PDB-4oiz: Structure, interactions and evolutionary implications of a domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oiz

タイトル

Structure, interactions and evolutionary implications of a domain-swapped lectin dimer from Mycobacterium smegmatis

要素

LysM domain protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Beta-prism II fold / Bacterial lectin / protein-carbohydrate interactions / Beta-Prism II / Carbohydrate binding / Carbohydrate/Sugar

機能・相同性

機能・相同性情報

Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Patra, D. / Mishra, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2014
タイトル: Structure, interactions and evolutionary implications of a domain-swapped lectin dimer from Mycobacterium smegmatis.
著者: Patra, D. / Mishra, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.

履歴

登録	2014年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2022年8月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oiz.cif.gz	209.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oiz.ent.gz	172.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oiz_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oiz_full_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示
XML形式データ	4oiz_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	4oiz_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oitC 4okcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f56-4 4oit-2 4oit-1 1lkj-d 4okc-d 6e9i-3 6v3n-d 3s0f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: LysM domain protein

B: LysM domain protein

C: LysM domain protein

D: LysM domain protein

E: LysM domain protein

ヘテロ分子

63.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysM domain protein

B: LysM domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: LysM domain protein

D: LysM domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: LysM domain protein

ヘテロ分子

E: LysM domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.510, 80.860, 100.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

LysM domain protein / Mannose-binding lectin

分子量: 12541.867 Da / 分子数: 5 / 断片: mannose-binding lectin domain, UNP residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_3662 / プラスミド: pET21b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QYH7

#2: 糖

ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₄O₆

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0M ammonium citrate tribasic, 0.1M bis-tris propane, 60mM methyl-alpha-mannose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 10344 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Num. unique all: 1500 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Native structure

解像度: 3.4→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.863 / SU B: 91.775 / SU ML: 0.671 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.641 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2882	494	4.8 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
obs	0.2443	9835	98.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.38 Å² / B_iso mean: 75.581 Å² / B_iso min: 35.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.23 Å²	0 Å²	-4.56 Å²
2-	-	2.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3951	0	78	0	4029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.02	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.786	1.964	5585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.663	3	8736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.076	5	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.345	25.81	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.583	15	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.094	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.368	3.151	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.368	3.151	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.681	4.722	2645

LS精密化シェル

解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	35	-
R_work	0.325	729	-
all	-	764	-
obs	-	-	97.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0099	-2.5923	0.7578	7.3411	-2.5967	1.7193	0.0386	0.1058	-0.2437	0.1775	0.1499	0.3909	-0.1688	-0.188	-0.1885	0.4044	-0.0844	-0.351	0.6532	0.0028	0.3911	-22.9287	-3.1952	10.363
2	1.906	-2.1896	0.5859	8.4736	-2.503	0.7561	0.4593	0.316	-0.1691	-1.1029	-0.5499	-0.4087	0.3307	0.241	0.0907	0.6584	0.1073	-0.2003	0.7281	-0.0958	0.1818	-17.9516	0.4811	1.9885
3	2.8353	-0.6306	2.3126	1.9409	0.4411	3.2488	-0.2106	-0.1188	-0.0864	0.0981	0.5017	0.1146	-0.6567	0.385	-0.291	0.4252	-0.0823	0.0936	0.9157	-0.0439	0.1527	23.6304	-5.1599	38.165
4	1.1082	-2.9074	1.0378	8.6462	-4.228	3.4808	0.2459	0.1934	0.1407	-0.5448	-0.2055	-0.3379	0.0824	0.054	-0.0404	0.2486	-0.0421	-0.1418	0.5433	-0.0018	0.2448	-0.0183	1.6254	25.5833
5	2.2185	-3.0598	1.6754	6.2351	-3.8673	2.485	0.2443	-0.0739	-0.2054	-0.1516	0.1365	0.5356	0.0857	-0.1598	-0.3807	0.3374	-0.0001	-0.174	0.5206	-0.0688	0.1698	-9.4622	5.73	27.6237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	2 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	2 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	2 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	2 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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