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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oix | ||||||
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タイトル | Crystal structure of truncated Acylphosphatase from S. sulfataricus | ||||||
![]() | Acylphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / native-like aggregation / acylphosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dilovic, I. / Bolognesi, M. / Ricagno, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of truncated Acylphosphatase from S. sulfataricus 著者: Dilovic, I. / Bolognesi, M. / Ricagno, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 403.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11652.300 Da / 分子数: 1 / 断片: Delta-11 AcP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 8% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月12日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0716 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→31.78 Å / Num. all: 12271 / Num. obs: 11780 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / Num. unique all: 1398 / % possible all: 80.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2BJE 解像度: 1.55→28.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.581 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.493 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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