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- PDB-4ohu: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis InhA in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ohu
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis InhA in complex with inhibitor PT92
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / catalysis / inhibition / slow-onset inhibition / induced-fit / conformational change / simulation / binding pathway / binding energy / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-bromophenoxy)-5-hexylphenol / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Li, H.J. / Pan, P. / Lai, C.T. / Liu, N. / Yu, W. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J.
引用
ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A Structural and Energetic Model for the Slow-Onset Inhibition of the Mycobacterium tuberculosis Enoyl-ACP Reductase InhA.
著者: Li, H.J. / Lai, C.T. / Pan, P. / Yu, W. / Liu, N. / Bommineni, G.R. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Time-dependent diaryl ether inhibitors of InhA: SAR studies of enzyme inhibition, antibacterial activity, and in vivo efficacy
著者: Pan, P. / Knudson, S. / Bommineni, G.R. / Li, H.J. / Lai, C.T. / Liu, N. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Patil, S.S. / Slayden, R.A. / Tonge, P.J.
履歴
登録2014年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,95512
ポリマ－122,9054
非ポリマー4,0518
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18530 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area31820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.845, 90.486, 161.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 30726.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: inhA, Rv1484, MT1531, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-2TK / 2-(2-bromophenoxy)-5-hexylphenol


分子量: 349.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21BrO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM Bis-tris, 200 mM NaCl, 14% PEG 3350, 4% DMSO, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 139879 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 15.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.134 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.634.80.31266520.936195.2
1.63-1.665.30.30368790.988197.5
1.66-1.695.90.28168381.005197.8
1.69-1.726.40.26968401.045198
1.72-1.7670.23969091.097198.3
1.76-1.87.50.21768871.168198.3
1.8-1.857.60.18569101.124198.4
1.85-1.97.60.15869241.165198.9
1.9-1.957.60.13969871.234199
1.95-2.027.70.12169671.102198.8
2.02-2.097.60.10769691.121199.3
2.09-2.177.60.09869861.168199.2
2.17-2.277.60.0970471.237199.4
2.27-2.397.60.08570081.256199.6
2.39-2.547.60.08370831.325199.7
2.54-2.747.50.07770791.911199.8
2.74-3.017.50.08171330.821199.8
3.01-3.457.30.07771670.9841100
3.45-4.347.10.0772230.892199.8
4.34-507.20.06473910.89198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X23

2x23


解像度: 1.598→28.634 Å / FOM work R set: 0.9006 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 7079 5.07 %
Rwork0.1711 --
obs0.1719 139747 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.66 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 49.38 Å2 / Biso mean: 18.04 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4913 Å2-0 Å20 Å2
2---1.4372 Å20 Å2
3---0.9459 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→28.634 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7696 0 260 419 8375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23111230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0723098
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5977-1.61580.25531920.22043830402285
1.6158-1.63480.23452080.2114315452397
1.6348-1.65480.24582230.19784347457098
1.6548-1.67570.21492380.18784322456097
1.6757-1.69780.21922510.17764327457898
1.6978-1.7210.19182260.17574354458098
1.721-1.74560.2142110.17384396460798
1.7456-1.77170.21822210.16944392461398
1.7717-1.79930.21382290.16564384461399
1.7993-1.82880.18512570.15614363462099
1.8288-1.86040.17342300.15154391462198
1.8604-1.89420.17242070.1484415462299
1.8942-1.93060.17982480.14924420466899
1.9306-1.970.18442230.15324440466399
1.97-2.01280.1672340.15314414464899
2.0128-2.05970.18012480.15684391463999
2.0597-2.11110.20012460.1644444469099
2.1111-2.16820.18312410.16324428466999
2.1682-2.2320.18312560.15714436469299
2.232-2.3040.16822610.163344474708100
2.304-2.38630.18992550.16344436469199
2.3863-2.48180.21362360.171444784714100
2.4818-2.59470.2032270.183145164743100
2.5947-2.73140.1962240.182245154739100
2.7314-2.90230.20292450.181745194764100
2.9023-3.12620.19252720.18344964768100
3.1262-3.44030.19032170.181745664783100
3.4403-3.9370.17692390.170845774816100
3.937-4.95610.15882550.154246034858100
4.9561-28.6390.18362590.18954706496598
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.491 Å / Origin y: 2.454 Å / Origin z: 59.468 Å
111213212223313233
T0.0647 Å2-0.0024 Å2-0.0145 Å2-0.0997 Å20.0082 Å2--0.068 Å2
L0.3918 °2-0.0296 °2-0.0673 °2-0.8047 °2-0.0398 °2--0.4288 °2
S-0.0099 Å °0.0137 Å °-0.0348 Å °-0.0178 Å °-0.0279 Å °-0.0589 Å °-0.0036 Å °0.0772 Å °0.0342 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )A3 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )A300 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )A401 - 502
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )C2 - 269
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )C300 - 301
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )C401 - 513
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )B2 - 269
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )B300 - 301
9X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )B401 - 518
10X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )D401 - 486
11X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )D3 - 269
12X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:502 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:513 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:269 OR RESID 300:301 OR RESID 401:518 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 401:486 OR RESID 3:269 OR RESID 300:301 ) )D300 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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