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- PDB-4otv: Crystal structure of in cellulo Operophtera brumata CPV18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4otv
タイトルCrystal structure of in cellulo Operophtera brumata CPV18
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / occlusion body / polyhedra / microcrystals / natural crystal to protect virus
機能・相同性Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Operophtera brumata cypovirus 18 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Stuart, D.I. / Sutton, G.C. / Axford, D. / Ji, X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: In cellulo structure determination of a novel cypovirus polyhedrin.
著者: Axford, D. / Ji, X. / Stuart, D.I. / Sutton, G.
履歴
登録2014年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4375
ポリマ－28,3461
非ポリマー1,0904
水4,432246
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,31015
ポリマ－85,0393
非ポリマー3,27012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area13160 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area34960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.040, 103.040, 103.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-626-

HOH

21A-644-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polyhedrin


分子量: 28346.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Operophtera brumata cypovirus 18 (ウイルス)
プラスミド: pOPIN
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q30C70

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非ポリマー , 5種, 250分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 20

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.51 %
結晶化温度: 301 K / pH: 7.5
詳細: Protein crystallized naturally in the cytoplasm, pH 7.5, temperature 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→72.86 Å / Num. all: 18161 / Num. obs: 18161 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 1.34
反射 シェル最高解像度: 1.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
FastDPデータ削減
Blendデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→27.539 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1792 912 5.04 %RANDOM
Rwork0.1218 ---
obs0.1246 18111 89.84 %-
all-18111 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.539 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 65 246 2314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1422904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.790.2927840.20561475X-RAY DIFFRACTION54
1.79-1.90220.22241270.17232315X-RAY DIFFRACTION86
1.9022-2.0490.18371410.14092599X-RAY DIFFRACTION96
2.049-2.25510.17221410.11792662X-RAY DIFFRACTION98
2.2551-2.58120.1891410.11032691X-RAY DIFFRACTION98
2.5812-3.25120.1461430.10462688X-RAY DIFFRACTION98
3.2512-27.54220.15381350.10032769X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.1036 Å / Origin y: 8.6281 Å / Origin z: -34.1329 Å
111213212223313233
T0.0181 Å20.0054 Å20.0014 Å2-0.0187 Å2-0.0041 Å2--0.0093 Å2
L0.178 °20.0709 °2-0.0129 °2-0.1198 °2-0.029 °2--0.0215 °2
S-0.0086 Å °0.0041 Å °-0.0094 Å °-0 Å °0.0101 Å °-0.0035 Å °0.0031 Å °0.0015 Å °-0.005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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