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万見
- PDB-4oll: cAMP-binding acyltransferase from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oll
タイトルcAMP-binding acyltransferase from Mycobacterium smegmatis
要素Acetyltransferase Pat
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta fold / linker peptide / cyclic nucleotide binding domain / acyl-transferase domain / apo-enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Acetyltransferase (GNAT) domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Jelly Rolls / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Acetyltransferase Pat
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Podobnik, M. / Rebolj, K. / Visweswariah, S.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Allostery and Conformational Dynamics in cAMP-binding Acyltransferases.
著者: Podobnik, M. / Siddiqui, N. / Rebolj, K. / Nambi, S. / Merzel, F. / Visweswariah, S.S.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase Pat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2464
ポリマ－37,9651
非ポリマー2813
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.305, 82.750, 105.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase Pat / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT / Protein acetyltransferase / Pat


分子量: 37965.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5458, MSMEI_5308 / プラスミド: pPROEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0R3F9, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, NaCl, Bis-Tris, CaCl2, DAPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月15日
詳細: CMOS hybrid-pixel technology operating in dingle photon couting mode
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal fixed exit / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 12.8 % / 数: 345218 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27053 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.68509910.0880.99812.2
3.724.6898.510.0841.00312.6
3.253.7299.410.0921.00113.5
2.953.2599.510.101113.8
2.742.9598.810.1121.00112.4
2.582.7499.810.1220.99911.9
2.452.5899.910.1391.00112.7
2.342.4599.710.1571.00313
2.252.3499.910.1811.00213.2
2.172.2599.610.2281.00313.1
2.112.1799.410.2571.00313.3
2.052.1110010.323113.4
1.992.0598.910.41.00213.4
1.941.9998.610.5351.00311.6
1.91.9498.410.6681.00111.4
反射解像度: 1.9→65.11 Å / Num. all: 27231 / Num. obs: 27052 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.9411.40.66817541.001198.4
1.94-1.9911.60.53517461.003198.6
1.99-2.0513.40.417651.003198.9
2.05-2.1113.40.32317840.9981100
2.11-2.1713.30.25717780.999199.4
2.17-2.2513.10.22717901.003199.6
2.25-2.3413.20.18117790.998199.9
2.34-2.45130.15718010.999199.7
2.45-2.5812.70.13918000.998199.9
2.58-2.7411.90.12218111199.8
2.74-2.9512.40.11218010.997198.7
2.95-3.2513.80.10118000.997199.5
3.25-3.7213.50.09218181.003199.4
3.72-4.6812.60.08418560.999198.5
4.68-5012.20.08819691199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→65.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2862 / WRfactor Rwork: 0.2241 / FOM work R set: 0.8166 / SU B: 7.181 / SU ML: 0.115 / SU R Cruickshank DPI: 0.1788 / SU Rfree: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 2703 10 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
obs0.2119 26999 99.09 %-
all-27231 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 167.25 Å2 / Biso mean: 54.924 Å2 / Biso min: 20.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å20 Å2
2---1.55 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→65.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2473 0 3 171 2647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9793431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5555312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21222.261115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.3215382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5351530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211919
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 177 -
Rwork0.23 1546 -
all-1723 -
obs--94.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16510.1596-0.08171.3417-0.14381.4280.1051-0.37950.13430.2384-0.0217-0.1086-0.11360.1136-0.08340.1455-0.0071-0.01180.2055-0.02970.14140.999823.020517.4824
20.50351.312-0.60844.2019-0.92611.393-0.15530.0115-0.0727-0.26840.0466-0.05970.36950.03450.10870.12830.0138-0.00210.0922-0.00570.12419.52062.893111.2009
30.29380.6175-0.18883.4849-2.10462.9962-0.10650.0627-0.0627-1.12040.0203-0.09171.35810.00730.08620.63130.00750.03570.0203-0.01740.01784.8002-5.08960.7054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3A183 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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