PDB-4ot8: X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ot8

タイトル

X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from Burkholderia cenocepacia bound to PLP and Serine

要素

Serine hydroxymethyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / serine hydroxymethyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from Burkholderia cenocepacia bound to PLP and Serine
著者: Fairman, J.W. / Jensen, M.M. / Sullivan, A.H. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ot8.cif.gz	630.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ot8.ent.gz	520.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ot8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4msoS 4n0w 4otl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n0w-2 2vgv-1 2vms-1 2vib-1 4otl-2 2vmt-1 2vmx-1 1yjs-1 2w7h-1 2w7g-1 2vmv-1 2vmn-1 2vmw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00008.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase

B: Serine hydroxymethyltransferase

C: Serine hydroxymethyltransferase

D: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine hydroxymethyltransferase

C: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
92.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Serine hydroxymethyltransferase

D: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
92.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.220, 179.840, 75.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid
2	1	chain B and segid
3	1	chain C and segid
4	1	chain D and segid

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid	A
2	1	1	chain B and segid	B
3	1	1	chain C and segid	C
4	1	1	chain D and segid	D

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase / SHMT / Serine methylase 分子量: 45983.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: glyA, BCAL3197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4ECY9, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MCSG1 condition F2: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.50, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→89.92 Å / Num. all: 107749 / Num. obs: 98253 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 33.381 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 8.29

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05		0.637	1.71	1	94.7
2.05-2.11		0.542	2.06	1	94.5
2.11-2.17		0.425	2.57	1	94.1
2.17-2.24		0.324	3.29	1	93.8
2.24-2.31		0.282	3.78	1	93.5
2.31-2.39		0.247	4.36	1	92.9
2.39-2.48		0.208	5	1	92.5
2.48-2.58		0.177	5.79	1	92
2.58-2.7		0.143	7.18	1	91.9
2.7-2.83		0.117	8.53	1	90.6
2.83-2.98		0.1	10.03	1	90.2
2.98-3.16		0.081	11.75	1	89.2
3.16-3.38		0.07	13.84	1	89.1
3.38-3.65		0.058	16.53	1	87.6
3.65-4		0.05	18.65	1	87.3
4-4.47		0.047	19.66	1	86.9
4.47-5.16		0.044	20.25	1	86.6
5.16-6.32		0.044	19.93	1	86
6.32-8.94		0.039	22.11	1	84
	8.94	0.033	24.29	1	78.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1659	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MSO

4mso

解像度: 2→42.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	4895	4.98 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.1675	98244	91.38 %
all	-	107749	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.58 Å²	0 Å²	0.82 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12290	0	88	893	13271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	12768
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	17386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.218	4632
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1951
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2314

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7471	X-RAY DIFFRACTION	3.115	TORSIONAL
1	2	B	7471	X-RAY DIFFRACTION	3.115	TORSIONAL
1	3	C	7471	X-RAY DIFFRACTION	3.115	TORSIONAL
1	4	D	7471	X-RAY DIFFRACTION	3.115	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9999-2.0227	0.3034	168	0.2525	3188	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0227-2.0464	0.3124	195	0.2428	3185	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0464-2.0714	0.3021	172	0.2387	3230	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0714-2.0976	0.2818	182	0.2345	3207	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0976-2.1252	0.2782	191	0.227	3181	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1252-2.1543	0.2659	145	0.2133	3203	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1543-2.1851	0.2721	180	0.2085	3202	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1851-2.2177	0.2466	143	0.1966	3212	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2177-2.2524	0.247	177	0.1905	3204	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2524-2.2893	0.2485	169	0.1908	3171	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2893-2.3288	0.2409	173	0.1883	3159	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3288-2.3711	0.256	158	0.1828	3190	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3711-2.4167	0.2446	147	0.1839	3146	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4167-2.466	0.2245	188	0.1777	3143	X-RAY DIFFRACTION	92
2.466-2.5197	0.238	146	0.1787	3177	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5197-2.5783	0.2393	144	0.1709	3119	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5783-2.6427	0.2248	163	0.1686	3156	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6427-2.7142	0.2001	152	0.1646	3125	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7142-2.794	0.2127	162	0.1665	3108	X-RAY DIFFRACTION	90
2.794-2.8842	0.2229	166	0.169	3060	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8842-2.9873	0.2415	156	0.1691	3081	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9873-3.1068	0.2162	175	0.1715	3053	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1068-3.2482	0.2155	174	0.1697	3018	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2482-3.4194	0.1783	151	0.1675	3043	X-RAY DIFFRACTION	89
3.4194-3.6335	0.1984	140	0.1513	3021	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6335-3.9138	0.1636	161	0.141	2979	X-RAY DIFFRACTION	87
3.9138-4.3074	0.172	154	0.1297	2970	X-RAY DIFFRACTION	88
4.3074-4.9298	0.1394	163	0.1292	2980	X-RAY DIFFRACTION	87
4.9298-6.2079	0.1734	152	0.1414	2962	X-RAY DIFFRACTION	86
6.2079-42.3792	0.1377	148	0.1316	2876	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1029	-0.1932	-0.0146	0.5707	0.1946	0.1337	0.0615	0.2351	0.1563	-0.1771	-0.0713	-0.0465	-0.072	0.1141	0.0464	0.156	0.0179	-0.0714	0.2785	0.0339	0.2359	3.2493	30.6351	-48.5422
2	0.501	0.089	-0.2686	0.4661	0.0121	0.7452	-0.0737	-0.0578	-0.1211	-0.0619	-0.0301	-0.0888	0.1977	0.1508	-0.0943	0.1594	-0.0031	-0.0091	0.1061	0.0135	0.1394	17.8252	11.7509	-26.7952
3	0.0998	-0.0285	-0.1482	0.4187	-0.1409	0.5183	-0.0263	-0.0074	0.0157	0.0327	0.0517	0.1164	0.1002	-0.0873	0.0285	0.1053	-0.0519	-0.0162	0.1166	-0.004	0.1523	0.866	18.6693	-25.0377
4	0.0104	0.0151	0.0387	0.0492	0.0037	0.0871	0.071	-0.038	0.1571	0.0311	0.0322	-0.0192	-0.1372	0.2359	0.0012	0.1538	-0.0468	0.0153	0.2111	-0.0032	0.202	1.7283	-23.5576	-32.7152
5	0.3722	-0.0229	-0.0158	0.0905	-0.0397	0.1092	0.0508	0.232	0.0075	-0.0305	-0.0354	-0.0076	0.0507	-0.0284	0.001	0.1013	0.0161	-0.0268	0.1271	0.0241	0.1479	-12.5993	-42.2291	-42.6076
6	0.0333	0.0345	-0.023	0.0447	-0.0445	0.0617	0.1216	-0.05	0.1183	-0.0143	-0.0605	-0.041	-0.055	-0.0015	0.0269	0.176	0.0629	-0.0519	0.3522	0.0586	0.4232	-30.1384	-25.0687	-39.7084
7	0.1081	0.0962	0.0092	0.1358	-0.0104	0.0238	0.0166	0.0177	0.0958	0.0884	-0.1116	0.2792	-0.0364	-0.2448	-0.0267	0.0844	0.0122	0.0005	0.2598	-0.0175	0.3606	-36.0308	-28.9056	-28.6113
8	0.1627	-0.0865	-0.054	0.2225	0.1135	0.1987	0.0232	0.0693	-0.0029	0.0603	-0.0232	0.0896	0.0823	-0.0459	-0.0261	0.0915	-0.0088	-0.0164	0.0914	0.0153	0.1518	-19.9585	-38.1397	-33.6021
9	0.1568	0.0587	0.2297	0.0693	-0.0138	0.5489	0.1525	-0.1542	0.0325	0.1135	-0.0392	0.0513	0.1137	0.1243	0.1973	0.2249	-0.0706	0.0481	0.1254	0.0073	0.1264	-14.4391	-29.8457	-12.3449
10	0.116	0.0885	-0.0601	0.1458	0.0211	0.1523	0.0629	-0.0844	0.1244	0.1452	0.0219	0.1668	-0.1318	0.0517	0.0012	0.2296	-0.0338	0.0535	0.1124	-0.0038	0.1879	-15.0462	-14.8048	-16.2341
11	0.2578	0.1536	0.1824	0.3467	-0.0112	0.6922	0.0226	-0.0982	0.1328	-0.0185	0.0064	0.2147	-0.0305	-0.1782	-0.0095	0.1956	-0.1122	0.0309	0.154	-0.0343	0.299	21.0061	37.3479	-38.0683
12	0.0094	0.0058	0.0036	0.0274	0.0089	0.0149	0.0482	0.0618	0.0097	-0.1919	-0.0249	-0.0922	-0.0512	0.1266	0.0007	0.1903	-0.021	0.0224	0.1973	0.0123	0.133	19.9094	27.5216	-49.6962
13	0.1363	0.1117	-0.1493	0.1366	-0.1337	0.2243	-0.1235	0.1629	-0.1233	-0.2468	0.0102	0.0645	0.3696	-0.0512	-0.0428	0.3236	0.0183	0.0056	0.1651	-0.0446	0.1651	14.727	7.9618	-47.937
14	0.0699	0.0269	0.0472	0.0277	0.025	0.0411	-0.1008	0.1276	-0.175	-0.0031	0.0084	-0.0224	0.158	0.0933	-0.0538	0.6211	0.1285	0.235	0.2129	-0.0556	0.1942	31.64	-0.9576	-61.0696
15	0.1947	0.0359	0.0605	0.0153	-0.0044	0.1161	-0.0828	0.3314	-0.2239	-0.443	-0.0402	0.0881	0.4179	-0.1137	-0.1061	0.4948	-0.0234	0.0295	0.0265	-0.269	-0.1419	16.1305	9.6053	-55.8655
16	0.0014	0.0012	0.001	0.0005	-0.0085	0.0217	-0.0251	0.1418	0.022	-0.0708	0.0234	0.064	-0.0246	0.0664	0.0033	0.6049	0.0455	0.1719	0.3924	0.0364	-0.0041	28.4287	24.477	-69.0763
17	0.1055	-0.0471	0.1075	0.5744	0.376	0.5519	0.0163	0.0677	0.0119	-0.0049	0.016	-0.1655	0.158	0.2618	0.2483	0.4582	0.0439	0.0889	0.3074	0.0222	0.1728	40.7648	19.8909	-58.9459
18	0.0032	0.0036	-0.004	0.0026	0.0015	-0.0023	0.0419	0.0398	0.107	-0.0604	-0.0144	-0.0624	-0.0389	0.1679	0.0315	0.4543	-0.0584	0.2512	0.334	0.0432	0.2319	40.9738	34.8198	-60.0464
19	0.0452	0.0288	0.0263	0.0615	-0.018	0.0618	-0.0065	-0.0166	-0.0061	-0.01	0.0259	-0.1577	0.0588	0.2625	-0.0017	0.1078	0.0361	-0.0169	0.1907	0.0193	0.1693	4.4255	-38.0075	-42.2958
20	0.0239	-0.0167	0.0171	0.0143	-0.0021	0.0135	0.031	-0.0771	0.1975	0.0427	0.0099	0.1134	-0.097	-0.0056	-0	0.2421	-0.0494	0.0112	0.1957	0.0328	0.2699	-6.2282	-14.0019	-40.8271
21	0.1866	0.0127	-0.008	0.0616	0.0924	0.1367	0.0571	0.234	0.0412	-0.2078	0.0486	0.1714	-0.0726	-0.1398	0.1178	0.2255	-0.0081	-0.0711	0.2712	0.097	0.2415	-18.2405	-26.889	-57.0156
22	0.0308	0.0134	0.0016	0.0956	0.0272	0.0126	-0.0088	0.2223	0.0386	-0.28	0.0207	0.0854	-0.1962	-0.077	-0.0256	0.3124	0.0107	-0.0854	0.3373	0.1135	0.1882	-16.0078	-27.389	-72.3438
23	0.3089	-0.1345	-0.2056	0.3836	0.1564	0.5508	0.0911	0.0329	0.3741	-0.2641	0.0678	-0.0278	-0.3496	0.0233	0.1951	0.2228	0.0056	0.002	0.1737	0.1095	0.2086	-7.9737	-20.1989	-56.427
24	0.0917	-0.0221	-0.0144	0.0064	0.0014	0.0035	0.0334	0.0702	0.1376	-0.1021	0.0319	-0.0677	-0.0128	0.023	0.0298	0.2221	-0.0723	0.0495	0.3104	0.0419	0.1659	10.1001	-30.766	-66.7034
25	0.1059	-0.1451	-0.0107	0.1858	-0.0062	0.014	0.044	0.0919	-0.0299	-0.1883	0.0512	0.1538	0.0658	0.091	0.0003	0.2194	-0.0319	-0.0157	0.2636	0.0348	0.1641	-0.5951	-43.6323	-67.4104
26	0.0381	-0.0347	0.0433	0.0308	-0.0185	0.0777	0.0379	0.1235	-0.0874	-0.1087	0.0988	-0.0996	0.0691	0.2358	0.0137	0.2249	0.0366	0.014	0.41	-0.0194	0.2118	12.5202	-48.7162	-62.6268
27	0.0192	0.0199	-0.0216	0.0028	-0.013	0.0073	0.0238	0.0256	-0.0482	0.0339	0.0494	0.0564	0.004	0.0251	0	0.2512	0.0122	-0.0223	0.2284	0.0472	0.2299	0.5587	-12.4355	-45.0686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 237 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 238 through 415 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 54 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 55 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 111 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 142 through 183 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 184 through 279 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 280 through 302 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 303 through 415 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 0 through 29 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 30 through 54 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 55 through 141 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 142 through 183 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 184 through 279 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 280 through 302 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 303 through 373 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 374 through 414 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 7 through 54 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 55 through 87 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 88 through 141 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 142 through 183 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 184 through 279 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 280 through 302 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 303 through 373 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 374 through 414 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 501 through 801 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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