PDB-4onx: 2.8 Angstrom Crystal Structure of Sensor Domain of Histidine Kina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4onx

タイトル

2.8 Angstrom Crystal Structure of Sensor Domain of Histidine Kinase from Clostridium perfringens.

要素

Sensor histidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / sensor histidine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kwon, K. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.8 Angstrom Crystal Structure of Sensor Domain of Histidine Kinase from Clostridium perfringens.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kwon, K. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4onx.cif.gz	336.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4onx.ent.gz	291.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4onx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4onx_validation.pdf.gz	499.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4onx_full_validation.pdf.gz	515.2 KB	表示
XML形式データ	4onx_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	4onx_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onx	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4z7h-d 3lj2-2 6eht-d 6xdd-d 3bep-d 3wfp-12 6w3c-1 4yzc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04540

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (9) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sensor histidine kinase

B: Sensor histidine kinase

C: Sensor histidine kinase

D: Sensor histidine kinase

E: Sensor histidine kinase

F: Sensor histidine kinase

ヘテロ分子

115 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.903, 82.739, 73.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	35 - 158
2	1	B	35 - 158
1	2	A	35 - 162
2	2	C	35 - 162
1	3	A	35 - 159
2	3	D	35 - 159
1	4	A	35 - 158
2	4	E	35 - 158
1	5	A	35 - 158
2	5	F	35 - 158
1	6	B	35 - 158
2	6	C	35 - 158
1	7	B	35 - 158
2	7	D	35 - 158
1	8	B	35 - 158
2	8	E	35 - 158
1	9	B	35 - 158
2	9	F	35 - 158
1	10	C	35 - 159
2	10	D	35 - 159
1	11	C	35 - 158
2	11	E	35 - 158
1	12	C	35 - 158
2	12	F	35 - 158
1	13	D	35 - 158
2	13	E	35 - 158
1	14	D	35 - 158
2	14	F	35 - 158
1	15	E	31 - 159
2	15	F	31 - 159

NCSアンサンブル:

ID
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詳細

Chains A, B, C, D, E, and F form a hexamer.

#1: タンパク質	Sensor histidine kinase 分子量: 19119.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 株: ATCC 13124 / 遺伝子: CPF_0511 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0TTS5, UniProt: A0A0H2YV09*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein: 7.5 mG/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: Trap96 (B9), 0.2M Ammonium sulfate, 4% (w/v) Sugar; Cryo: 1:1, screen : 50% Sucrose., VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 7.5 mG/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: Trap96 (B9), 0.2M Ammonium sulfate, 4% (w/v) Sugar; Cryo: 1:1, screen : 50% Sucrose., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.1 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 7.5 mG/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: Trap96 (B9), 0.2M Ammonium sulfate, 4% (w/v) Sugar; Cryo: 1:1, screen : 50% Sucrose., VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 21394 / Num. obs: 21394 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 82.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 31.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1090 / R_sym value: 0.612 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 34.048 / SU ML: 0.325
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24984	1088	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19726	-	-	-
all	0.19993	20178	-	-
obs	0.19993	20178	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.512 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	-0 Å²	1.67 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6231	0	31	42	6304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6404
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	5989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.969	8605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.179	3	13809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.346	5	765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.553	25.468	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.194	15	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.774	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.924	3.892	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.925	3.892	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.998	5.824	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.998	5.824	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.601	4.39	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.459	4.369	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.874	6.369	4745
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.238	31.966	7383
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.237	31.895	7372

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6696	0.14
1	2	B	6696	0.14
2	1	A	7159	0.11
2	2	C	7159	0.11
3	1	A	6707	0.14
3	2	D	6707	0.14
4	1	A	6580	0.15
4	2	E	6580	0.15
5	1	A	6532	0.15
5	2	F	6532	0.15
6	1	B	6730	0.13
6	2	C	6730	0.13
7	1	B	7035	0.1
7	2	D	7035	0.1
8	1	B	6532	0.15
8	2	E	6532	0.15
9	1	B	6684	0.12
9	2	F	6684	0.12
10	1	C	6840	0.14
10	2	D	6840	0.14
11	1	C	6592	0.15
11	2	E	6592	0.15
12	1	C	6606	0.15
12	2	F	6606	0.15
13	1	D	6453	0.16
13	2	E	6453	0.16
14	1	D	6680	0.13
14	2	F	6680	0.13
15	1	E	6736	0.16
15	2	F	6736	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	75	-
R_work	0.252	1496	-
obs	-	1496	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	27.2669	-13.4806	-8.0772	8.3414	3.3715	5.352	0.0475	-0.3926	0.3011	-0.5678	0.2872	0.1639	-0.7599	0.0265	-0.3347	0.5405	-0.0363	-0.1524	0.1122	0.0963	0.331	-8.9573	1.9607	-38.6996
2	10.6018	-3.468	0.1188	9.4534	1.3305	0.2582	-0.1021	0.3381	0.2097	0.0385	0.073	-0.4069	0.0872	0.0684	0.0291	0.3368	0.0622	0.0979	0.1201	0.0793	0.3574	8.5315	-10.9137	-37.8609
3	24.5508	-2.0152	2.3665	0.5024	-1.6501	8.9153	-0.1286	-0.4591	-0.305	-0.106	0.0706	0.1489	-0.2851	-0.1178	0.058	0.4646	-0.0641	-0.0424	0.1001	-0.0137	0.443	1.5554	1.458	-31.4131
4	4.4019	-1.8583	-4.2925	8.9566	2.7509	4.355	-0.1555	-0.3107	0.2582	-0.0948	0.4199	0.2516	0.051	0.2258	-0.2644	0.2727	0.103	-0.0458	0.2648	0.0253	0.3072	0.7039	-9.4894	-29.3475
5	9.5795	0.9863	-12.533	0.2635	-1.1431	19.9328	0.1768	0.1031	0.1479	-0.0019	0.0347	0.3134	-1.6465	-1.1747	-0.2114	0.7175	0.279	0.0934	0.6186	0.0054	0.7123	-9.2593	1.5257	-9.065
6	7.6062	-3.6239	5.6992	1.7665	-3.0502	14.7824	-0.2567	-0.3033	-0.1653	0.1731	0.1028	0.1654	0.3954	-1.1567	0.1539	0.4485	-0.1805	0.176	0.7395	0.0122	0.4757	-11.5273	-6.8306	-7.0853
7	5.7832	-6.7312	-11.8853	7.9189	13.9945	24.7463	-0.3983	0.4024	-0.2453	0.459	-0.3356	0.4101	0.8138	-0.6634	0.734	0.4324	-0.0568	-0.0287	0.5033	0.1099	0.6981	-12.7898	-3.1312	-31.0501
8	7.746	-4.2699	-5.2676	9.3252	4.6017	7.1741	-0.019	-0.0859	0.5442	0.1613	0.4149	-0.2229	0.152	-0.2258	-0.3959	0.1466	-0.0005	-0.1079	0.1253	0.0222	0.2056	-6.669	-7.0784	-35.9487
9	11.7376	8.7722	1.1237	20.6753	2.802	0.9633	-0.1074	-0.6499	-0.4144	0.5331	0.3106	0.1555	0.5293	0.3517	-0.2032	0.6547	0.1843	-0.0506	0.4675	0.0807	0.3241	0.6601	-11.6894	-2.0646
10	12.6895	0	-6.6678	7.6318	2.8649	11.3739	0.2103	-0.1879	0.3344	-0.0675	-0.2373	-0.4231	-1.0425	1.0733	0.027	0.4606	-0.0477	-0.0494	0.467	0.0764	0.3744	9.4917	6.4124	-7.577
11	22.2583	7.5526	5.5393	6.6035	6.6726	8.4676	-0.4695	0.515	-0.5175	-0.1713	0.3511	-0.1507	0.4018	0.5408	0.1184	0.5267	0.1811	0.0433	0.2598	0.0369	0.2985	7.3005	-8.8249	-12.8424
12	6.851	2.6652	4.4364	6.6336	2.6105	4.6474	-0.14	-0.1102	0.2528	0.102	0.2011	0.0191	-0.5298	0.4236	-0.0611	0.3863	0.0309	0.0587	0.3306	0.0453	0.2811	0.199	-0.7911	-13.9044
13	24.3282	9.1852	13.0689	19.6828	22.0532	25.0966	-0.5928	-1.1701	-1.092	1.2053	0.0774	0.6688	1.1931	-0.045	0.5154	0.4055	-0.0338	0.0816	0.3519	0.2163	0.4206	-9.8934	-13.4005	-28.2398
14	6.2965	-11.543	5.2909	21.2448	-8.3778	32.6828	0.0446	0.3175	-0.4914	-0.0466	-0.5256	0.8824	0.9471	0.0004	0.4809	0.2451	-0.086	-0.1858	0.2591	-0.1213	0.6105	-11.2085	-15.9666	-40.1592
15	0.1803	-0.0799	1.3819	2.9271	-0.8695	10.7473	-0.0082	-0.0545	0.0573	0.0338	-0.3175	0.559	0.1618	-0.4938	0.3257	0.223	-0.0599	-0.0459	0.5037	0.0777	0.4872	-13.506	-8.1558	-22.7633
16	4.0298	2.974	5.1487	14.9382	11.2711	11.0655	0.0434	-0.5818	-0.2364	-0.1899	0.305	-0.3952	-0.1396	-0.4257	-0.3484	0.3353	-0.0086	0.1383	0.3766	-0.0266	0.2019	-1.5965	-1.5893	-3.3576
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22	9.5439	-2.2899	3.0359	0.5605	-0.862	13.4654	0.5138	0.9119	-0.5058	-0.1576	-0.1524	0.0563	0.0567	0.4569	-0.3614	0.599	-0.0857	0.067	0.9215	0.062	0.8971	44.4966	4.9075	-48.1517
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47	11.7223	3.7654	-0.627	12.2835	-6.2563	3.452	0.6564	-1.1385	-1.7557	1.0384	-0.0694	0.8644	-0.0377	0.098	-0.5869	2.0396	0.598	0.2236	1.0817	0.2541	0.6904	17.9505	-16.3874	3.583
48	7.8468	0.3637	6.1844	15.6365	11.3677	12.8806	-1.1596	0.7984	0.1226	0.1186	1.3849	0.3237	-0.2804	1.9648	-0.2253	1.089	0.3825	-0.3935	1.2129	-0.228	0.7197	26.4016	-1.2476	3.59

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	87 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	104 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	121 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	133 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	139 - 162
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	35 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	55 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	74 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	85 - 106
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	107 - 115
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	116 - 123
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	124 - 137
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	138 - 159
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	35 - 52
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	53 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	67 - 96
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	97 - 109
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	110 - 119
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	120 - 132
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	133 - 140
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	141 - 162
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	35 - 57
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	58 - 73
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	74 - 97
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	124 - 137
47	X-RAY DIFFRACTION	47	F	138 - 149
48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	150 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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