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- PDB-4omz: Crystal Structure of NolR from Sinorhizobium fredii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omz
タイトルCrystal Structure of NolR from Sinorhizobium fredii
要素NolR
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / NolR
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium fredii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Lee, S.G. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for regulation of rhizobial nodulation and symbiosis gene expression by the regulatory protein NolR.
著者: Lee, S.G. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NolR
B: NolR
C: NolR
D: NolR
E: NolR
F: NolR
G: NolR
H: NolR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,29522
ポリマ－101,9658
非ポリマー1,33014
水4,378243
1
A: NolR
B: NolR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6814
ポリマ－25,4912
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
2
C: NolR
D: NolR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8716
ポリマ－25,4912
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
3
E: NolR
F: NolR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8716
ポリマ－25,4912
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
4
G: NolR
H: NolR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8716
ポリマ－25,4912
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.771, 99.619, 113.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-322-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
NolR


分子量: 12745.669 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium fredii (根粒菌) / 遺伝子: nolR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83TD2
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.6 M sodium phosphate monobasic/0.4 M potassium phosphate dibasic, 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→37.4 Å / Num. obs: 32349 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→37.4 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1546 5.07 %
Rwork0.203 --
obs0.205 30519 93.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5908 0 70 243 6221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1058117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6152261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043953
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6411-2.72630.3406730.25551386X-RAY DIFFRACTION49
2.7263-2.82370.31881280.25182485X-RAY DIFFRACTION88
2.8237-2.93670.29021630.22792783X-RAY DIFFRACTION99
2.9367-3.07030.29311410.24342771X-RAY DIFFRACTION100
3.0703-3.23210.261450.22952800X-RAY DIFFRACTION100
3.2321-3.43450.28291500.21942793X-RAY DIFFRACTION100
3.4345-3.69940.22931590.20332768X-RAY DIFFRACTION99
3.6994-4.07130.19521350.1772779X-RAY DIFFRACTION100
4.0713-4.65950.2291390.1592818X-RAY DIFFRACTION99
4.6595-5.86680.20871450.19442838X-RAY DIFFRACTION100
5.8668-37.42580.241680.19962752X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83760.12551.3163.0613-0.25167.21740.07150.0318-0.3241-0.68660.22080.17180.23530.5579-0.24660.39090.05430.04950.2365-0.00910.45035.3993-29.179818.8894
20.0354-0.05590.29060.6658-0.41042.37340.0558-0.49240.02350.23730.03840.122-0.0783-0.0021-0.05270.35940.04250.74540.62530.12790.30024.4629-26.356345.9224
37.3518-0.03941.93634.38910.42110.55280.2616-0.9433-0.24680.6743-0.04630.3931-0.111-0.0963-0.24630.48710.02350.2180.52140.16150.7473-0.6463-33.602741.601
42.6327-0.44851.25374.3702-0.98392.36810.2601-0.332-0.29610.5654-0.19210.1123-0.1094-0.1791-0.12570.20650.00810.11640.28550.02910.326910.9146-29.609840.781
51.18261.57961.80092.11032.40562.7421-0.0887-1.1691-0.48381.4895-0.0688-0.41350.1230.49750.16361.26430.11510.33420.70190.10620.63664.6268-19.02454.1425
61.16550.6001-0.74111.2938-0.03636.4801-0.1905-0.46020.18320.25590.29580.3425-0.3148-0.06990.0040.30530.15590.12490.3194-0.03540.37081.8454-18.089229.1506
70.7063-0.6879-0.23677.601-5.7625.4393-0.09990.0729-0.06060.1691-0.3219-0.43470.030.64750.40.36730.15280.08460.46710.05930.39766.121-12.194410.7597
86.06564.47042.81979.6873-5.30369.8357-0.05830.5434-0.4468-1.05840.30980.68010.6662-0.5606-0.29170.3851-0.0009-0.04620.3564-0.02750.3411-2.1358-20.79398.3872
94.3413-0.4058-3.37271.73780.6446.61450.0306-0.0198-0.0043-0.0148-0.1530.6944-0.032-0.6990.06760.23670.00920.11730.36480.15490.6647-6.4969-16.315217.7015
100.7810.2367-0.25480.9485-0.49471.6660.04130.11340.064-0.03680.00280.1156-0.1282-0.0371-0.0970.18720.09760.18390.2791-0.04940.32375.3114-13.049717.8945
112.85241.0049-1.3634.59841.21171.3255-0.06512.34620.3508-2.0325-0.12250.3899-1.4558-1.07250.17890.90130.11030.10651.27290.02470.585834.0408-35.729833.0981
123.3655-0.2857-1.19433.20981.67367.01710.19110.0003-0.4060.23640.0218-0.3575-0.1087-0.1037-0.11190.2803-0.08020.00920.22590.10880.370536.2734-35.721459.0488
135.16812.29621.86581.1531.52794.3421-0.0821-0.3021-0.26810.37150.30470.21180.1681-0.2592-0.16320.7516-0.0278-0.1640.60990.30160.472937.2477-37.272578.8765
142.92271.02371.12071.77890.90943.8454-0.1503-0.4685-0.56390.45850.2763-0.37080.4881-0.1906-0.02330.32220.0372-0.00230.25630.12330.413739.3461-33.224169.2825
154.162-2.2491-2.63493.1168-0.71644.8331-0.1368-2.30140.15421.5213-0.1643-0.2615-0.45360.26080.29011.0171-0.20820.01661.36490.1730.500128.0295-35.889282.3426
163.0299-0.2180.47722.65931.35454.97550.157-0.2636-0.34380.3476-0.18210.25060.0789-0.0914-0.0070.1881-0.13360.06050.30190.01990.340826.7606-38.594456.4029
177.49390.73153.8681.14831.37656.7373-0.04880.7948-0.0862-0.39040.3634-0.4854-0.30420.4524-0.25560.3244-0.12550.08320.39250.00110.374526.9869-40.964336.5828
182.82061.16061.55791.12670.73972.51470.1306-0.0385-0.4573-0.124-0.0055-0.15420.253-0.1837-0.1090.22-0.05750.08380.19740.10250.383322.7881-38.956346.093
191.2315-0.98560.59161.8855-0.65277.768-0.16850.8365-0.0327-0.92670.13220.45270.4798-0.0524-0.01290.5631-0.3151-0.14340.5867-0.01220.45712.1146-65.328415.3267
203.00572.5241-3.28125.2213-2.89853.75250.4934-0.3770.50080.7359-0.06280.1078-0.30860.1631-0.30650.2974-0.02850.02610.22980.02710.37681.6963-62.524943.465
212.3448-2.14981.90362.7946-1.93931.631-0.0268-0.13310.03320.26790.27350.72270.1259-0.3888-0.38760.2564-0.06320.01950.3840.09550.6752-6.7664-65.627338.8196
221.0860.4701-0.56212.9961-2.22423.38120.1239-0.0511-0.06870.02810.01240.23710.1609-0.0886-0.0730.1675-0.0622-0.07920.19980.00680.29265.2719-68.878338.5913
232.3717-0.3246-0.45383.76551.60218.43340.00820.19240.12620.29850.14360.41790.0280.1192-0.08560.1751-0.081-0.10690.29520.04130.38855.2643-54.622228.3761
240.93160.15160.96680.97480.84242.27420.0103-0.2737-0.11540.10070.0299-0.04580.08580.0997-0.02140.553-0.014-0.3110.70080.13450.3023.8899-53.63655.8913
251.42281.0766-0.82613.3426-1.51511.96580.20150.37140.4862-0.6615-0.04090.550.0918-0.4378-0.00920.22660.0204-0.07940.40590.04380.36017.742-51.18715.4952
260.6651-1.1954-2.01755.26160.69858.86520.0117-2.2864-0.30281.4260.20070.21640.9324-1.0937-0.23740.6645-0.14-0.22831.28610.01860.574434.2362-46.55823.0606
273.7161-0.5425-3.95383.32932.66765.5515-0.0061-0.57630.36670.1077-0.0018-0.95660.25591.069-0.04490.28380.0739-0.02360.28040.01770.491538.7362-46.30016.4681
282.2918-0.2647-0.42571.6669-1.75344.6221-0.02370.1239-0.0578-0.58650.08850.2221-0.0155-0.18430.01170.5170.0240.03720.26860.30370.33733.5732-46.1278-13.3792
295.8003-2.5583-1.94941.1531.21315.4001-0.01690.4830.4405-0.39930.1849-0.0113-0.2294-0.2825-0.13640.61710.04370.22060.56740.26670.384837.3474-44.6301-22.352
303.41350.32390.63255.10360.62922.7707-0.09870.68260.7345-0.6090.0427-0.316-0.79940.28850.06250.5517-0.08680.1630.34330.20780.732642.7311-40.0364-13.3176
313.332-0.7862-0.50471.04250.07063.8201-0.2620.3449-0.0355-0.52140.1179-0.2994-0.1176-0.04510.09520.3165-0.04390.12440.18610.04010.354938.85-51.7584-12.5225
322.93950.2036-0.39342.71090.16599.9039-0.05350.80660.4191-0.8894-0.26330.1774-0.7201-1.1850.27630.43060.19460.02430.53850.10960.457225.2281-42.9333-11.9744
334.5156-1.1852-3.70771.72923.38419.42890.1008-0.57980.28210.3970.3077-0.3020.16240.2027-0.32080.27040.0346-0.00220.339300.351128.269-42.760215.2949
343.7308-0.0389-1.83282.67650.85113.01120.27270.04450.82960.18340.04840.0682-0.4784-0.1108-0.33940.29490.09550.09060.26050.06860.472319.8904-38.281813.327
357.65790.4328-3.23663.24661.8714.0647-0.2636-0.1644-0.27830.28260.1577-0.13540.44620.01990.08120.20130.04020.02830.22720.11450.254529.5406-53.75063.7845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 103 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 9 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 38 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 39 through 44 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 45 through 55 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 68 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 69 through 102 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 5 through 9 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 10 through 40 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 41 through 55 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 56 through 104 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 5 through 9 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 10 through 40 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 41 through 55 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 56 through 102 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 5 through 26 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 27 through 55 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 56 through 68 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 69 through 102 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 6 through 40 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 41 through 55 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 56 through 103 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 5 through 9 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 10 through 26 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 27 through 40 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 41 through 55 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 56 through 68 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 69 through 102 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 6 through 26 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 27 through 55 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 56 through 87 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 88 through 102 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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