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- PDB-4oq9: Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined to 1.4 A Resolution using ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oq9
タイトルSatellite Tobacco Mosaic Virus Refined to 1.4 A Resolution using non-crystallographic symmetry restraints
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS/RNA / Double-helix RNA / Protein-RNA complex / Swiss Jelly-roll beta barrel / VIRUS-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Satellite virus coat domain / Satellite virus coat domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / Coat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Larson, S.B. / Day, J.S. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Satellite tobacco mosaic virus refined to 1.4 angstrom resolution.
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Refined structure of satellite tobacco mosaic virus at 1.8 A resolution.
著者: Larson, S.B. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of satellite tobacco mosaic virus at 2.9 A resolution.
著者: Larson, S.B. / Koszelak, S. / Day, J. / Greenwood, A. / Dodds, J.A. / McPherson, A.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Double-helical RNA in satellite tobacco mosaic virus.
著者: Larson, S.B. / Koszelak, S. / Day, J. / Greenwood, A. / Dodds, J.A. / McPherson, A.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992
タイトル: Macromolecular crystal growth experiments on International Microgravity Laboratory--1.
著者: Day, J. / McPherson, A.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Preliminary analysis of crystals of satellite tobacco mosaic virus.
著者: Koszelak, S. / Dodds, J.A. / McPherson, A.
#6: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Satellite tobacco mosaic virus RNA: structure and implications for assembly.
著者: Larson, S.B. / McPherson, A.
#7: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: A model for the structure of satellite tobacco mosaic virus.
著者: Zeng, Y. / Larson, S.B. / Heitsch, C.E. / McPherson, A. / Harvey, S.C.
履歴
登録2014年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
f: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
j: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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x: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
y: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
z: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
1: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
2: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
3: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
4: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
5: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
6: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
7: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
8: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,955101
ポリマ－365,47760
非ポリマー2,47841
水77,0324276
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
W: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
b: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
c: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
d: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
f: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
g: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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k: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
l: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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p: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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t: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
u: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
v: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
w: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
x: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
y: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
z: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
1: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
2: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
3: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
4: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
5: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
6: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
7: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
8: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
W: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
b: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
c: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
f: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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q: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
r: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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t: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
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v: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
w: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
x: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
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z: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
1: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
2: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
3: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
4: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
5: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
6: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
7: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
8: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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W: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
j: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
k: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
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s: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
t: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
u: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
v: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
w: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
x: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
y: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
z: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
1: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
2: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
3: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
4: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
5: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
6: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
7: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
8: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
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U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
W: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
b: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
c: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
d: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
f: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
g: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
j: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
k: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
l: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
o: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
p: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
q: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
r: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
s: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
t: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
u: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
v: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
w: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
x: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
y: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
z: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
1: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
2: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
3: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
4: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
5: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
6: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
7: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
8: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,471,819404
ポリマ－1,461,907240
非ポリマー9,911164
水3,603200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Q: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
R: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
U: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
W: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Z: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
b: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
c: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
d: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
f: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
g: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
j: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
k: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
l: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
o: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
p: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
q: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
r: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
s: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
t: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
u: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
v: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
w: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
x: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
y: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
z: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
1: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
2: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
3: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
4: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
5: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
6: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
7: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
8: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 368 kDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,955101
ポリマ－365,47760
非ポリマー2,47841
水90150
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
単位格子
Length a, b, c (Å)172.690, 190.300, 201.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D2 (2回x2回 2面回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-5269-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11P
21Q
31R
41T
51V
61X
71Y
81a
12e
22g
32h
42i
52m
62n
13U
23W
33Z
43b
53c
63d
14f
24j
34k
44l
54o
64p
74q
84r
94s
15A
25B
35C
45D
55E
65F
75G
85H
95I
105J
115K
125L
135M
145N
155O

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label alt-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label alt-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111AAAAAA6PP161 - 1701 - 10
211AAAAAA6QQ161 - 1701 - 10
311AAAAAA6RR161 - 1701 - 10
411AAAAAA6TT161 - 1701 - 10
511AAAAAA6VV161 - 1701 - 10
611AAAAAA6XX161 - 1701 - 10
711AAAAAA6YY161 - 1701 - 10
811AAAAAA6aAA161 - 1701 - 10
112UAUUAU6eEA181 - 1901 - 10
212UAUUAU6gGA181 - 1901 - 10
312UAUUAU6hHA181 - 1901 - 10
412UAUUAU6iIA181 - 1901 - 10
512UAUUAU6mMA181 - 1901 - 10
612UAUUAU6nNA181 - 1901 - 10
113ABAABA6UU161 - 1701 - 10
213ABAABA6WW161 - 1701 - 10
313ABAABA6ZZ161 - 1701 - 10
413ABAABA6bBA161 - 1701 - 10
513ABAABA6cCA161 - 1701 - 10
613ABAABA6dDA161 - 1701 - 10
114UBUUBU6fFA181 - 1901 - 10
214UBUUBU6jJA181 - 1901 - 10
314UBUUBU6kKA181 - 1901 - 10
414UBUUBU6lLA181 - 1901 - 10
514UBUUBU6oOA181 - 1901 - 10
614UBUUBU6pPA181 - 1901 - 10
714UBUUBU6qQA181 - 1901 - 10
814UBUUBU6rRA181 - 1901 - 10
914UBUUBU6sSA181 - 1901 - 10
115ASNASNSERSER2AA16 - 1716 - 17
215ASNASNSERSER2BB16 - 1716 - 17
315ASNASNSERSER2CC16 - 1716 - 17
415ASNASNSERSER2DD16 - 1716 - 17
515ASNASNSERSER2EE16 - 1716 - 17
615ASNASNSERSER2FF16 - 1716 - 17
715ASNASNSERSER2GG16 - 1716 - 17
815ASNASNSERSER2HH16 - 1716 - 17
915ASNASNSERSER2II16 - 1716 - 17
1015ASNASNSERSER2JJ16 - 1716 - 17
1115ASNASNSERSER2KK16 - 1716 - 17
1215ASNASNSERSER2LL16 - 1716 - 17
1315ASNASNSERSER2MM16 - 1716 - 17
1415ASNASNSERSER2NN16 - 1716 - 17
1515ASNASNSERSER2OO16 - 1716 - 17
125VALVALVALVAL2AA1919
225VALVALVALVAL2BB1919
325VALVALVALVAL2CC1919
425VALVALVALVAL2DD1919
525VALVALVALVAL2EE1919
625VALVALVALVAL2FF1919
725VALVALVALVAL2GG1919
825VALVALVALVAL2HH1919
925VALVALVALVAL2II1919
1025VALVALVALVAL2JJ1919
1125VALVALVALVAL2KK1919
1225VALVALVALVAL2LL1919
1325VALVALVALVAL2MM1919
1425VALVALVALVAL2NN1919
1525VALVALVALVAL2OO1919
135THRTHRTHRTHR2AA2121
235THRTHRTHRTHR2BB2121
335THRTHRTHRTHR2CC2121
435THRTHRTHRTHR2DD2121
535THRTHRTHRTHR2EE2121
635THRTHRTHRTHR2FF2121
735THRTHRTHRTHR2GG2121
835THRTHRTHRTHR2HH2121
935THRTHRTHRTHR2II2121
1035THRTHRTHRTHR2JJ2121
1135THRTHRTHRTHR2KK2121
1235THRTHRTHRTHR2LL2121
1335THRTHRTHRTHR2MM2121
1435THRTHRTHRTHR2NN2121
1535THRTHRTHRTHR2OO2121
145ARGARGGLYGLY2AA24 - 2624 - 26
245ARGARGGLYGLY2BB24 - 2624 - 26
345ARGARGGLYGLY2CC24 - 2624 - 26
445ARGARGGLYGLY2DD24 - 2624 - 26
545ARGARGGLYGLY2EE24 - 2624 - 26
645ARGARGGLYGLY2FF24 - 2624 - 26
745ARGARGGLYGLY2GG24 - 2624 - 26
845ARGARGGLYGLY2HH24 - 2624 - 26
945ARGARGGLYGLY2II24 - 2624 - 26
1045ARGARGGLYGLY2JJ24 - 2624 - 26
1145ARGARGGLYGLY2KK24 - 2624 - 26
1245ARGARGGLYGLY2LL24 - 2624 - 26
1345ARGARGGLYGLY2MM24 - 2624 - 26
1445ARGARGGLYGLY2NN24 - 2624 - 26
1545ARGARGGLYGLY2OO24 - 2624 - 26
155TYRTYRVALVAL2AA28 - 4528 - 45
255TYRTYRVALVAL2BB28 - 4528 - 45
355TYRTYRVALVAL2CC28 - 4528 - 45
455TYRTYRVALVAL2DD28 - 4528 - 45
555TYRTYRVALVAL2EE28 - 4528 - 45
655TYRTYRVALVAL2FF28 - 4528 - 45
755TYRTYRVALVAL2GG28 - 4528 - 45
855TYRTYRVALVAL2HH28 - 4528 - 45
955TYRTYRVALVAL2II28 - 4528 - 45
1055TYRTYRVALVAL2JJ28 - 4528 - 45
1155TYRTYRVALVAL2KK28 - 4528 - 45
1255TYRTYRVALVAL2LL28 - 4528 - 45
1355TYRTYRVALVAL2MM28 - 4528 - 45
1455TYRTYRVALVAL2NN28 - 4528 - 45
1555TYRTYRVALVAL2OO28 - 4528 - 45
165GLYGLYGLYGLY2AA5050
265GLYGLYGLYGLY2BB5050
365GLYGLYGLYGLY2CC5050
465GLYGLYGLYGLY2DD5050
565GLYGLYGLYGLY2EE5050
665GLYGLYGLYGLY2FF5050
765GLYGLYGLYGLY2GG5050
865GLYGLYGLYGLY2HH5050
965GLYGLYGLYGLY2II5050
1065GLYGLYGLYGLY2JJ5050
1165GLYGLYGLYGLY2KK5050
1265GLYGLYGLYGLY2LL5050
1365GLYGLYGLYGLY2MM5050
1465GLYGLYGLYGLY2NN5050
1565GLYGLYGLYGLY2OO5050
175VALVALGLYGLY2AA57 - 5857 - 58
275VALVALGLYGLY2BB57 - 5857 - 58
375VALVALGLYGLY2CC57 - 5857 - 58
475VALVALGLYGLY2DD57 - 5857 - 58
575VALVALGLYGLY2EE57 - 5857 - 58
675VALVALGLYGLY2FF57 - 5857 - 58
775VALVALGLYGLY2GG57 - 5857 - 58
875VALVALGLYGLY2HH57 - 5857 - 58
975VALVALGLYGLY2II57 - 5857 - 58
1075VALVALGLYGLY2JJ57 - 5857 - 58
1175VALVALGLYGLY2KK57 - 5857 - 58
1275VALVALGLYGLY2LL57 - 5857 - 58
1375VALVALGLYGLY2MM57 - 5857 - 58
1475VALVALGLYGLY2NN57 - 5857 - 58
1575VALVALGLYGLY2OO57 - 5857 - 58
185PHEPHEPHEPHE2AA61 - 7061 - 70
285PHEPHEPHEPHE2BB61 - 7061 - 70
385PHEPHEPHEPHE2CC61 - 7061 - 70
485PHEPHEPHEPHE2DD61 - 7061 - 70
585PHEPHEPHEPHE2EE61 - 7061 - 70
685PHEPHEPHEPHE2FF61 - 7061 - 70
785PHEPHEPHEPHE2GG61 - 7061 - 70
885PHEPHEPHEPHE2HH61 - 7061 - 70
985PHEPHEPHEPHE2II61 - 7061 - 70
1085PHEPHEPHEPHE2JJ61 - 7061 - 70
1185PHEPHEPHEPHE2KK61 - 7061 - 70
1285PHEPHEPHEPHE2LL61 - 7061 - 70
1385PHEPHEPHEPHE2MM61 - 7061 - 70
1485PHEPHEPHEPHE2NN61 - 7061 - 70
1585PHEPHEPHEPHE2OO61 - 7061 - 70
195SERSERVALVAL2AA72 - 7572 - 75
295SERSERVALVAL2BB72 - 7572 - 75
395SERSERVALVAL2CC72 - 7572 - 75
495SERSERVALVAL2DD72 - 7572 - 75
595SERSERVALVAL2EE72 - 7572 - 75
695SERSERVALVAL2FF72 - 7572 - 75
795SERSERVALVAL2GG72 - 7572 - 75
895SERSERVALVAL2HH72 - 7572 - 75
995SERSERVALVAL2II72 - 7572 - 75
1095SERSERVALVAL2JJ72 - 7572 - 75
1195SERSERVALVAL2KK72 - 7572 - 75
1295SERSERVALVAL2LL72 - 7572 - 75
1395SERSERVALVAL2MM72 - 7572 - 75
1495SERSERVALVAL2NN72 - 7572 - 75
1595SERSERVALVAL2OO72 - 7572 - 75
1105SERSERLEULEU2AA77 - 9677 - 96
2105SERSERLEULEU2BB77 - 9677 - 96
3105SERSERLEULEU2CC77 - 9677 - 96
4105SERSERLEULEU2DD77 - 9677 - 96
5105SERSERLEULEU2EE77 - 9677 - 96
6105SERSERLEULEU2FF77 - 9677 - 96
7105SERSERLEULEU2GG77 - 9677 - 96
8105SERSERLEULEU2HH77 - 9677 - 96
9105SERSERLEULEU2II77 - 9677 - 96
10105SERSERLEULEU2JJ77 - 9677 - 96
11105SERSERLEULEU2KK77 - 9677 - 96
12105SERSERLEULEU2LL77 - 9677 - 96
13105SERSERLEULEU2MM77 - 9677 - 96
14105SERSERLEULEU2NN77 - 9677 - 96
15105SERSERLEULEU2OO77 - 9677 - 96
1115PROPROPHEPHE2AA98 - 10098 - 100
2115PROPROPHEPHE2BB98 - 10098 - 100
3115PROPROPHEPHE2CC98 - 10098 - 100
4115PROPROPHEPHE2DD98 - 10098 - 100
5115PROPROPHEPHE2EE98 - 10098 - 100
6115PROPROPHEPHE2FF98 - 10098 - 100
7115PROPROPHEPHE2GG98 - 10098 - 100
8115PROPROPHEPHE2HH98 - 10098 - 100
9115PROPROPHEPHE2II98 - 10098 - 100
10115PROPROPHEPHE2JJ98 - 10098 - 100
11115PROPROPHEPHE2KK98 - 10098 - 100
12115PROPROPHEPHE2LL98 - 10098 - 100
13115PROPROPHEPHE2MM98 - 10098 - 100
14115PROPROPHEPHE2NN98 - 10098 - 100
15115PROPROPHEPHE2OO98 - 10098 - 100
1125THRTHRASPASP2AA102 - 104102 - 104
2125THRTHRASPASP2BB102 - 104102 - 104
3125THRTHRASPASP2CC102 - 104102 - 104
4125THRTHRASPASP2DD102 - 104102 - 104
5125THRTHRASPASP2EE102 - 104102 - 104
6125THRTHRASPASP2FF102 - 104102 - 104
7125THRTHRASPASP2GG102 - 104102 - 104
8125THRTHRASPASP2HH102 - 104102 - 104
9125THRTHRASPASP2II102 - 104102 - 104
10125THRTHRASPASP2JJ102 - 104102 - 104
11125THRTHRASPASP2KK102 - 104102 - 104
12125THRTHRASPASP2LL102 - 104102 - 104
13125THRTHRASPASP2MM102 - 104102 - 104
14125THRTHRASPASP2NN102 - 104102 - 104
15125THRTHRASPASP2OO102 - 104102 - 104
1135THRTHRPROPRO2AA106 - 127106 - 127
2135THRTHRPROPRO2BB106 - 127106 - 127
3135THRTHRPROPRO2CC106 - 127106 - 127
4135THRTHRPROPRO2DD106 - 127106 - 127
5135THRTHRPROPRO2EE106 - 127106 - 127
6135THRTHRPROPRO2FF106 - 127106 - 127
7135THRTHRPROPRO2GG106 - 127106 - 127
8135THRTHRPROPRO2HH106 - 127106 - 127
9135THRTHRPROPRO2II106 - 127106 - 127
10135THRTHRPROPRO2JJ106 - 127106 - 127
11135THRTHRPROPRO2KK106 - 127106 - 127
12135THRTHRPROPRO2LL106 - 127106 - 127
13135THRTHRPROPRO2MM106 - 127106 - 127
14135THRTHRPROPRO2NN106 - 127106 - 127
15135THRTHRPROPRO2OO106 - 127106 - 127
1145ASNASNVALVAL2AA129 - 135129 - 135
2145ASNASNVALVAL2BB129 - 135129 - 135
3145ASNASNVALVAL2CC129 - 135129 - 135
4145ASNASNVALVAL2DD129 - 135129 - 135
5145ASNASNVALVAL2EE129 - 135129 - 135
6145ASNASNVALVAL2FF129 - 135129 - 135
7145ASNASNVALVAL2GG129 - 135129 - 135
8145ASNASNVALVAL2HH129 - 135129 - 135
9145ASNASNVALVAL2II129 - 135129 - 135
10145ASNASNVALVAL2JJ129 - 135129 - 135
11145ASNASNVALVAL2KK129 - 135129 - 135
12145ASNASNVALVAL2LL129 - 135129 - 135
13145ASNASNVALVAL2MM129 - 135129 - 135
14145ASNASNVALVAL2NN129 - 135129 - 135
15145ASNASNVALVAL2OO129 - 135129 - 135
1155ASPASPASNASN4AA138 - 139138 - 139
2155ASPASPASNASN4BB138 - 139138 - 139
3155ASPASPASNASN4CC138 - 139138 - 139
4155ASPASPASNASN4DD138 - 139138 - 139
5155ASPASPASNASN4EE138 - 139138 - 139
6155ASPASPASNASN4FF138 - 139138 - 139
7155ASPASPASNASN4GG138 - 139138 - 139
8155ASPASPASNASN4HH138 - 139138 - 139
9155ASPASPASNASN4II138 - 139138 - 139
10155ASPASPASNASN4JJ138 - 139138 - 139
11155ASPASPASNASN4KK138 - 139138 - 139
12155ASPASPASNASN4LL138 - 139138 - 139
13155ASPASPASNASN4MM138 - 139138 - 139
14155ASPASPASNASN4NN138 - 139138 - 139
15155ASPASPASNASN4OO138 - 139138 - 139
1165CYSCYSGLUGLU4AA141 - 142141 - 142
2165CYSCYSGLUGLU4BB141 - 142141 - 142
3165CYSCYSGLUGLU4CC141 - 142141 - 142
4165CYSCYSGLUGLU4DD141 - 142141 - 142
5165CYSCYSGLUGLU4EE141 - 142141 - 142
6165CYSCYSGLUGLU4FF141 - 142141 - 142
7165CYSCYSGLUGLU4GG141 - 142141 - 142
8165CYSCYSGLUGLU4HH141 - 142141 - 142
9165CYSCYSGLUGLU4II141 - 142141 - 142
10165CYSCYSGLUGLU4JJ141 - 142141 - 142
11165CYSCYSGLUGLU4KK141 - 142141 - 142
12165CYSCYSGLUGLU4LL141 - 142141 - 142
13165CYSCYSGLUGLU4MM141 - 142141 - 142
14165CYSCYSGLUGLU4NN141 - 142141 - 142
15165CYSCYSGLUGLU4OO141 - 142141 - 142
1175ARGARGCYSCYS4AA144 - 147144 - 147
2175ARGARGCYSCYS4BB144 - 147144 - 147
3175ARGARGCYSCYS4CC144 - 147144 - 147
4175ARGARGCYSCYS4DD144 - 147144 - 147
5175ARGARGCYSCYS4EE144 - 147144 - 147
6175ARGARGCYSCYS4FF144 - 147144 - 147
7175ARGARGCYSCYS4GG144 - 147144 - 147
8175ARGARGCYSCYS4HH144 - 147144 - 147
9175ARGARGCYSCYS4II144 - 147144 - 147
10175ARGARGCYSCYS4JJ144 - 147144 - 147
11175ARGARGCYSCYS4KK144 - 147144 - 147
12175ARGARGCYSCYS4LL144 - 147144 - 147
13175ARGARGCYSCYS4MM144 - 147144 - 147
14175ARGARGCYSCYS4NN144 - 147144 - 147
15175ARGARGCYSCYS4OO144 - 147144 - 147
1185VALVALILEILE4AA150 - 154150 - 154
2185VALVALILEILE4BB150 - 154150 - 154
3185VALVALILEILE4CC150 - 154150 - 154
4185VALVALILEILE4DD150 - 154150 - 154
5185VALVALILEILE4EE150 - 154150 - 154
6185VALVALILEILE4FF150 - 154150 - 154
7185VALVALILEILE4GG150 - 154150 - 154
8185VALVALILEILE4HH150 - 154150 - 154
9185VALVALILEILE4II150 - 154150 - 154
10185VALVALILEILE4JJ150 - 154150 - 154
11185VALVALILEILE4KK150 - 154150 - 154
12185VALVALILEILE4LL150 - 154150 - 154
13185VALVALILEILE4MM150 - 154150 - 154
14185VALVALILEILE4NN150 - 154150 - 154
15185VALVALILEILE4OO150 - 154150 - 154
1195CYSCYSCYSCYS4AA156156
2195CYSCYSCYSCYS4BB156156
3195CYSCYSCYSCYS4CC156156
4195CYSCYSCYSCYS4DD156156
5195CYSCYSCYSCYS4EE156156
6195CYSCYSCYSCYS4FF156156
7195CYSCYSCYSCYS4GG156156
8195CYSCYSCYSCYS4HH156156
9195CYSCYSCYSCYS4II156156
10195CYSCYSCYSCYS4JJ156156
11195CYSCYSCYSCYS4KK156156
12195CYSCYSCYSCYS4LL156156
13195CYSCYSCYSCYS4MM156156
14195CYSCYSCYSCYS4NN156156
15195CYSCYSCYSCYS4OO156156
1205PHEPHEASNASN4AA158 - 159158 - 159
2205PHEPHEASNASN4BB158 - 159158 - 159
3205PHEPHEASNASN4CC158 - 159158 - 159
4205PHEPHEASNASN4DD158 - 159158 - 159
5205PHEPHEASNASN4EE158 - 159158 - 159
6205PHEPHEASNASN4FF158 - 159158 - 159
7205PHEPHEASNASN4GG158 - 159158 - 159
8205PHEPHEASNASN4HH158 - 159158 - 159
9205PHEPHEASNASN4II158 - 159158 - 159
10205PHEPHEASNASN4JJ158 - 159158 - 159
11205PHEPHEASNASN4KK158 - 159158 - 159
12205PHEPHEASNASN4LL158 - 159158 - 159
13205PHEPHEASNASN4MM158 - 159158 - 159
14205PHEPHEASNASN4NN158 - 159158 - 159
15205PHEPHEASNASN4OO158 - 159158 - 159

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 15分子 ABCDEFGHIJKLMNO

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: grown in Nicotiana Tobacum plants
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574

-
RNA鎖 , 3種, 45分子 PQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrs...

#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3247.100 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide decamer
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide decamer
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
#4: RNA鎖
RNA (5'-R(P*UP*U)-3')


分子量: 567.374 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide dimer
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)

-
非ポリマー , 5種, 4317分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: crystals grown from 15% ammonium sulfate on earth with a reservoir of 15% ammonium sulfate over 14 days., pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月3日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→48.35 Å / Num. all: 643001 / Num. obs: 613720 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.23 % / Biso Wilson estimate: 26.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.65 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.4-1.452.170.3542.98315274307067.3
1.45-1.512.90.3633.27053586111195.5
1.51-1.584.010.3873.75613276270098
1.58-1.665.740.4194.15106476350899
1.66-1.767.140.4134.74837166376199.5
1.76-1.97.610.45.24552936359699.1
1.9-2.098.060.35963648316331898.6
2.09-2.398.850.2667.72513726344198.6
2.39-3.0211.010.14614.21771486409199.2
3.02-48.3512.770.06631.4933746512499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
Coot0.6.2モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A34

1a34


解像度: 1.45→48.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Num. parameters: 247916 / Num. restraintsaints: 452738 / WRfactor Rfree: 0.2706 / WRfactor Rwork: 0.2348 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 4.012 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.0974 / Isotropic thermal model: Mixed isotropic/anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; NCS restraints were applied to equivalent chains (entities 1, 2 and 3, but not 4); NCS restraints for entities 2 and 3 were divided into 2 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; NCS restraints were applied to equivalent chains (entities 1, 2 and 3, but not 4); NCS restraints for entities 2 and 3 were divided into 2 sets for each entity (4 NCS groups in total) based on the part id assigned to each individual chain. Close contacts between RNA atoms are due to inherent disorder that exists in the crystal lattice.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24973 28359 5 %RANDOM
Rwork0.21652 ---
all0.21817 570721 --
obs0.21817 570721 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 45.601 Å2 / Biso min: 10.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16770 6720 125 4276 27891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02226291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0221955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.252.27637559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7863.00349911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90152568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.54822.485809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.822153197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.14815199
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.24636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02125150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.025674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.32943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.317720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.58737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.511721
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.54396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1240.520
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2050.514
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.956211633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.81124524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.069319452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.039316033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.504914658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7917431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.3881217910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1891233878
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.443320102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.3249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.210.3997
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.5459
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.120.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2010.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11P331LOOSE POSITIONAL0.010.02
12Q331LOOSE POSITIONAL0.010.02
13R331LOOSE POSITIONAL00.02
14T331LOOSE POSITIONAL0.010.02
15V331LOOSE POSITIONAL0.010.02
16X331LOOSE POSITIONAL0.010.02
17Y331LOOSE POSITIONAL0.010.02
18a331LOOSE POSITIONAL0.010.02
11P331LOOSE THERMAL0.050.5
12Q331LOOSE THERMAL0.040.5
13R331LOOSE THERMAL0.040.5
14T331LOOSE THERMAL0.060.5
15V331LOOSE THERMAL0.040.5
16X331LOOSE THERMAL0.050.5
17Y331LOOSE THERMAL0.040.5
18a331LOOSE THERMAL0.050.5
21e301LOOSE POSITIONAL0.010.02
22g301LOOSE POSITIONAL0.010.02
23h301LOOSE POSITIONAL0.010.02
24i301LOOSE POSITIONAL0.010.02
25m301LOOSE POSITIONAL0.010.02
26n301LOOSE POSITIONAL0.010.02
21e301LOOSE THERMAL0.060.5
22g301LOOSE THERMAL0.060.5
23h301LOOSE THERMAL0.050.5
24i301LOOSE THERMAL0.070.5
25m301LOOSE THERMAL0.060.5
26n301LOOSE THERMAL0.060.5
31U331LOOSE POSITIONAL0.010.02
32W331LOOSE POSITIONAL0.010.02
33Z331LOOSE POSITIONAL0.010.02
34b331LOOSE POSITIONAL0.010.02
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36d331LOOSE POSITIONAL0.010.02
31U331LOOSE THERMAL0.070.5
32W331LOOSE THERMAL0.070.5
33Z331LOOSE THERMAL0.060.5
34b331LOOSE THERMAL0.070.5
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36d331LOOSE THERMAL0.060.5
41f301LOOSE POSITIONAL0.010.02
42j301LOOSE POSITIONAL0.010.02
43k301LOOSE POSITIONAL0.010.02
44l301LOOSE POSITIONAL0.010.02
45o301LOOSE POSITIONAL0.010.02
46p301LOOSE POSITIONAL0.010.02
47q301LOOSE POSITIONAL0.010.02
48r301LOOSE POSITIONAL0.010.02
49s301LOOSE POSITIONAL0.010.02
41f301LOOSE THERMAL0.040.5
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LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.45-1.4880.59320370.595384384047594.97
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1.872-1.9550.31115930.276307863237998.6
1.955-2.050.30915980.276293883098698.57
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2.161-2.2920.29113850.243265282791398.53
2.292-2.4510.25812940.211250612635599.01
2.451-2.6470.23712260.192233722459899.07
2.647-2.90.21711120.173216012271399.31
2.9-3.2420.19510260.158196222064899.48
3.242-3.7430.1729330.141173331826699.63
3.743-4.5830.1617490.125147981554799.77
4.583-6.4780.1795860.156115301211699.84
6.478-48.350.2793130.2616344665796.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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