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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oit
タイトルStructure, interactions and evolutionary implications of a domain-swapped lectin dimer from Mycobacterium smegmatis
要素LysM domain protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta-prism II fold / bacterial lectin / protein-carbohydrate interactions / Beta-Prism II / Carbohydrate binding / Carbohydrate/Sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain ...Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / Mannose-binding lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Patra, D. / Mishra, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Glycobiology / 年: 2014
タイトル: Structure, interactions and evolutionary implications of a domain-swapped lectin dimer from Mycobacterium smegmatis.
著者: Patra, D. / Mishra, P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray studies of the mannose-binding lectin domain of MSMEG_3662 from Mycobacterium smegmatis
著者: Patra, D. / Sharma, A. / Chandran, D. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: J.Biosci. / 年: 2007
タイトル: Multiplicity of carbohydrate-binding sites in beta-prism fold lectins: occurrence and possible evolutionary implications
著者: Sharma, A. / Chandran, D. / Singh, D.D. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Identification of mycobacterial lectins from genomic data
著者: Abhinav, K.V. / Sharma, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2014年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM domain protein
B: LysM domain protein
C: LysM domain protein
D: LysM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,14915
ポリマ－50,1674
非ポリマー1,98211
水2,342130
1
A: LysM domain protein
B: LysM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9857
ポリマ－25,0842
非ポリマー9015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
2
C: LysM domain protein
D: LysM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1658
ポリマ－25,0842
非ポリマー1,0816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.030, 80.080, 56.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
LysM domain protein / Mannose-binding lectin


分子量: 12541.867 Da / 分子数: 4 / 断片: mannose-binding lectin domain, UNP residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_3662 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QYH7
#2: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.2M tri-sodium citrate, 0.1M Na HEPES, 6% glycerol, 30%(w/v) 1,5 diammino pentane dihydrochloride, 60mM mannose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→40 Å / Num. all: 47027 / Num. obs: 19379 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.24→2.36 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. unique all: 2766 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Native structure

解像度: 2.24→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 7.79 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26108 993 5.1 %RANDOM
Rwork0.21999 ---
obs0.22216 18340 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.73 Å20 Å20.75 Å2
2---1.91 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3188 0 132 130 3450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.994609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7525421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6725.586145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46515504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4061514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3181.52084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5923301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.78531292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3024.51308
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 72 -
Rwork0.257 1297 -
obs-18340 96.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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