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万見
- PDB-4ov9: Structure of isopropylmalate synthase binding with alpha-isopropy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ov9
タイトルStructure of isopropylmalate synthase binding with alpha-isopropylmalate
要素isopropylmalate synthase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta Tim barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


2-isopropylmalate synthase / 2-isopropylmalate synthase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-isopropylmalate synthase, post-catalytic domain-like / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 2. / : / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 1. / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Alpha-isopropylmalate synthase, post-catalytic domain-like / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 2. / : / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 1. / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxy-2-(propan-2-yl)butanedioic acid / 2-isopropylmalate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira biflexa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, Z. / Wu, J. / Wang, C. / Zhang, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Subdomain II of alpha-isopropylmalate synthase is essential for activity: inferring a mechanism of feedback inhibition.
著者: Zhang, Z. / Wu, J. / Lin, W. / Wang, J. / Yan, H. / Zhao, W. / Ma, J. / Ding, J. / Zhang, P. / Zhao, G.P.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: isopropylmalate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3933
ポリマ－46,1511
非ポリマー2422
水2,666148
1
A: isopropylmalate synthase
ヘテロ分子

A: isopropylmalate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7866
ポリマ－92,3032
非ポリマー4834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area5150 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.354, 131.354, 46.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 isopropylmalate synthase / Alpha-isopropylmalate synthase Alpha-IPM synthetase


分子量: 46151.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leptospira biflexa (バクテリア) / 株: Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris / 遺伝子: IPMS2, LEPBI_I1108, leuA2 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0SN40, 2-isopropylmalate synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-VPM / (2S)-2-hydroxy-2-(propan-2-yl)butanedioic acid / 2-イソプロピル-D-りんご酸


分子量: 176.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 % / Mosaicity: 0.337 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 0.8mM sodium formate, 30% PEG 2000 MME, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23769 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.285.50.41823600.73799.9
2.28-2.376.10.3623590.67100
2.37-2.486.30.31423580.692100
2.48-2.616.30.2523400.683100
2.61-2.776.30.20423570.733100
2.77-2.996.30.1523540.772100
2.99-3.296.30.12423830.972100
3.29-3.766.30.10123831.412100
3.76-4.746.30.07224071.59100
4.74-506.10.05624681.43299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.416 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1928 1217 5.1 %RANDOM
Rwork0.1611 ---
obs0.1627 23688 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.98 Å2 / Biso mean: 29.509 Å2 / Biso min: 4.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2952 0 13 148 3113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9484086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2045378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.11224.632136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.97515527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8571516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212248
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.29633018
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.637544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.18653072
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 69 -
Rwork0.177 1604 -
all-1673 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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