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- PDB-4or2: Human class C G protein-coupled metabotropic glutamate receptor 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4or2
タイトルHuman class C G protein-coupled metabotropic glutamate receptor 1 in complex with a negative allosteric modulator
要素Soluble cytochrome b562, Metabotropic glutamate receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Human metabotropic glutamate receptor 1 / allosteric modulator / novel protein engineering / GPCR network / membrane protein / PSI-Biology / Structural Genomics / GPCR / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / cellular response to electrical stimulus / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / regulation of sensory perception of pain / L-glutamate import across plasma membrane ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / cellular response to electrical stimulus / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / regulation of sensory perception of pain / L-glutamate import across plasma membrane / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sensory perception of pain / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / glutamatergic synapse / dendrite / heme binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 1 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 1 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-FM9 / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Soluble cytochrome b562 / Metabotropic glutamate receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu, H. / Wang, C. / Gregory, K.J. / Han, G.W. / Cho, H.P. / Xia, Y. / Niswender, C.M. / Katritch, V. / Cherezov, V. / Conn, P.J. ...Wu, H. / Wang, C. / Gregory, K.J. / Han, G.W. / Cho, H.P. / Xia, Y. / Niswender, C.M. / Katritch, V. / Cherezov, V. / Conn, P.J. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structure of a class C GPCR metabotropic glutamate receptor 1 bound to an allosteric modulator
著者: Wu, H. / Wang, C. / Gregory, K.J. / Han, G.W. / Cho, H.P. / Xia, Y. / Niswender, C.M. / Katritch, V. / Meiler, J. / Cherezov, V. / Conn, P.J. / Stevens, R.C.
履歴
登録2014年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Structure summary
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32015年4月1日Group: Database references
改定 1.42017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562, Metabotropic glutamate receptor 1
B: Soluble cytochrome b562, Metabotropic glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,11516
ポリマ－86,5102
非ポリマー4,60514
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area35110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.361, 86.552, 168.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562, Metabotropic glutamate receptor 1 / Cytochrome b-562 / mGluR1


分子量: 43254.863 Da / 分子数: 2 / 変異: M7W, H102I, R106L / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of Soluble cytochrome b562 from Escherichia coli (P0ABE7) and residues 581-860 from Metabotropic glutamate receptor 1 from Homo sapiens (Q13255).
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, GRM1_HUMAN, GPRC1A, GRM1, MGLUR1 / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q13255

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非ポリマー , 6種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-FM9 / 4-fluoro-N-methyl-N-{4-[6-(propan-2-ylamino)pyrimidin-4-yl]-1,3-thiazol-2-yl}benzamide / 4-フルオロ-N-[4-[6-(イソプロピルアミノ)-4-ピリミジニル]-2-チアゾリル]-N-メチルベンズアミド


分子量: 371.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18FN5OS
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 100mM HEPES (pH 7.0), 27-30% (v/v) PEG 400, 80-120mM (NH4)2HPO4, 4-8mM TCEP, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 24533 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 84.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
AutoSol位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: Experimental Phasing by using Ta6Br12 soak

解像度: 2.8→35.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9292 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9145 / SU R Cruickshank DPI: 1.673 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 1247 5.09 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.2291 24480 98.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 98.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8067 Å20 Å20 Å2
2--8.28 Å20 Å2
3----18.0867 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.534 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5592 0 290 13 5895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016028HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.118240HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2823SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes842HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6028HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion874SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7369SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 115 4.22 %
Rwork0.2307 2612 -
all0.2333 2727 -
obs--98.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.2126-3.4382-5.82085.04113.83758.27690.20650.2496-0.2209-0.55480.3948-0.31040.05130.8269-0.6013-0.1240.02810.1524-0.1939-0.1246-0.093936.8045-6.67173.8346
20.9312-0.0889-0.07252.1613-0.41342.3002-0.131-0.1427-0.17980.2-0.0486-0.02580.2080.35540.1796-0.24450.04250.0135-0.09630.0914-0.112521.1346-19.919442.0795
38.4895-3.21595.56755.8059-5.82087.36490.0480.72790.0387-0.58120.04070.4457-0.2244-0.2975-0.08870.08490.1824-0.1722-0.0953-0.0319-0.2673-0.5716.90462.5525
41.2088-0.21-0.15042.06490.26392.1657-0.0502-0.1570.13050.0993-0.0176-0.236-0.1650.26390.0678-0.2175-0.03190.0171-0.1444-0.026-0.104510.551316.294243.832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1002 - A|1106 }A2 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|581 - A|843 }A581 - 843
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|1002 - B|1106 }B2 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|581 - B|846 }B581 - 846

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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