[日本語] English
万見
- PDB-4okq: Crystal structure of the single-stranded RNA binding protein HutP... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4okq
タイトルCrystal structure of the single-stranded RNA binding protein HutP from Geobacillus thermodenitrificans
要素Hut operon positive regulatory protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / antitermination / Single stranded-RNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


L-histidine metabolic process / mRNA binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Hut operon positive regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP, bacillales / Hut operon regulatory protein HutP superfamily / HutP / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / Hut operon positive regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thiruselvam, V. / Ponnuswamy, M.N. / Kumarevel, T.S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the single-stranded RNA binding protein HutP from Geobacillus thermodenitrificans
著者: Thiruselvam, V. / Sivaraman, P. / Kumarevel, T. / Ponnuswamy, M.N.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9666
ポリマ－32,6052
非ポリマー3614
水1,13563
1
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子

A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子

A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,89918
ポリマ－97,8166
非ポリマー1,08312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area19640 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.778, 91.778, 76.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-326-

HOH

21A-327-

HOH

31B-312-

HOH

41B-314-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hut operon positive regulatory protein


分子量: 16302.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: GTNG_0361, hutP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IK89
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 10%(w/v) PEG300, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月23日 / 詳細: Si II crystal
放射モノクロメーター: Si double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 12805 / Num. obs: 12805 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 649 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OK9

4ok9


解像度: 2.5→35.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.345 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24438 625 4.9 %RANDOM
Rwork0.17399 ---
obs0.17731 12165 99.92 %-
all-12805 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2248 0 24 63 2335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.963120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83735172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3915290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69622.778108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.76915390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5311524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02536
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 38 -
Rwork0.236 902 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る