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Yorodumi- PDB-4om9: X-Ray Crystal Structure of the passenger domain of Plasmid encode... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4om9 | ||||||
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Title | X-Ray Crystal Structure of the passenger domain of Plasmid encoded toxin, an Autrotansporter Enterotoxin from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) | ||||||
Components | Serine protease pet | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Beta-Helix / Peptidase / alpha-fodrin / EAEC / plasmid encoded toxin(PET) | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases / : / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Meza-Aguilar, J.D. / Fromme, P. / Torres-Larios, A. / Mendoza-Hernandez, G. / Hernandez-Chinas, U. / Arreguin-Espinosa de Los Monteros, R.A. / Eslava-Campos, C.A. / Fromme, R. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2014 Title: X-ray crystal structure of the passenger domain of plasmid encoded toxin(Pet), an autotransporter enterotoxin from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC). Authors: Domingo Meza-Aguilar, J. / Fromme, P. / Torres-Larios, A. / Mendoza-Hernandez, G. / Hernandez-Chinas, U. / Arreguin-Espinosa de Los Monteros, R.A. / Eslava Campos, C.A. / Fromme, R. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Crystal Structure of the Passenger Domain of the Escherichia Coli Autotransporter EspP #2: Journal: INFECT.IMMUN. / Year: 2000 Title: Pet Toxin from Enteroaggregative Escherichia Coli Produces Cellular Damage Associated with Fodrin Disruption #3: Journal: INFECT.IMMUN. / Year: 1998 Title: Pet, an Autotransporter Enterotoxin from Enteroaggregative Escherichia Coli #4: Journal: Structure / Year: 2012 Title: Improving the Accuracy of Macromolecular Structure Refinement at 7 Angstrom Resolution | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4om9.cif.gz | 377.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4om9.ent.gz | 309.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4om9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4om9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4om9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3szeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 104055.562 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: 042 / EAEC / Gene: EC042_pAA035, pet / Plasmid: pCEFN2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HB101 (pCEFN2) References: UniProt: O68900, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 13 mg/ml protein in 50 mM Tris-HCL, 5 mM EDTA, pH 6.5 and 0.3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9787 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2011 |
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→41.46 Å / Num. all: 55562 / Num. obs: 55340 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 25 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: PDB ENTRY 3SZE Resolution: 2.3→41.46 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.91 / Phase error: 27.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→41.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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