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- PDB-4ov6: Crystal structure of PCSK9(53-451) with Adnectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ov6
タイトルCrystal structure of PCSK9(53-451) with Adnectin
要素
  • (Proprotein convertase subtilisin/kexin type ...) x 2
  • Adnectin
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / PCSK9 / Adnectin / LDL-cholesterol / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding ...negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / signaling receptor inhibitor activity / LDL clearance / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of receptor internalization / endolysosome membrane / regulation of signaling receptor activity / sodium channel inhibitor activity / lysosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / triglyceride metabolic process / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / apolipoprotein binding / positive regulation of receptor internalization / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / phospholipid metabolic process / regulation of neuron apoptotic process / VLDLR internalisation and degradation / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / neurogenesis / liver development / kidney development / cholesterol homeostasis / Post-translational protein phosphorylation / neuron differentiation / cellular response to insulin stimulus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / lysosome / early endosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / RNA binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adnectin / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Khan, J.A.
引用ジャーナル: J.Pharmacol.Exp.Ther. / 年: 2014
タイトル: Pharmacologic Profile of the Adnectin BMS-962476, a Small Protein Biologic Alternative to PCSK9 Antibodies for Low-Density Lipoprotein Lowering.
著者: Mitchell, T. / Chao, G. / Sitkoff, D. / Lo, F. / Monshizadegan, H. / Meyers, D. / Low, S. / Russo, K. / DiBella, R. / Denhez, F. / Gao, M. / Myers, J. / Duke, G. / Witmer, M. / Miao, B. / Ho, ...著者: Mitchell, T. / Chao, G. / Sitkoff, D. / Lo, F. / Monshizadegan, H. / Meyers, D. / Low, S. / Russo, K. / DiBella, R. / Denhez, F. / Gao, M. / Myers, J. / Duke, G. / Witmer, M. / Miao, B. / Ho, S.P. / Khan, J. / Parker, R.A.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
D: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
E: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
F: Adnectin
G: Adnectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,20013
ポリマ－105,5016
非ポリマー6997
水2,342130
1
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
F: Adnectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1317
ポリマ－52,7513
非ポリマー3804
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
2
D: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
E: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
G: Adnectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0696
ポリマ－52,7513
非ポリマー3183
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.200, 118.600, 168.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Proprotein convertase subtilisin/kexin type ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / PCSK9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / ...PCSK9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 10591.213 Da / 分子数: 2 / 断片: prodomain (UNP residues 60-152) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / プラスミド: pAcHLT / 細胞株 (発現宿主): High Five Cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NBP7
#2: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / PCSK9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / ...PCSK9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 31295.355 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 153-446) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 / プラスミド: pAcHLT / 細胞株 (発現宿主): High Five Cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FG

#3: タンパク質 Adnectin


分子量: 10864.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A075B5G3*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 137分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% v/v PEG200, 1% v/v ethylene glycol, 0.1 M MES pH 6.5, crystals harvested next day, cryo-protectant: 30% v/v PEG200, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→45.03 Å / Num. all: 42093 / Num. obs: 42093 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 63.78 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.69→2.78 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MAR345データ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.69→22.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9253 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9026 / SU R Cruickshank DPI: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / SU R Blow DPI: 0.391 / SU Rfree Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.258 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 2110 5.04 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.2006 41854 --
obs0.2006 41854 98.28 %-
原子変位パラメータBiso max: 133.27 Å2 / Biso mean: 45.67 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.7317 Å20 Å20 Å2
2---9.131 Å20 Å2
3---0.3993 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.349 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→22.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7005 0 46 130 7181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.14
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.42
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3144 122 4.57 %
Rwork0.2481 2548 -
all0.2509 2670 -
obs--98.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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