+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oul | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human Caprin-2 C1q domain | ||||||
![]() | Caprin-2 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / C1q domain / Wnt signaling | ||||||
機能・相同性 | ![]() dorsal/ventral axis specification / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendrite morphogenesis / negative regulation of cell growth / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell differentiation / receptor complex / negative regulation of translation / signaling receptor binding / centrosome ...dorsal/ventral axis specification / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendrite morphogenesis / negative regulation of cell growth / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell differentiation / receptor complex / negative regulation of translation / signaling receptor binding / centrosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Song, X. / Li, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the C1q domain of Caprin-2 in canonical Wnt signaling 著者: Miao, H. / Jia, Y. / Xie, S. / Wang, X. / Zhao, J. / Chu, Y. / Zhou, Z. / Shi, Z. / Song, X. / Li, L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 132.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 485.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15928.001 Da / 分子数: 6 / 断片: C1q domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6 詳細: 15-20% PEG8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M carcodylate pH6.6., VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.949→45.907 Å / Num. all: 98603 / Num. obs: 88743 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.949→1.98 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.949→45.9 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|