PDB-4ojn: Crystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ojn

タイトル

Crystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / NADH/NAD+ cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kolappan, S. / Craig, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of lactate dehydrogenase A (LDHA) in apo, ternary and inhibitor-bound forms.
著者: Kolappan, S. / Shen, D.L. / Mosi, R. / Sun, J. / McEachern, E.J. / Vocadlo, D.J. / Craig, L.

履歴

登録	2014年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ojn.cif.gz	1015.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ojn.ent.gz	857.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ojn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ojn_validation.pdf.gz	514.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ojn_full_validation.pdf.gz	554 KB	表示
XML形式データ	4ojn_validation.xml.gz	96.6 KB	表示
CIF形式データ	4ojn_validation.cif.gz	131.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4ojn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4ojn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oknC 4qsmC 4qt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zjf-3 4qt0-1 4qsm-1 4qsm-2 6p6u-4 1v6a-1 4qt0-2 5es3-1 6p6u-2 3h3f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

302 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.140, 147.140, 333.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / L-lactate dehydrogenase M chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle ...L-lactate dehydrogenase M chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 37432.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0, 20% PEG400, 100 mM lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月16日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 163506 / Num. obs: 162753 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 44 Å² / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 22.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.4-2.46	5.4	0.581	2.9	11622	0.581	97.2
2.46-2.53	6.6	0.49	4	11659	0.49	99.8
2.53-2.6	7.6	0.447	4.8	11330	0.447	100
2.6-2.68	7.3	0.393	5.7	11071	0.393	100
2.68-2.77	7.6	0.296	7.1	10671	0.296	100
2.77-2.87	7.6	0.249	8.4	10371	0.249	100
2.87-2.98	7.5	0.203	10.2	9976	0.203	100
2.98-3.1	7.6	0.162	12.6	9630	0.162	100
3.1-3.24	7.5	0.131	15.5	9254	0.131	100
3.24-3.39	7.6	0.094	21.2	8888	0.094	100
3.39-3.58	7.3	0.076	26.3	8450	0.076	99.9
3.58-3.79	7.3	0.059	32.7	8009	0.059	99.9
3.79-4.06	7.2	0.047	39.3	7513	0.047	99.9
4.06-4.38	7.5	0.035	50.3	7042	0.035	100
4.38-4.8	7.4	0.03	58.3	6460	0.03	100
4.8-5.37	7.4	0.031	55.8	5911	0.031	100
5.37-6.2	7.3	0.034	51.4	5234	0.034	100
6.2-7.59	7	0.028	57.9	4460	0.028	100
7.59-10.73	7.2	0.02	81.9	3514	0.02	100
10.73-20	6.9	0.019	85.5	1688	0.019	82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 15.861 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24954	8138	5 %	RANDOM
R_work	0.21309	-	-	-
all	0.215	162753	-	-
obs	0.2149	154614	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3 Å²	-2.3 Å²	0 Å²
2-	-	-2.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20566	0	146	527	21239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	21635
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	21590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.304	1.975	29294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.763	3	49846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.696	5	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.424	25.129	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.22	15	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.944	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	24203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	572	-
R_work	0.286	10872	-
obs	-	-	97.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.957	-0.2992	-0.1303	0.7782	-0.1243	0.6654	0.0248	0.1235	-0.1915	-0.1384	-0.0285	-0.1171	0.1224	0.028	0.0037	0.4122	-0.0299	-0.0545	0.3687	-0.042	0.106	70.6284	-23.7944	-28.7978
2	0.8254	-0.1455	0.074	0.8954	-0.0327	0.1544	0.0336	0.0756	-0.0243	-0.0781	0.001	0.2365	-0.0496	-0.1035	-0.0346	0.3964	-0.0082	-0.0634	0.3805	0.0027	0.0774	44.9418	-3.1652	-22.5904
3	0.6649	0.0166	0.053	1.437	-0.2293	0.8376	0.0171	-0.1066	-0.0322	0.1515	-0.0018	-0.0669	0.0176	0.0015	-0.0153	0.3725	-0.0595	-0.076	0.3284	0.0298	0.0186	69.6436	-12.6092	7.2112
4	0.7629	0.1693	0.104	1.1452	-0.2451	0.4451	-0.008	0.0179	0.1063	-0.0729	0.0035	-0.2182	-0.0499	0.0211	0.0046	0.3899	-0.0294	-0.0518	0.3338	0.0223	0.0976	78.1861	12.2899	-13.5222
5	1.2256	-0.0664	-0.1877	0.9269	0.0549	0.7837	0.0124	0.2592	0.0935	-0.233	0.0131	0.0947	-0.0367	-0.1038	-0.0256	0.4434	-0.03	-0.0524	0.442	0.0161	0.0207	10.4912	-52.5491	-80.6027
6	0.9676	0.2193	0.0041	1.2049	-0.0787	0.4596	-0.0408	-0.0636	-0.2313	0.0642	-0.069	0.0378	0.0527	-0.0428	0.1098	0.3728	-0.0361	-0.0211	0.3766	0.0024	0.0989	10.8838	-69.8463	-51.7786
7	1.1323	0.008	-0.2756	0.4428	0.1703	0.4421	-0.0265	0.0297	0.011	-0.0342	0.0108	-0.1608	0.0151	0.0588	0.0157	0.3797	-0.0306	-0.0052	0.3424	-0.001	0.081	41.7941	-46.5932	-60.7321
8	0.7671	0.0987	-0.1718	0.7951	-0.0355	0.472	0.0107	-0.0759	0.2341	0.1014	0.0025	0.0759	-0.09	-0.0931	-0.0132	0.3966	-0.0055	-0.0268	0.4115	-0.0406	0.0801	14.8719	-32.8569	-46.1028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 333
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 332
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 333
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 332
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 332
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 332
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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