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万見
- PDB-4om7: Crystal structure of TIR domain of TLR6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4om7
タイトルCrystal structure of TIR domain of TLR6
要素Toll-like receptor 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / TIR fold / Protein interaction (タンパク質間相互作用)
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 6 signaling pathway / regulation of cytokine production => GO:0001817 / interleukin-1 beta production / : / Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide ...toll-like receptor 6 signaling pathway / regulation of cytokine production => GO:0001817 / interleukin-1 beta production / : / Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of interleukin-8 production / cell activation / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / lipopeptide binding / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / Toll様受容体 / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / nitric oxide metabolic process / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of JUN kinase activity / microglial cell activation / cellular response to amyloid-beta / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / signaling receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / amyloid-beta binding / ER-Phagosome pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / receptor complex / defense response to bacterium / 炎症 / 免疫応答 / 脂質ラフト / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / 自然免疫系 / positive regulation of gene expression / ゴルジ体 / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 6 / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll様受容体 / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Toll-like receptor 6 / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll様受容体 / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Park, H.H. / Jang, T.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of TIR Domain of TLR6 Reveals Novel Dimeric Interface of TIR-TIR Interaction for Toll-Like Receptor Signaling Pathway.
著者: Jang, T.H. / Park, H.H.
履歴
登録2014年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 6
B: Toll-like receptor 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4212
ポリマ－42,4212
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.607, 44.199, 75.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-910-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 6 /


分子量: 21210.295 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 640-796 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2C9
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.2M lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris pH 8.6, 25%(w/v) polyethylene glycol 3350 and 4%(v/v) formamide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 18245 / % possible obs: 14 % / Observed criterion σ(F): 2.4 / Observed criterion σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.204→31.822 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.6 / 位相誤差: 31.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 944 5.18 %random
Rwork0.2334 ---
obs0.236 18212 96.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.204→31.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 0 27 2431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.393362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.909904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.204-2.320.35151200.30712461X-RAY DIFFRACTION96
2.32-2.46530.30941350.29492451X-RAY DIFFRACTION97
2.4653-2.65560.31141410.27222471X-RAY DIFFRACTION97
2.6556-2.92260.3261450.26172510X-RAY DIFFRACTION98
2.9226-3.34520.28841500.24992485X-RAY DIFFRACTION98
3.3452-4.2130.2641400.21342482X-RAY DIFFRACTION96
4.213-31.82550.27481130.21422408X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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