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万見
- PDB-4oh7: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Brucella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oh7
タイトルCrystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Brucella melitensis
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Brucella melitensis
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9458
ポリマ－70,6262
非ポリマー3196
水12,809711
1
A: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子

A: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子

A: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,41812
ポリマ－105,9393
非ポリマー4799
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area31170 Å2
手法PISA
2
B: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子

B: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子

B: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,41812
ポリマ－105,9393
非ポリマー4799
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_685-y+1,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_365-x+y-2,-x+1,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.450, 88.450, 142.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-798-

HOH

21B-665-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase / Ornithine carbamoyltransferase / catabolic


分子量: 35313.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: biotype 2 (strain ATCC 23457) / 遺伝子: arcB, argF, BMEA_A0337 / プラスミド: BrmeB.00183.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C0RH19, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: BrmeB.00183.a.B1.PS01877 at 20.3 mg/mL, RigakuReagents JCSG+ screen, h8: 25% PEG3350, 200 mM sodium chloride, 100 mM Bis-Tris-HCl, pH 5.5, cryoprotection: 15% ethylene glycol in two steps, ...詳細: BrmeB.00183.a.B1.PS01877 at 20.3 mg/mL, RigakuReagents JCSG+ screen, h8: 25% PEG3350, 200 mM sodium chloride, 100 mM Bis-Tris-HCl, pH 5.5, cryoprotection: 15% ethylene glycol in two steps, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月22日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 100819 / Num. obs: 100352 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 23.829 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 16.38
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.540.392.43208487387199.2
1.54-1.580.3223.54262527241199.9
1.58-1.630.2654.38260897003199.9
1.63-1.680.2255.192554168731100
1.68-1.730.1886.23248426664199.9
1.73-1.790.1517.852386663791100
1.79-1.860.11910.04232056207199.9
1.86-1.940.09712.44222715972199.9
1.94-2.020.07516.03212045719199.9
2.02-2.120.0619.65201415477199.8
2.12-2.240.0522.78187905141199.3
2.24-2.370.04625.29177864911199.4
2.37-2.540.04227.35166614622199.5
2.54-2.740.03729.92153794302199.2
2.74-30.03532.89141023943199.4
3-3.350.03135.56126213552198.7
3.35-3.870.02838.17110503130198.5
3.87-4.740.02640.1496922667199.2
4.74-6.710.02440.2676992076198.9
6.71-500.02339.9238411086192.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL IN DIFFERENT SPACE GROUP OBTAINED FROM IODIDE PHASING

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1797 / WRfactor Rwork: 0.1519 / FOM work R set: 0.8895 / SU B: 2.42 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.0642 / SU Rfree: 0.0666 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1826 4848 4.8 %RANDOM
Rwork0.1546 ---
all0.1559 100819 --
obs0.1559 100315 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.76 Å2 / Biso mean: 19.044 Å2 / Biso min: 7.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4556 0 18 711 5285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9556604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.859310758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7555658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10123.971204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07215831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5531533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.0952475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8561.0942474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4091.6383108
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 307 -
Rwork0.222 7073 -
all-7380 -
obs-7073 99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1885-0.602-0.14720.75960.08410.3817-0.0291-0.02950.03950.0761-0.0098-0.0442-0.05680.00810.03890.07770.0029-0.02810.048-0.00330.0127-51.92299.09715.717
21.1568-0.0414-0.0990.4373-0.1820.5678-0.02430.08330.0529-0.0044-0.0051-0.0692-0.06180.08020.02940.0382-0.0185-0.00690.0510.00020.0153-66.975112.117-18.723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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