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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4op9 | ||||||
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タイトル | Urate OXIDASE IN COMPLEX WITH 8-AZAXANTHINE | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HOMOTETRAMER / T-FOLD DOMAIN / PURISME METABOLISM / URIC ACID / PEROXISOME | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colloc'h, N. / Prange, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional relevance of the internal hydrophobic cavity of urate oxidase. 著者: Colloc'h, N. / Prange, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AZA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: バッチ法 / pH: 8.5 詳細: 10-15MG/ML URATE OXIDASE, 8-AZAXANTHIN IN EXCESS, 5-8% PEG8000, 50MM TRIS ACETATE, pH 8.5, BATCH, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→70 Å / Num. obs: 55375 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 33.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2674 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY 開始モデル: 2IBA 解像度: 1.58→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.293 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→20 Å
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拘束条件 |
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