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- PDB-4ol8: Ty3 reverse transcriptase bound to DNA/RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ol8
タイトルTy3 reverse transcriptase bound to DNA/RNA
要素
  • 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3'
  • 5'-R(*CP*UP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*G)-3'
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE/RNA/DNA / Protein-DNA/RNA / reverse transcription / DNA/RNA binding / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposon nucleocapsid / retrotransposition / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / RNA nuclease activity / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity ...retrotransposon nucleocapsid / retrotransposition / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / RNA nuclease activity / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase A2B, Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 ...Peptidase A2B, Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nowak, E. / Miller, J.T. / Bona, M.K. / Studnicka, J. / Szczepanowski, R.H. / Jurkowski, J. / Le Grice, S.F.J. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Ty3 reverse transcriptase complexed with an RNA-DNA hybrid shows structural and functional asymmetry.
著者: Nowak, E. / Miller, J.T. / Bona, M.K. / Studnicka, J. / Szczepanowski, R.H. / Jurkowski, J. / Le Grice, S.F. / Nowotny, M.
履歴
登録2014年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Structure summary
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32014年4月16日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: Reverse transcriptase/ribonuclease H
C: 5'-R(*CP*UP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3'
G: 5'-R(*CP*UP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3'
F: Reverse transcriptase/ribonuclease H
E: Reverse transcriptase/ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,72910
ポリマ－241,5378
非ポリマー1922
水181
1
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: Reverse transcriptase/ribonuclease H
C: 5'-R(*CP*UP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9616
ポリマ－120,7694
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area43600 Å2
手法PISA
2
G: 5'-R(*CP*UP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3'
F: Reverse transcriptase/ribonuclease H
E: Reverse transcriptase/ribonuclease H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7694
ポリマ－120,7694
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area43990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)320.700, 75.062, 108.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Reverse transcriptase/ribonuclease H / Ty3 reverse transcriptase / RT / RT-RH / p55


分子量: 55059.449 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 536-1101 / 変異: D426N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TY3B-G, YGRWTy3-1 POL, YGR109W-B, G5984 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99315, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*G)-3'


分子量: 5938.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3'


分子量: 4711.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M ammonium sulfate, 17% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.999→48.898 Å / Num. all: 53285 / Num. obs: 53285 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.999→3.29 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→48.898 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 30.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2956 2425 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.2305 48418 99.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12734 1360 10 1 14105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01614634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06920104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7825398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.13520.39191580.34822914X-RAY DIFFRACTION100
3.1352-3.17210.37051490.33052820X-RAY DIFFRACTION99
3.1721-3.21080.36941560.32322929X-RAY DIFFRACTION100
3.2108-3.25140.37681510.30072900X-RAY DIFFRACTION100
3.2514-3.29420.35891550.29282901X-RAY DIFFRACTION100
3.2942-3.33930.36461520.28582826X-RAY DIFFRACTION100
3.3393-3.3870.34441580.28152948X-RAY DIFFRACTION99
3.387-3.43750.32831520.28382855X-RAY DIFFRACTION99
3.4375-3.49120.351490.26362872X-RAY DIFFRACTION99
3.4912-3.54850.33781560.25492895X-RAY DIFFRACTION99
3.5485-3.60960.34131490.25282874X-RAY DIFFRACTION99
3.6096-3.67530.29651480.23332852X-RAY DIFFRACTION99
3.6753-3.74590.29791550.22922909X-RAY DIFFRACTION99
3.7459-3.82240.30691510.222834X-RAY DIFFRACTION99
3.8224-3.90540.26991510.21722892X-RAY DIFFRACTION98
3.9054-3.99620.32481530.2252881X-RAY DIFFRACTION99
3.9962-4.09610.29231470.21982853X-RAY DIFFRACTION99
4.0961-4.20680.27931520.21112914X-RAY DIFFRACTION99
4.2068-4.33050.29981500.20692873X-RAY DIFFRACTION99
4.3305-4.47020.29321430.20362860X-RAY DIFFRACTION99
4.4702-4.62990.25281510.19432886X-RAY DIFFRACTION99
4.6299-4.81510.30531530.19032854X-RAY DIFFRACTION99
4.8151-5.0340.21491500.17992904X-RAY DIFFRACTION99
5.034-5.29910.28711500.20222888X-RAY DIFFRACTION99
5.2991-5.63070.29571460.2012850X-RAY DIFFRACTION99
5.6307-6.06470.30331490.21292879X-RAY DIFFRACTION99
6.0647-6.67370.29111450.20672874X-RAY DIFFRACTION98
6.6737-7.63620.25431510.20632860X-RAY DIFFRACTION99
7.6362-9.60880.23951590.2092867X-RAY DIFFRACTION99
9.6088-48.9040.30451510.2492828X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61471.246-0.80861.0236-0.20471.3254-0.1442-1.5577-0.23591.27750.2929-0.0652-0.0439-0.3731-0.13991.57940.4804-0.17321.88640.03060.7656-69.0606-2.378960.1986
22.80761.7024-1.05964.02091.17771.52660.6009-1.535-0.45621.1104-0.3043-0.3411-0.4635-1.6431-0.21841.56860.2776-0.11372.49570.40390.8422-60.8877-12.541168.1716
33.2663-0.69770.50884.1688-0.00921.7179-0.3817-1.4141-0.06070.83790.1803-0.21720.01180.20790.191.10870.3090.00111.75440.04560.6195-64.8311-1.05354.9873
47.18260.16240.06538.53741.49795.8633-0.9428-1.59731.35920.10470.9728-0.4075-0.9659-0.64220.0510.99440.1819-0.23631.3745-0.37020.8212-68.281517.392151.9957
53.5142-0.67940.54126.45572.62294.6427-0.8914-1.0550.52710.52150.7403-0.4997-1.6261-0.33530.0451.3280.48-0.17421.6158-0.50160.7205-73.37817.446660.7714
61.57840.6081-2.60793.4703-0.92164.5221-0.4221-1.69340.9210.538-0.1965-1.54590.12220.99480.42511.27350.1105-0.57841.9259-0.37321.2405-45.612915.453252.6672
70.62380.5149-1.21362.7411-0.48632.4662-0.5241-0.86870.34021.0908-0.4444-1.6389-0.5522.0430.15840.8061-0.4752-0.37311.663-0.40211.3234-37.938418.814543.7955
80.13450.38810.72655.40380.42964.4217-0.7629-0.16431.5611.0305-0.0418-0.072-0.86830.69570.38431.5435-0.3325-0.42771.3323-0.56051.6518-47.866630.557235.6794
98.0972-2.0572-0.22313.6792-1.97671.3353-0.1691-0.53870.46030.52610.0447-1.7727-0.24820.93260.01491.0073-0.1933-0.20850.9689-0.18431.3188-44.700119.254429.6381
103.1722-2.3506-3.08871.75471.98089.21210.194-0.11690.3185-0.081-0.0118-0.1152-0.53340.3336-0.16981.012-0.2414-0.09041.01-0.06471.2442-53.246723.856325.9657
113.6856-2.50422.1873.69751.90567.0296-0.7552-0.92240.82670.2277-0.1199-0.1277-0.2394-1.44350.82220.76490.02610.00540.8717-0.05230.7501-96.55067.328119.9422
127.37040.0271-0.65725.5097-0.27575.37150.2111-0.68460.26410.4509-0.2878-0.1362-0.40720.12540.10390.68650.0638-0.1050.7996-0.03740.5174-71.69226.902231.1673
137.4605-1.01511.7062.5448-0.72095.28020.07910.5786-0.3453-0.3285-0.06660.35550.6257-0.2699-0.00320.6983-0.0176-0.02350.535-0.06560.5435-88.46971.299513.5678
148.6844.0041-2.90324.1877-2.34222.4698-0.34960.8683-0.4773-0.931-0.1433-0.62170.3091-0.03960.45961.18580.18980.10721.14320.07610.7575-66.908113.824-9.9511
155.70631.8153-1.42925.3609-2.73429.2084-0.16551.26290.064-0.8530.1925-0.21160.39030.3574-0.02410.81930.05390.09580.84740.07090.5954-62.82619.4664-7.4232
167.10751.31870.29022.9767-0.0167.43770.0439-0.1337-0.0114-0.167-0.1487-0.3576-0.3822-0.01530.13390.78840.09440.09510.47120.12590.6156-63.26897.7719.8186
179.40583.2914-0.63933.86313.00464.1174-0.5438-0.7305-0.1211-0.0024-0.4853-1.1126-0.28442.08851.22911.15410.1109-0.13521.81050.08090.7715-56.4571-0.718147.5888
187.36851.96934.07927.61596.72887.6252-0.68180.1306-1.8105-0.39141.442-0.99710.94073.5442-0.48031.43670.08910.28421.98090.04771.4798-44.5813-1.995325.0996
196.8529-0.38461.13236.42534.42393.2767-0.0298-0.27060.24590.07370.934-1.98390.64242.4315-1.12691.15060.15220.08912.12420.08921.5535-47.59330.328434.1717
208.48354.3240.73344.41684.00536.0309-0.78992.37162.63180.19140.00190.696-1.32350.38780.92051.02660.2869-0.08751.29370.56691.9186-32.9745-21.2151-33.3704
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240.61280.01070.23620.1446-0.02330.0993-0.75410.03220.9408-0.26-0.2601-1.11940.10370.89470.74341.24210.52520.13861.49450.95672.0813-32.0195-10.1453-34.1456
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270.44650.28170.05270.27380.06180.35920.23950.06120.193-0.1862-0.8873-0.0105-0.8892-0.31610.63492.01660.5292-0.38111.2902-0.24131.154-25.5262-23.74229.9851
282.77210.5850.26213.7538-1.75678.4426-0.1907-1.05091.12961.10340.51340.0136-1.0551-0.6352-0.29191.25180.4111-0.22721.0741-0.43041.3539-27.716-26.05079.3097
292.0614-0.40421.09081.14940.30641.03611.37011.9568-0.8548-0.7151-0.7431-0.23870.65650.8083-0.64661.45690.6758-0.01612.18760.27651.5814-29.4924-34.5493-45.5405
302.6018-1.73992.04531.1118-1.37586.89521.27611.74190.1959-1.1818-0.4686-0.23050.6912-0.5773-0.94851.55650.6964-0.07361.94760.30181.3578-38.9174-28.6214-47.0044
310.8756-0.7567-1.09991.727-0.252.31340.8571.80520.9616-1.04-0.8345-0.41360.17690.23860.0281.58280.97210.16522.09760.46871.5664-18.9687-28.7539-40.6979
328.3096-0.94190.8787.53982.2543.89241.06882.06740.8547-1.3296-0.65911.4-0.662-0.7934-0.41481.24120.17930.0841.5120.49451.9719-25.053-2.1809-38.6265
333.0098-2.1262-1.19812.98552.23052.53410.10370.20810.2244-0.42990.2410.176-1.1797-0.7157-0.11111.76470.3097-0.38730.49820.80872.4526-23.69273.56-29.1355
340.5427-1.68070.48035.6928-0.16836.22510.10520.43642.0808-1.17420.9754-0.3611-2.12460.87890.05491.6167-0.18230.21590.87570.30071.9996-12.0481-2.5679-28.6185
355.92051.1174-4.12651.18240.60835.40891.18910.47240.24090.3407-0.8852-0.5253-1.21010.0201-0.23031.20120.0612-0.04950.83450.14592.1919-15.7775-6.3843-11.9507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 201 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 202 through 221 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 222 through 248 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 249 through 305 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 306 through 352 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 353 through 378 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 379 through 411 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 412 through 459 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 53 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 54 through 123 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 124 through 262 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 263 through 299 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 300 through 411 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 412 through 476 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 2 through 6 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 7 through 18 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 33 through 47 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 2 through 6 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 7 through 18 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 32 through 36 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 37 through 41 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 42 through 46 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 47 through 47 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 15 through 263 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 264 through 339 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 340 through 473 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 22 through 70 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 71 through 133 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 134 through 262 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 263 through 297 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 298 through 330 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 331 through 358 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 359 through 458 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る