PDB-4onq: Crystal structure of ntDRM E283S/R309S/F310S/Y590S/D591S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4onq

タイトル

Crystal structure of ntDRM E283S/R309S/F310S/Y590S/D591S mutant

要素

DNA methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / DNA methyltransferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Molecular Mechanism of Action of Plant DRM De Novo DNA Methyltransferases.
著者: Zhong, X. / Du, J. / Hale, C.J. / Gallego-Bartolome, J. / Feng, S. / Vashisht, A.A. / Chory, J. / Wohlschlegel, J.A. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.

履歴

登録	2014年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4onq.cif.gz	275.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4onq.ent.gz	224.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4onq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/4onq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4onjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g9h-d 2dul-d 3u7r-d 3wn6-3 4dnc-2 4hmz-2 2ejt-d 1gyr-3 3wn6-2 2eju-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA methyltransferase

B: DNA methyltransferase

ヘテロ分子

81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.504, 131.504, 88.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	DNA methyltransferase / ntDRM 分子量: 40231.906 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 255-608) / 変異: E283S/R309S/F310S/Y590S/D591S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: DRM, NtDRM1 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL 参照: UniProt: Q76KU6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium nitrate, 20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月28日
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 31550 / Num. obs: 31550 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 45.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3023 / R_sym value: 0.694 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ONJ

4onj

解像度: 2.502→32.876 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2303	1524	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1849	-	-	-
obs	0.1872	30026	99.9 %	-
all	-	31550	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→32.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5134	0	54	113	5301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.41	7241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.556	1981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	786
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	931

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.502-2.5825	0.2668	136	0.2418	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5825-2.6748	0.3372	129	0.2379	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6748-2.7818	0.3145	144	0.2381	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7818-2.9083	0.3063	135	0.2348	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9083-3.0616	0.2559	133	0.2375	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0616-3.2532	0.2643	139	0.2129	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2532-3.5042	0.2315	148	0.2035	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5042-3.8563	0.2859	139	0.1801	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8563-4.4132	0.1804	153	0.1508	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4132-5.5558	0.1755	140	0.1522	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5558-32.8788	0.2223	128	0.1753	2661	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6755	-0.6877	1.1953	1.3323	-0.63	2.1031	-0.114	-1.0112	0.0705	0.5049	-0.0367	0.0924	-0.0975	-0.4866	0.1597	0.6896	-0.0298	0.1175	0.6505	-0.0286	0.4087	-27.7962	39.7805	5.89
2	2.7214	0.1348	1.5308	1.8499	0.2972	0.943	0.0004	-0.5324	0.3779	0.1055	-0.209	0.1815	-0.0262	-0.3496	0.1756	0.5398	0.0016	0.1632	0.3779	-0.0819	0.4691	-36.9487	44.0434	-12.2801
3	5.2426	1.5494	-1.7418	3.2165	0.6838	5.1319	0.183	-0.189	-0.0872	-0.0261	-0.2468	0.3509	0.2658	-0.7222	0.0414	0.3721	-0.0034	0.0811	0.3515	-0.0367	0.3917	-49.5382	31.7713	-21.274
4	2.9976	0.5566	0.8684	0.8455	0.1213	2.2573	0.0179	0.0525	0.0126	0.1166	-0.0349	-0.3136	0.0167	0.226	-0.0027	0.3792	-0.0278	0.0449	0.2618	0.0018	0.4936	-16.5611	38.6799	-11.7718
5	4.959	1.1623	-0.8087	4.569	-0.6916	3.2864	-0.1034	-0.608	-0.6225	0.8131	-0.0533	-0.4835	0.1943	0.3514	0.0938	0.7056	0.0007	-0.1065	0.5251	0.1253	0.5834	-7.6491	33.1026	2.6524
6	1.2496	-1.0553	0.3466	1.318	-0.3725	2.1651	0.7828	0.7532	-0.3387	-1.0156	-0.1723	0.4541	-0.0599	0.0535	-0.1411	1.3958	0.4847	-0.2687	1.0682	-0.3272	0.6954	-30.5902	72.7885	-20.0495
7	2.3751	-0.5138	-1.1591	1.5557	0.1085	2.0745	0.7271	0.7386	-0.0929	-0.9065	-0.2407	0.4708	0.4539	-0.5171	0.2985	1.089	0.2203	-0.308	0.6181	-0.1366	0.5194	-35.9517	75.0405	-7.2639
8	6.0074	-1.8905	0.7675	4.8072	0.9987	3.868	0.2112	0.506	0.0524	-0.1543	0.088	0.9259	-0.2535	-1.2216	-0.2187	0.5234	0.034	-0.1737	0.7236	0.1481	0.6715	-53.8626	81.3185	10.0834
9	1.8357	-0.9106	-0.1267	2.0607	1.3062	2.8453	0.4033	0.3127	0.0297	-0.7099	-0.1965	-0.2953	-0.1582	0.3869	-0.1312	0.6984	0.1578	-0.0024	0.4266	-0.0117	0.4585	-18.5048	79.2123	-2.853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 258 through 335 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 336 through 382 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 383 through 429 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 430 through 544 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 545 through 604 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 258 through 289 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 290 through 382 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 383 through 429 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 430 through 603 )

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