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- PDB-4oty: Crystal structure of lumiracoxib bound to the apo-mouse-cyclooxyg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oty
タイトルCrystal structure of lumiracoxib bound to the apo-mouse-cyclooxygenase-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / protein-drug complex / OXIDOREDUCTASE / NSAIDS / HEME / GLYCOSYLATION / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / drug complex / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / nuclear outer membrane / decidualization / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LUR / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.354 Å
データ登録者Xu, S. / Windsor, M.A. / Banerjee, S. / Marnett, L.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Exploring the molecular determinants of substrate-selective inhibition of cyclooxygenase-2 by lumiracoxib.
著者: Windsor, M.A. / Valk, P.L. / Xu, S. / Banerjee, S. / Marnett, L.J.
履歴
登録2014年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年2月26日ID: 4LLZ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,27911
ポリマ－134,6652
非ポリマー2,6139
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area42840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.663, 133.173, 181.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67332.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pVL-1393 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 2種, 309分子

#4: 化合物 ChemComp-LUR / {2-[(2-chloro-6-fluorophenyl)amino]-5-methylphenyl}acetic acid / Lumiracoxib / ルミラコキシブ


分子量: 293.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13ClFNO2 / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM ...詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM DMSO stocks were added to protein samples. Mixing 3 uL of the protein-inhibitor complex with 3 uL crystallization solution containing 50 mM EPPS, pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550 against reservoir solutions comprised of 50 mM EPPS pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 61558 / Num. obs: 61543 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 1.36 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 52.746 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 5978 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3NT1

3nt1


解像度: 2.354→43.121 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 1876 3.05 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1811 61543 99.61 %-
all-61558 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.354→43.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8939 0 172 307 9418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81512725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6183461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3538-2.41740.28571220.24784409X-RAY DIFFRACTION96
2.4174-2.48860.30341380.23834509X-RAY DIFFRACTION100
2.4886-2.56890.29131310.22454595X-RAY DIFFRACTION100
2.5689-2.66070.28671300.22314585X-RAY DIFFRACTION100
2.6607-2.76720.26611340.21974558X-RAY DIFFRACTION100
2.7672-2.89310.26671500.22064562X-RAY DIFFRACTION100
2.8931-3.04560.27691650.21914585X-RAY DIFFRACTION100
3.0456-3.23630.25621540.21194563X-RAY DIFFRACTION100
3.2363-3.48610.25511620.19754583X-RAY DIFFRACTION100
3.4861-3.83680.19821370.16454612X-RAY DIFFRACTION100
3.8368-4.39150.17711540.14864636X-RAY DIFFRACTION100
4.3915-5.5310.18571540.1434667X-RAY DIFFRACTION100
5.531-43.12790.19881450.16754803X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.149-0.0578-0.1627-0.0557-0.07830.4756-0.05310.36750.7171-0.05330.0041-0.2038-0.558-0.1009-0.04380.5943-0.1009-0.02890.2620.13720.8141-25.676664.170131.5233
20.01770.0078-0.0450.0425-0.02170.0088-0.1490.15770.22570.1442-0.0234-0.1558-0.18320.2917-00.4833-0.1237-0.03010.62620.15780.5701-2.340748.128328.8831
30.40460.02830.1696-0.05560.18590.28660.02490.11340.15990.0488-0.0611-0.0083-0.09590.061100.31670.02670.01710.2920.0430.2813-31.675241.910726.1587
40.8988-0.27640.26340.15230.01720.85120.05310.22610.02020.0533-0.0006-0.0010.04110.185800.29370.018-0.00340.30230.02790.2668-19.504630.981727.9061
50.1112-0.08230.22160.0134-0.01540.30470.0397-0.03390.22440.32350.0799-0.14930.29610.4893-0.00280.38380.0042-0.04160.59-0.07910.5475-1.277137.911263.2636
60.0237-0.00550.01760.0343-0.00830.0847-0.29750.18380.39620.0830.0652-0.0368-0.26870.1631-0.20490.5025-0.0567-0.27180.5285-0.16420.8583-14.990462.408965.5363
70.12860.0422-0.01780.01820.00020.0313-0.0502-0.07640.0325-0.1079-0.01990.07430.30040.190500.39240.0539-0.04150.3692-0.00340.2827-18.111628.017165.4098
80.05480.1315-0.11790.644-0.25430.1298-0.1304-0.42330.2887-0.3672-0.11240.08580.1793-0.0528-0.07860.27210.00980.00010.6256-0.15530.291-32.578142.634673.7845
90.518-0.18550.4220.44470.00250.4683-0.035-0.29060.2406-0.1118-0.0127-0.0327-0.011-0.1123-0.00360.25360.002-0.01730.2861-0.09630.3231-39.538948.566359.6827
100.02040.014-0.0380.0157-0.02420.02-0.1445-0.55410.0867-0.02280.07040.2056-0.0089-0.382100.44480.0514-0.02140.9901-0.17830.4336-46.743347.98280.3527
110.310.2425-0.19010.1563-0.16310.343-0.1316-0.3474-0.07680.11260.0269-0.10480.28570.0504-0.04720.45490.005-0.0750.6126-0.09370.3307-19.234836.630678.0541
120.43570.01660.30211.0241-0.50841.3453-0.161-0.25241.0246-0.2498-0.5706-0.74790.08090.3965-0.61220.1829-0.0595-0.16630.2704-0.36960.2673-26.035349.933568.5386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 218 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 219 through 583 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 93 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 94 through 123 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 124 through 181 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 182 through 218 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 219 through 390 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 391 through 428 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 429 through 485 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 486 through 582 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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