PDB-4ohj: Crystal structure of toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1) from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ohj

タイトル

Crystal structure of toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1) from Staphylococcus aureus

要素

Toxic shock syndrome toxin-1

キーワード

TOXIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Ngo, H. / Yeats, C. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1) from Staphylococcus aureus
著者: Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Flores, K. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Ngo, H. / Yeats, C. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ohj.cif.gz	198 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ohj.ent.gz	158.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ohj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ohj_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ohj_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	4ohj_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	4ohj_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4ohj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4ohj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tssS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6djd-2 6z1m-2 3nwc-2 6k54-1 1mu9-1 6z1m-1 5f8b-1 2cvd-2 2vd0-1 3lg6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp91753

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toxic shock syndrome toxin-1

B: Toxic shock syndrome toxin-1

51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Toxic shock syndrome toxin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Toxic shock syndrome toxin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.922, 40.316, 98.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-410- HOH
2	1	B-425- HOH
3	1	B-535- HOH

#1: タンパク質	Toxic shock syndrome toxin-1 / TSST-1 分子量: 25885.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-234 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: tst / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX/pGro7 / 参照: UniProt: P06886
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日 / 詳細: 3.0 Undulator
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→30 Å / Num. all: 97363 / Num. obs: 97363 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.28→1.31 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TSS

4tss

解像度: 1.28→29.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.667 / SU ML: 0.032 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17697	4659	5 %	RANDOM
R_work	0.14122	-	-	-
obs	0.14307	87967	98.71 %	-
all	-	87967	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.346 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	-0 Å²	-0.2 Å²
2-	-	1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→29.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3102	0	0	521	3623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.962	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	7430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.104	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.05	25.342	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.614	15	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.687	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.213	1.058	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.189	1.056	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.59	1.593	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.596	1.594	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.158	1.384	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.111	1.38	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.572	1.942	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.273	6.326	4280
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.406	5.661	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.876	3	6575
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	47.196	5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.803	5	6862

LS精密化シェル

解像度: 1.281→1.314 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	315	-
R_work	0.241	6328	-
obs	-	-	95.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9242	-0.0724	0.0411	0.2056	-0.0311	0.5442	0.01	-0.0055	-0.0341	-0.0098	-0.0191	-0.03	0.039	-0.0115	0.0091	0.0244	0.0035	-0.0009	0.0033	0.0044	0.0195	-15.5488	14.9644	34.0696
2	6.1541	-1.6434	-2.9335	0.6276	1.3429	3.0634	-0.0168	-0.0251	0.2243	-0.0275	-0.0307	-0.0114	-0.1019	-0.1081	0.0475	0.0537	0.0142	-0.0062	0.0098	-0.0084	0.0631	-19.3278	30.3375	37.2186
3	0.822	0.0046	0.0238	0.1989	-0.0276	0.5564	0.0041	0.0376	0.0695	-0.0161	-0.0137	-0.0016	-0.0268	-0.0987	0.0096	0.0247	0.013	-0.0004	0.0256	0.0032	0.0176	-27.0675	23.2578	29.6535
4	0.84	-0.0036	-0.4253	0.1138	-0.0325	1.6225	-0.0339	0.0423	0.0615	0.0215	-0.0056	-0.0184	-0.0763	0.2578	0.0394	0.0287	-0.0139	-0.0126	0.0621	0.0127	0.0222	-38.978	26.4802	5.9402
5	0.9736	0.0517	-0.4259	0.0829	0.147	1.9164	-0.0653	0.1078	0.0146	0.0333	0.0124	-0.0126	-0.0073	0.2306	0.0529	0.0342	-0.0193	-0.0126	0.0731	0.0138	0.0197	-40.1299	23.3009	1.5447
6	4.4081	-1.9165	-3.324	1.923	1.7027	5.26	-0.3241	0.1488	-0.3617	-0.0518	0.0447	0.0898	0.5478	-0.2366	0.2794	0.242	-0.0991	0.0637	0.0986	-0.0229	0.1493	-60.6629	6.4925	14.6919
7	1.1331	0.0219	-0.5204	0.0631	0.0467	1.9736	-0.151	-0.0068	-0.1308	0.0378	0.0145	0.0084	0.2994	0.0605	0.1365	0.0774	0.0167	0.0268	0.0049	0.0031	0.0345	-48.6676	14.6409	13.3773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 152
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	153 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 235
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	40 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	107 - 142
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	143 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	155 - 236

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