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- PDB-4ohf: Crystal structure of cytosolic nucleotidase II (LPG0095) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ohf
タイトルCrystal structure of cytosolic nucleotidase II (LPG0095) in complex with GMP from Legionella pneumophila, NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET LGR1
要素Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / 3-domained structure that resembles HAD / nucleotidase. It catalyzes the breakdown of selected nucleoside monophosphates / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-nucleotidase activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1160 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily/HAD-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1160 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily/HAD-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Srinivisan, B. / Forouhar, F. / Shukla, A. / Sampangi, C. / Kulkarni, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Lew, S. / Mao, L. / Acton, T.B. ...Srinivisan, B. / Forouhar, F. / Shukla, A. / Sampangi, C. / Kulkarni, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Lew, S. / Mao, L. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.M. / Tong, L. / Balaram, H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Allosteric regulation and substrate activation in cytosolic nucleotidase II from Legionella pneumophila.
著者: Srinivasan, B. / Forouhar, F. / Shukla, A. / Sampangi, C. / Kulkarni, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Lew, S. / Mao, L. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Balaram, H.
履歴
登録2014年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Structure summary
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
B: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
C: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
D: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,50517
ポリマ－218,9464
非ポリマー1,55913
水4,107228
1
A: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
B: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
B: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,48116
ポリマ－218,9464
非ポリマー1,53512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
2
A: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
B: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2408
ポリマ－109,4732
非ポリマー7676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area40200 Å2
手法PISA
3
C: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
D: Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2659
ポリマ－109,4732
非ポリマー7927
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area39410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.334, 92.720, 161.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cytosolic IMP-GMP specific 5'-nucleotidase


分子量: 54736.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg0095 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q5ZZB6
#2: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris HCl, pH 5.5, 0.2M ammonium acetate, 25 % w/v PEG3350, and 5 mM GMP-PNP., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. all: 76798 / Num. obs: 76184 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 29.57
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 3834 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G63

4g63


解像度: 2.53→44.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 199674.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 6753 9.5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.233 76798 --
obs0.231 71361 92.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.0161 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20 Å2-3.49 Å2
2--3.77 Å20 Å2
3----5.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14824 0 91 228 15143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 577 5.6 %
Rwork0.336 9641 -
obs-9641 80.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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