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万見
- PDB-4ojz: Crystal Structure of Alg17c Mutant Y258A Complexed with Alginate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ojz
タイトルCrystal Structure of Alg17c Mutant Y258A Complexed with Alginate Trisaccharide
要素Putative alginate lyase
キーワードLYASE / Alginate Lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


oligo-alginate lyase / exo-oligoalginate lyase activity / polysaccharide catabolic process / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Exo-oligoalginate lyase-like, C-terminal domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Alginate lyase domain / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 ...: / Exo-oligoalginate lyase-like, C-terminal domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Alginate lyase domain / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Exo-oligoalginate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharophagus degradans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nair, S.K. / Park, D.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of a PL17 Family Alginate Lyase Demonstrates Functional Similarities among Exotype Depolymerases.
著者: Park, D. / Jagtap, S. / Nair, S.K.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative alginate lyase
B: Putative alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,5058
ポリマ－163,1572
非ポリマー1,3486
水25,8151433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area48970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.820, 128.620, 88.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative alginate lyase


分子量: 81578.500 Da / 分子数: 2 / 変異: Y258A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharophagus degradans (バクテリア)
株: 2-40 / ATCC 43961 / DSM 17024 / 遺伝子: alg17A, alg17C, Sde_3284 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q21FJ0
#2: 多糖 beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpAb1-4DManpAa1-4LGulpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a1121A-1a_1-5][a1122A-1a_1-5][a1122A-1b_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-GulpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-ManpA]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 10% Polyethylene glycol (PEG) 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 139591 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.68 % / Net I/σ(I): 15.15
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 3.69 % / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique all: 19851 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.071 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20911 6941 5 %RANDOM
Rwork0.17941 ---
obs0.18089 131865 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0 Å2-0.11 Å2
2--2.42 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11087 0 82 1433 12602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0471.9515514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.50751409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03725.009553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85151859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5451541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218765
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 512 -
Rwork0.26 9739 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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