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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4om9 | ||||||
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タイトル | X-Ray Crystal Structure of the passenger domain of Plasmid encoded toxin, an Autrotansporter Enterotoxin from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) | ||||||
![]() | Serine protease pet | ||||||
![]() | HYDROLASE / Beta-Helix / Peptidase / alpha-fodrin / EAEC / plasmid encoded toxin(PET) | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Meza-Aguilar, J.D. / Fromme, P. / Torres-Larios, A. / Mendoza-Hernandez, G. / Hernandez-Chinas, U. / Arreguin-Espinosa de Los Monteros, R.A. / Eslava-Campos, C.A. / Fromme, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of the passenger domain of plasmid encoded toxin(Pet), an autotransporter enterotoxin from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC). 著者: Domingo Meza-Aguilar, J. / Fromme, P. / Torres-Larios, A. / Mendoza-Hernandez, G. / Hernandez-Chinas, U. / Arreguin-Espinosa de Los Monteros, R.A. / Eslava Campos, C.A. / Fromme, R. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Passenger Domain of the Escherichia Coli Autotransporter EspP #2: ![]() タイトル: Pet Toxin from Enteroaggregative Escherichia Coli Produces Cellular Damage Associated with Fodrin Disruption #3: ![]() タイトル: Pet, an Autotransporter Enterotoxin from Enteroaggregative Escherichia Coli #4: ![]() タイトル: Improving the Accuracy of Macromolecular Structure Refinement at 7 Angstrom Resolution | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 377.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 309.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3szeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104055.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O68900, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 13 mg/ml protein in 50 mM Tris-HCL, 5 mM EDTA, pH 6.5 and 0.3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→41.46 Å / Num. all: 55562 / Num. obs: 55340 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 25 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 3SZE 解像度: 2.3→41.46 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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