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万見
- PDB-4ols: The amidase-2 domain of LysGH15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ols
タイトルThe amidase-2 domain of LysGH15
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / amidase-2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / defense response to bacterium / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ...Bacterial SH3 domain / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endolysin LysGH15
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage GH15 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Gu, J. / Ouyang, S. / Liu, Z.J. / Han, W.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Structural and biochemical characterization reveals LysGH15 as an unprecedented "EF-hand-like" calcium-binding phage lysin.
著者: Gu, J. / Feng, Y. / Feng, X. / Sun, C. / Lei, L. / Ding, W. / Niu, F. / Jiao, L. / Yang, M. / Li, Y. / Liu, X. / Song, J. / Cui, Z. / Han, D. / Du, C. / Yang, Y. / Ouyang, S. / Liu, Z.J. / Han, W.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Endolysin
C: Endolysin
D: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,56823
ポリマ－106,3764
非ポリマー1,19219
水11,530640
1
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8565
ポリマ－26,5941
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9216
ポリマ－26,5941
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9216
ポリマ－26,5941
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8706
ポリマ－26,5941
非ポリマー2765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.400, 135.400, 107.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
Endolysin / Putative lysin


分子量: 26594.031 Da / 分子数: 4 / 断片: amidase-2 domain, UNP RESIDUES 165-403 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage GH15 (ファージ)
遺伝子: lysGH15, GH15_071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6QY02
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 9.0, 0.2M Li2SO4, 30% (wt/vol) PEG 3000, 0.1M xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. all: 48572 / Num. obs: 48572 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.27→50 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.27→39.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.786 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1608 2595 5.1 %RANDOM
Rwork0.15756 ---
all0.15773 48572 --
obs0.15773 48572 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.48 Å2-0 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→39.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5868 0 19 640 6527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196056
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1261.9168164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.535312948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.545752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52724.211304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.502151044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2481532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7532.5812972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7532.5792971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9563.8433712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9553.8453713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.22.9173084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1992.9193085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1594.1754445
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.92522.1217432
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.63421.247168
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.274→2.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 209 -
Rwork0.172 3538 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37480.16950.22990.31750.09860.4994-0.0324-0.07010.06320.0064-0.00230.02720.03210.00390.03470.108-0.0052-0.02120.049-0.04140.065283.814813.247829.1477
20.3063-0.18460.21080.44710.20.74520.11810.07810.0573-0.0678-0.0614-0.04280.23370.1295-0.05660.16490.12760.00470.11170.02170.054648.724722.91962.7288
30.20440.0656-0.13360.6309-0.13860.72650.00210.00140.00930.07760.0508-0.052-0.1461-0.0927-0.05290.13830.041-0.00960.04480.03940.068751.422714.393156.036
40.2478-0.06460.03090.30010.2110.88110.01920.0093-0.01720.00940.0306-0.05260.0948-0.1048-0.04970.1034-0.0297-0.01210.04720.02740.078553.6928-4.46329.5914
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A189 - 373
2X-RAY DIFFRACTION2B189 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3C189 - 373
4X-RAY DIFFRACTION4D189 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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