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- PDB-4omf: The F420-reducing [NiFe]-hydrogenase complex from Methanothermoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omf
タイトルThe F420-reducing [NiFe]-hydrogenase complex from Methanothermobacter marburgensis, the first X-ray structure of a group 3 family member
要素(F420-reducing hydrogenase, subunit ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NiFe]-center / 3[4Fe-4S] cluster / ferredoxin fold / FAD binding / potential F420 binding / anaerobic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420 hydrogenase / coenzyme F420 hydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, with an iron-sulfur protein as acceptor / ferredoxin hydrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #750 / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma / 4Fe-4S dicluster domain / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus ...Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #750 / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha / Coenzyme F420 hydrogenase subunit beta, archaea / Coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma / 4Fe-4S dicluster domain / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
zinc(II)hydrogensulfide / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / N,N-dimethylmethanamine / Chem-NFU / IRON/SULFUR CLUSTER / UNKNOWN / Unknown ligand / F420-reducing hydrogenase, subunit beta / F420-reducing hydrogenase, subunit gamma / F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / cryo-EM model of FrhABG complex, calculated SAD phases were combined / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Vitt, S. / Ma, K. / Warkentin, E. / Moll, J. / Pierik, A. / Shima, S. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The F420-Reducing [NiFe]-Hydrogenase Complex from Methanothermobacter marburgensis, the First X-ray Structure of a Group 3 Family Member.
著者: Vitt, S. / Ma, K. / Warkentin, E. / Moll, J. / Pierik, A.J. / Shima, S. / Ermler, U.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: F420-reducing hydrogenase, subunit gamma
A: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
B: F420-reducing hydrogenase, subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,73418
ポリマ－105,9203
非ポリマー2,81415
水13,709761
1
G: F420-reducing hydrogenase, subunit gamma
A: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
B: F420-reducing hydrogenase, subunit beta
ヘテロ分子

G: F420-reducing hydrogenase, subunit gamma
A: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
B: F420-reducing hydrogenase, subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,46836
ポリマ－211,8406
非ポリマー5,62830
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555x,-y+1/2,-z+1/21
Buried area32540 Å2
ΔGint-420 kcal/mol
Surface area55210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.160, 233.160, 233.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-533-

HOH

21A-763-

HOH

31A-779-

HOH

41A-791-

HOH

-
要素

-
F420-reducing hydrogenase, subunit ... , 3種, 3分子 GAB

#1: タンパク質 F420-reducing hydrogenase, subunit gamma


分子量: 30267.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
株: DSM 2133 / 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg / 参照: UniProt: D9PYF7, coenzyme F420 hydrogenase
#2: タンパク質 F420-reducing hydrogenase, subunit alpha


分子量: 44873.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
株: DSM 2133 / 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg / 参照: UniProt: D9PYF9, coenzyme F420 hydrogenase
#3: タンパク質 F420-reducing hydrogenase, subunit beta


分子量: 30778.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
株: DSM 2133 / 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg / 参照: UniProt: D9PYF6, coenzyme F420 hydrogenase

-
非ポリマー , 10種, 776分子

#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-DTZ / zinc(II)hydrogensulfide


分子量: 131.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S2Zn
#6: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER


分子量: 195.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3HFeN2NiO
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-KEN / N,N-dimethylmethanamine / ジメチルアミノメチリジンラジカル


分子量: 59.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9N
#11: 化合物 ChemComp-UNK / UNKNOWN / (S)-2-アミノ酪酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#12: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17-20 % PEE797, 100 mM MES/NaOH, 400 mM MgCl2, 5% glycerol, 100 mM trimethylamine oxide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0, 1.71
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月5日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.711
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 112689 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SADABSデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: cryo-EM model of FrhABG complex, calculated SAD phases were combined
解像度: 1.71→19.99 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 5898 5.23 %
Rwork0.15 --
obs0.152 112689 99.6 %
all-113130 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6885 0 113 761 7759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3179815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4782742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.72590.37181930.363415X-RAY DIFFRACTION96
1.7259-1.74620.31082130.28133478X-RAY DIFFRACTION100
1.7462-1.76750.28192050.24383554X-RAY DIFFRACTION100
1.7675-1.78990.26151920.24433600X-RAY DIFFRACTION100
1.7899-1.81340.27963040.22993440X-RAY DIFFRACTION100
1.8134-1.83820.24562030.21263527X-RAY DIFFRACTION100
1.8382-1.86450.26721820.20313564X-RAY DIFFRACTION100
1.8645-1.89230.21521910.19433555X-RAY DIFFRACTION100
1.8923-1.92180.25441780.18213605X-RAY DIFFRACTION100
1.9218-1.95330.2271870.17153547X-RAY DIFFRACTION100
1.9533-1.9870.20472200.17123550X-RAY DIFFRACTION100
1.987-2.0230.21661880.15883556X-RAY DIFFRACTION100
2.023-2.06190.18461630.15773590X-RAY DIFFRACTION100
2.0619-2.1040.1892020.15073512X-RAY DIFFRACTION100
2.104-2.14970.17521950.14573567X-RAY DIFFRACTION100
2.1497-2.19960.16642130.14013569X-RAY DIFFRACTION100
2.1996-2.25450.17271790.13643568X-RAY DIFFRACTION100
2.2545-2.31540.18262010.14013536X-RAY DIFFRACTION100
2.3154-2.38340.17941800.14293638X-RAY DIFFRACTION100
2.3834-2.46020.18211940.14393550X-RAY DIFFRACTION100
2.4602-2.5480.16861820.13833550X-RAY DIFFRACTION100
2.548-2.64980.18812140.14253554X-RAY DIFFRACTION100
2.6498-2.77010.16672260.14233530X-RAY DIFFRACTION100
2.7701-2.91570.17421750.14113621X-RAY DIFFRACTION100
2.9157-3.09780.17771710.14393608X-RAY DIFFRACTION100
3.0978-3.3360.16852190.14383509X-RAY DIFFRACTION99
3.336-3.66980.1591730.13463636X-RAY DIFFRACTION100
3.6698-4.19650.14851890.12653575X-RAY DIFFRACTION99
4.1965-5.27110.13781940.1233587X-RAY DIFFRACTION99
5.2711-19.99470.15741720.14593700X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1602-0.073-0.02420.7902-0.13850.2710.02050.0431-0.0095-0.0550.00130.17060.0104-0.1042-0.02310.12570.0009-0.02450.21330.00760.1959-9.894763.002841.2187
20.27-0.0218-0.0970.4775-0.01460.35280.01340.03430.0217-0.0371-0.01050.048-0.0379-0.039-0.00360.12260.0095-0.01710.15360.00890.1499.893477.444734.0318
30.34240.02610.04130.8928-0.2460.77840.00920.0132-0.0809-0.11240.00270.01710.16-0.0398-0.00390.1802-0.0326-0.02550.1904-0.01990.1975-0.35730.440938.5358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 46 through 303 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 386 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 281 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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