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万見
- PDB-4ova: Structure of the two tandem Tudor domains and a new identified KH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ova
タイトルStructure of the two tandem Tudor domains and a new identified KH0 domain from human Fragile X Mental Retardation Protein
要素Fragile X mental retardation protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / KH DOMAIN / FRAGILE X MENTAL RETARDATION PROTEIN / FMRP / tandem Tudor domains / EUKARYOTIC KH DOMAINS / KH0 domain / protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular transport of viral material / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / dendritic filopodium / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / poly(G) binding / histone H3 reader activity / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of neuronal action potential / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule ...positive regulation of intracellular transport of viral material / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / dendritic filopodium / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / poly(G) binding / histone H3 reader activity / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of neuronal action potential / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule / animal organ development / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of long-term synaptic depression / regulation of dendritic spine development / RNA strand annealing activity / chromocenter / filopodium tip / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / regulation of filopodium assembly / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / poly(A) binding / siRNA binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / membraneless organelle assembly / growth cone filopodium / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / sequence-specific mRNA binding / miRNA binding / positive regulation of filopodium assembly / poly(U) RNA binding / glutamate receptor signaling pathway / intracellular membraneless organelle / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of dendritic spine development / dynein complex binding / positive regulation of receptor internalization / chromosome, centromeric region / glial cell projection / mRNA transport / mRNA export from nucleus / Cajal body / negative regulation of cytoplasmic translation / translation regulator activity / translation initiation factor binding / translation repressor activity / axon terminus / signaling adaptor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / RNA splicing / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / cell projection / molecular condensate scaffold activity / mRNA 5'-UTR binding / cellular response to virus / RNA stem-loop binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / nervous system development / presynapse / chromosome / ribosome binding / growth cone / presynaptic membrane / G-quadruplex RNA binding / perikaryon / microtubule binding / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynapse / negative regulation of translation / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / ribonucleoprotein complex / axon / DNA repair / mRNA binding / dendrite / synapse / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain ...Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / SH3 type barrels. - #140 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / SH3 type barrels. / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fragile X messenger ribonucleoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, Z.H. / Chen, Z.Z.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: The amino-terminal structure of human fragile X mental retardation protein obtained using precipitant-immobilized imprinted polymers
著者: Hu, Y. / Chen, Z.H. / Fu, Y. / He, Q. / Jiang, L. / Zheng, J. / Gao, Y. / Mei, P. / Chen, Z.Z. / Ren, X.
履歴
登録2014年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fragile X mental retardation protein 1
B: Fragile X mental retardation protein 1
C: Fragile X mental retardation protein 1
D: Fragile X mental retardation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4956
ポリマ－97,2514
非ポリマー2442
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.643, 60.842, 168.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Fragile X mental retardation protein 1 / FMRP / Protein FMR-1


分子量: 24312.723 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FMR1 / プラスミド: pet-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06787
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 39030 / Num. obs: 38927 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1920 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O8V

3o8v


解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 18.037 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 1928 5 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
obs0.2207 36716 95.82 %-
all-38644 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 225.99 Å2 / Biso mean: 99 Å2 / Biso min: 47.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å2-5.76 Å2
2--7.98 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6229 0 16 171 6416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9398695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.796313472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.15795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.324.267300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.143151016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9611536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.20610.0513194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.19710.053192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.03115.0543983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.0315.0543984
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.08510.4263199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.08410.4263199
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.96615.4284713
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.10480.0287257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.10680.0137249
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 93 -
Rwork0.428 1557 -
obs--55.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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