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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ood | ||||||
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タイトル | Structure of K42Y mutant of sperm whale myoglobin | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE / globin / oxygen binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lebioda, L. / Wang, C. / Lovelace, L.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of K42N and K42Y sperm whale myoglobins point to an inhibitory role of distal water in peroxidase activity. 著者: Wang, C. / Lovelace, L.L. / Sun, S. / Dawson, J.H. / Lebioda, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 831.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 832.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17400.143 Da / 分子数: 1 / 変異: K42Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MB / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.7 M ammonium sulfate, 20 mM Tris/HCl, 1 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.24 Å / Num. obs: 36894 / % possible obs: 94.25 % / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.271 Å / % possible all: 65.15 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3OCK ![]() 3ock 解像度: 1.24→24.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.731 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.493 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→24.39 Å
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拘束条件 |
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