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万見
- PDB-4om3: Crystal structure of human TLE1 Q-domain residues 20-156 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4om3
タイトルCrystal structure of human TLE1 Q-domain residues 20-156
要素Transducin-like enhancer protein 1
キーワードTranscription / DNA binding / Tetramer / helix-turn-helix / Wnt repressor / TCF/LEF
機能・相同性
機能・相同性情報


Repression of WNT target genes / beta-catenin-TCF complex / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of anoikis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / animal organ morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription ...Repression of WNT target genes / beta-catenin-TCF complex / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of anoikis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / animal organ morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Groucho/TLE, N-terminal Q-rich domain / Groucho/TLE N-terminal Q-rich domain / Groucho/transducin-like enhancer / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat ...Groucho/TLE, N-terminal Q-rich domain / Groucho/TLE N-terminal Q-rich domain / Groucho/transducin-like enhancer / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transducin-like enhancer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.855 Å
データ登録者Chodaparambil, J.V. / Weis, W.I.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Molecular functions of the TLE tetramerization domain in Wnt target gene repression.
著者: Chodaparambil, J.V. / Pate, K.T. / Hepler, M.R. / Tsai, B.P. / Muthurajan, U.M. / Luger, K. / Waterman, M.L. / Weis, W.I.
履歴
登録2014年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transducin-like enhancer protein 1
B: Transducin-like enhancer protein 1
C: Transducin-like enhancer protein 1
D: Transducin-like enhancer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7926
ポリマ－66,6084
非ポリマー1842
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14330 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area30030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.687, 89.678, 130.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Transducin-like enhancer protein 1 / E(Sp1) homolog / Enhancer of split groucho-like protein 1 / ESG1


分子量: 16652.016 Da / 分子数: 4 / 断片: TLE Q-domain (UNP residues 15-156) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLE, TLE1 / プラスミド: pPROEX-HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04724
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0 or 7.5, 15% Tacsimate pH 7.0, 10% PEG 3350, 10% 2-methyl, 2,4-pentanediol (MPD) and 100mM RbCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL12-211.03
シンクロトロンSSRL BL12-220.97
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.031
20.971
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 11004 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 57.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.855→39.104 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2976 548 4.98 %
Rwork0.2335 --
obs0.2369 11004 77.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 111.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.855→39.104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3752 0 12 0 3764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7635139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9211442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.855-3.14230.3891590.3221014X-RAY DIFFRACTION31
3.1423-3.59670.38071500.28742942X-RAY DIFFRACTION88
3.5967-4.53040.28761560.21133235X-RAY DIFFRACTION96
4.5304-39.10770.25941830.2173265X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00732.05924.64072.05892.04312.0173-1.22210.86921.6887-2.3542-0.81170.41740.1747-3.0471.2581.47111.2474-1.28671.66141.8839-1.76726.42716.240687.7317
25.5244-2.69355.5167.2981-8.35492.51650.4460.57160.8599-1.1366-1.8036-0.86911.64881.26991.14150.97520.08770.10370.62510.13550.76314.7641-1.7913119.8501
32.04419.0886-1.64989.4443-8.62682.0155-0.95440.3627-0.101-1.6934-0.16741.19651.3108-3.11691.70671.8532-0.2197-0.02561.38330.24410.69957.8413-2.92584.871
45.9895-1.1597-0.08650.84421.47243.91060.6244-0.505-1.3217-0.5814-1.0827-0.57732.7339-0.366-0.04432.1648-0.4048-0.21821.18340.23040.797812.72080.876463.9361
52.1311-3.58620.61462.8819-6.84152.6609-1.1101-0.70260.34851.3094-0.1429-0.8102-1.8621-0.25271.01121.3075-0.2676-0.27930.73420.04460.644313.586814.648721.6365
69.14034.9604-9.00586.3254-7.07112.3049-0.34970.4286-0.7026-0.82560.0693-0.19240.8241-0.41520.53431.13630.11540.11291.0234-0.02230.600616.5087-4.102595.405
79.58683.0557-1.96671.7667-4.0062.0614-0.56490.43220.0487-1.5988-0.2006-0.01720.80231.49040.72531.31540.0233-0.00750.67960.09550.497811.5664-10.5914122.2444
85.2279-2.2861-0.19924.9592-1.68152.1948-0.0764-0.0604-0.06640.3041-0.24870.1832-0.7612-0.790.17170.3551-0.0475-0.03070.431-0.07550.4519.875-12.0195151.2403
92.05330.26350.43485.0066-7.58232.088-0.6926-0.12910.83610.43640.11980.5082-0.0174-1.11550.90021.2225-0.184-0.27930.90640.05330.734916.63218.194385.1108
107.9617-1.4437.15515.0121-0.44452.07950.32110.12080.7107-0.4614-0.60240.0715-0.6909-2.65021.06021.53040.0389-0.19331.46270.12210.677711.047510.415267.8618
116.9723-3.3462-1.24948.8032-2.55182.3756-0.4714-0.0507-0.73371.1771-0.4524-0.4204-0.8151.0120.92920.5362-0.1185-0.09370.5524-0.04650.582115.9747-18.3247155.8557
124.22231.8048-3.70510.7222-1.61068.1641-1.3077-1.2334-1.81882.6878-0.32171.29970.8397-0.93171.13842.43240.23720.4831.17550.22320.85356.3293-18.2922177.9995
132.25686.95453.70372.7368-7.53612.8712-1.53011.8817-0.32280.09840.7985-1.4571-1.21230.48621.21991.1565-0.18480.16070.7453-0.1880.973612.89210.7584157.0228
146.6191-2.405-1.21627.7999-3.42312.6021.77262.0657-0.9718-1.0575-2.91912.322-0.4415-2.9741-0.05280.2156-0.64030.14170.15390.14511.05444.384811.853-6.8248
152.5029-2.17240.59851.615-0.31231.5739-0.3677-0.56540.9471-1.11340.4486-0.77380.46730.13560.23991.4876-0.5360.02651.05090.22311.645914.9061-1.205913.2761
163.5658-0.768-4.09731.2647-0.88148.5304-1.1745-1.65930.29732.4772-0.0573-0.15330.95161.82910.95421.84960.553-0.15571.4363-0.03390.874620.1257-21.1266172.1825
172.09031.81892.57962.0782-2.53672.06312.0433-1.11973.87171.9016-1.79183.19031.4285-1.3085-0.22290.9303-0.03220.17850.8975-0.04251.17746.1881-33.454150.301
182.12940.56841.68262.1634-0.59852.2432-0.0558-1.01480.02820.55190.4144-0.035-0.6347-0.2151-0.51460.9507-0.012-0.20761.04670.07220.67758.259910.54334.1941
193.3922-0.72631.9316.07420.19552.62880.03290.0740.33160.5209-0.2898-0.3086-0.36021.19890.20520.6954-0.29830.0060.58490.09580.767317.270817.5162-3.2158
202.4288-0.7042-2.22580.07980.27751.7792-0.8899-1.23241.4879-0.3848-0.15980.7635-0.3141-0.74280.52122.3136-0.45390.15460.83420.06141.38149.842725.286422.6511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 20:32)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 33:64 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 21: 32 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 33:49 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 50:93 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 20: 46 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 47:57 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 58:86 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 21:33 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESID 34:45 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESID 65:86 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN A AND (RESID 87:115 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND (RESID 116:135 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 94:115 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 116:131 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 87:125 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESID 126:135 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 46:78 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 79:116 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESID 117:142 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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