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- PDB-4omh: Crystal structure of the bacterial diterpene cyclase COTB2 varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omh
タイトルCrystal structure of the bacterial diterpene cyclase COTB2 variant F149L
要素Geranylgeranyl diphosphate cyclase
キーワードLYASE / terpene cyclase / geranylgeranyl diphophate / class I terpene cyclase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclooctat-9-en-7-ol synthase / isomerase activity / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces melanosporofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Janke, R. / Goerner, C. / Hirte, M. / Brueck, T. / Loll, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The first structure of a bacterial diterpene cyclase: CotB2.
著者: Janke, R. / Gorner, C. / Hirte, M. / Bruck, T. / Loll, B.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22015年1月7日Group: Structure summary
改定 1.32018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranyl diphosphate cyclase
B: Geranylgeranyl diphosphate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9626
ポリマ－73,4732
非ポリマー4894
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area22840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.480, 98.360, 107.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Geranylgeranyl diphosphate cyclase


分子量: 36736.508 Da / 分子数: 2 / 変異: F149L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces melanosporofaciens (バクテリア)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: C9K1X5
#2: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 15% (v/v) PEG8000, 60 mM 3-(cyclohexylamino)-1-propanesulfonic acid (CAPS), 2% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月23日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 77073 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 19.14 Å2 / Net I/σ(I): 15.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→47.278 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 3760 4.88 %RANDOM
Rwork0.1833 ---
obs0.1849 77073 98.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→47.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4588 0 30 303 4921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4376815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.141908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008883
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.66080.29711390.24342637X-RAY DIFFRACTION97
1.6608-1.68270.23441390.22452636X-RAY DIFFRACTION98
1.6827-1.70570.24451390.20512639X-RAY DIFFRACTION98
1.7057-1.73010.23771400.1912663X-RAY DIFFRACTION98
1.7301-1.75590.22411410.19052680X-RAY DIFFRACTION98
1.7559-1.78330.2551700.19222722X-RAY DIFFRACTION98
1.7833-1.81260.25011340.18282683X-RAY DIFFRACTION98
1.8126-1.84380.25041350.17562661X-RAY DIFFRACTION98
1.8438-1.87740.19631310.16952695X-RAY DIFFRACTION98
1.8774-1.91350.19351470.17882685X-RAY DIFFRACTION99
1.9135-1.95250.22641370.17662694X-RAY DIFFRACTION98
1.9525-1.9950.20731420.17052671X-RAY DIFFRACTION98
1.995-2.04140.21241400.16822692X-RAY DIFFRACTION99
2.0414-2.09240.2081480.16512720X-RAY DIFFRACTION99
2.0924-2.1490.21751370.16312682X-RAY DIFFRACTION99
2.149-2.21230.20381470.16162710X-RAY DIFFRACTION99
2.2123-2.28370.18071390.1572732X-RAY DIFFRACTION99
2.2837-2.36530.2021410.15942700X-RAY DIFFRACTION99
2.3653-2.460.19521440.16472707X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.57190.20731450.16882725X-RAY DIFFRACTION99
2.5719-2.70750.1951360.17182750X-RAY DIFFRACTION100
2.7075-2.87710.22621540.1752734X-RAY DIFFRACTION100
2.8771-3.09920.23171400.18312764X-RAY DIFFRACTION99
3.0992-3.4110.20531480.18542781X-RAY DIFFRACTION100
3.411-3.90440.20281450.18392780X-RAY DIFFRACTION99
3.9044-4.91830.21351490.18942840X-RAY DIFFRACTION100
4.9183-47.29790.2411530.2242930X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72680.0183-0.13411.68250.06021.20640.02650.04070.0325-0.06560.0267-0.13630.02450.1242-0.04630.09510.00260.00440.1279-0.00840.085918.1107-82.6976120.816
20.8408-0.10360.0291.8489-0.12661.23270.0431-0.05640.0180.1742-0.00290.1909-0.0267-0.0931-0.02940.1245-0.00130.01860.1130.00780.10276.7306-84.2064148.6947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 13:292)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 13:294)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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