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- PDB-4oj2: The structure of aquaporin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oj2
タイトルThe structure of aquaporin
要素Aquaporin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / aquaporin-2 / water transport simulations / c-terminal alpha helix / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure / TEMIMPS / NPA motif / Water Channel / Membrane / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity ...cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity / metanephric collecting duct development / renal water homeostasis / transport vesicle membrane / cellular response to copper ion / actin filament organization / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Lodowski, D. / Engel, A. / Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure (TEMIMPS)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of aquaporin
著者: Vahedi-Faridi, A. / Lodowski, D. / Schenk, A. / Kaptan, S. / De groot, B. / Walz, T. / Engel, A.
履歴
登録2014年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Aquaporin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1711
ポリマ－29,1711
非ポリマー00
水45025
1
X: Aquaporin-2

X: Aquaporin-2

X: Aquaporin-2

X: Aquaporin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6834
ポリマ－116,6834
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area13540 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area40470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.717, 95.717, 79.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin-2 / AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD ...AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD / Water channel protein for renal collecting duct


分子量: 29170.740 Da / 分子数: 1 / 変異: S256A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P41181
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 400, 0.1M sodium chloride, 0.1M MOPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→79.07 Å / Num. all: 7130 / Num. obs: 7153 / % possible obs: 99.68 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.8 % / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 3.05→3.29 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→79.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 56.229 / SU ML: 0.465 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.479 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29897 300 4 %RANDOM
Rwork0.25707 ---
obs0.25893 7130 99.68 %-
all-7153 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 150.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.58 Å20 Å20 Å2
2---2.58 Å20 Å2
3---5.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→79.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 0 25 1915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0191935
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6931.9612643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.49834332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4855252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36722.63972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.98115287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0571512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7449.6621011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7459.6561010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.40614.4751262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.40414.4821263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2819.934924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.289.939925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.79214.811382
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.08181.0242558
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.0881.0512559
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.048→3.127 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 32 -
Rwork0.34 499 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.34030.1731-0.58734.17691.25311.46240.0243-0.0346-0.66560.13820.02190.39660.4562-0.2682-0.04610.3771-0.0494-0.06920.32020.12060.2244-9.249530.58424.024
29.5121-3.20167.80891.1322-2.56866.9311-0.15670.3668-0.74630.04480.06080.451-0.5538-0.00910.09591.4962-0.0388-0.15481.4089-0.03741.4025-38.877338.9374-11.697
33.2747-1.8382-0.64131.23070.92481.8211-0.09580.0526-0.63870.1149-0.18020.40940.2986-0.2680.2760.5058-0.12460.06740.4028-0.06760.2464-8.990329.962223.9785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X5 - 31
2X-RAY DIFFRACTION1X32 - 41
3X-RAY DIFFRACTION1X42 - 108
4X-RAY DIFFRACTION1X109 - 126
5X-RAY DIFFRACTION1X127 - 149
6X-RAY DIFFRACTION1X150 - 160
7X-RAY DIFFRACTION1X161 - 221
8X-RAY DIFFRACTION2X222 - 233
9X-RAY DIFFRACTION2X234 - 257
10X-RAY DIFFRACTION3X301 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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