PDB-4omw: Crystal structure of goat beta-lactoglobulin (orthorhombic form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4omw

タイトル

Crystal structure of goat beta-lactoglobulin (orthorhombic form)

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lipocalin / transport

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Swiatek, S. / Czub, M. / Ludwikowska, M. / Lewinski, K.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2014
タイトル: Conformational variability of goat beta-lactoglobulin: Crystallographic and thermodynamic studies.
著者: Loch, J.I. / Bonarek, P. / Polit, A. / Swiatek, S. / Czub, M. / Ludwikowska, M. / Lewinski, K.

履歴

登録	2014年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4omw.cif.gz	140.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4omw.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4omw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4omw_validation.pdf.gz	696.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4omw_full_validation.pdf.gz	706.7 KB	表示
XML形式データ	4omw_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	4omw_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4omxC 1bebS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ph5-d 1yup-4 1yup-3 3ph6-d 4ib9-1 1b0o-1 2q39-d 1yup-1 1gxa-1 4ck4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

B: Beta-lactoglobulin

C: Beta-lactoglobulin

D: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

73.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactoglobulin

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Beta-lactoglobulin

D: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.050, 95.270, 55.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 162 / Label seq-ID: 1 - 162

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18212.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capra hircus (ヤギ) / 参照: UniProt: P02756
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-TE4 / Tetracaine / 2-(dimethylamino)ethyl 4-(butylamino)benzoate / テトラカイン分子量: 264.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.2 M (NH4)2SO4 in 0.5 M Tris-HCl pH 7.5, 5 mM tetracaine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月23日
放射	モノクロメーター: double-crystal monochromator and focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→45.6 Å / Num. all: 36132 / Num. obs: 36096 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 5179 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BEB

1beb

解像度: 2.3→45.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 7.147 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2671	1802	5 %	RANDOM
R_work	0.2249	-	-	-
obs	0.22697	34234	99.86 %	-
all	-	34282	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5096	0	52	148	5296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	5264
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	2.002	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.27	3.003	12185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.843	5	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.048	26.636	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.806	15	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.72	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.516	3.822	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.512	3.821	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.018	5.72	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.018	5.722	3244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.872	4.231	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.872	4.231	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.744	6.181	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.263	30.159	5595
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.262	30.165	5596

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9297	0.14
1	2	B	9297	0.14
2	1	A	9771	0.11
2	2	C	9771	0.11
3	1	A	9610	0.12
3	2	D	9610	0.12
4	1	B	9521	0.13
4	2	C	9521	0.13
5	1	B	9418	0.14
5	2	D	9418	0.14
6	1	C	9959	0.11
6	2	D	9959	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	130	-
R_work	0.258	2468	-
obs	-	2468	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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