X-RAY DIFFRACTION3C34 - 481
4X-RAY DIFFRACTION4D34 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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